Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  307  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88457065--88457121
15
3.5
15
73
17
60
50
1
0
47
1.11
88461860--88461942
29
2.7
31
80
12
91
43
12
8
36
1.72
88464647--88465276
209
3.0
209
99
0
1251
31
26
10
31
1.90
88466102--88466155
25
2.1
26
86
3
74
24
40
0
35
1.55
88470624--88470765
24
5.9
23
70
12
90
35
23
23
16
1.95
88473513--88473563
24
2.1
24
92
7
86
43
21
15
19
1.88
88476034--88476087
21
2.5
22
75
3
56
29
27
29
12
1.94
88487886--88488117
39
6.0
39
92
3
371
25
30
22
21
1.99
88487901--88488117
114
1.9
114
95
1
391
25
29
23
22
1.99
88497404--88497437
16
2.1
16
100
0
68
38
11
20
29
1.88
88498126--88498178
27
2.0
26
96
3
97
28
18
7
45
1.77
88498131--88498188
27
2.1
27
87
6
82
34
18
6
39
1.78
88500483--88500520
19
2.0
19
94
0
67
34
21
2
42
1.67
88507654--88507683
16
1.9
15
93
6
51
33
23
0
43
1.54
88507893--88508170
50
5.6
50
79
5
285
33
28
14
24
1.94
88517076--88517144
29
2.4
29
100
0
138
11
46
0
42
1.40
88517074--88517121
12
3.2
16
67
27
50
10
47
0
41
1.37
88519374--88519535
80
2.0
80
97
0
306
43
29
5
21
1.75
88520349--88520565
108
2.0
109
92
0
364
36
17
17
28
1.92
88521328--88521388
3
20.3
3
93
0
104
63
1
1
32
1.13
88521336--88521413
6
11.7
7
79
14
53
64
2
2
30
1.21
88521599--88521658
28
2.2
27
82
5
77
58
3
6
31
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88522749--88522796
22
2.2
21
88
3
69
6
18
16
58
1.59
88528826--88528878
5
10.6
5
100
0
106
18
0
0
81
0.70
88529656--88529704
20
2.5
20
80
9
57
57
16
20
6
1.60
88549968--88550028
25
2.5
24
74
10
61
44
1
1
52
1.20
88550013--88550092
26
2.9
29
70
14
78
62
1
3
32
1.21
88551291--88551417
64
2.0
64
87
0
182
29
11
17
42
1.83
88552208--88552489
153
1.9
150
84
6
381
26
14
30
28
1.95
88556327--88556357
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
88563345--88563383
16
2.2
19
86
13
57
56
5
20
17
1.60
88578830--88578859
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
88578859--88578883
2
12.5
2
100
0
50
52
0
48
0
1.00
88579852--88579890
14
2.7
15
80
11
55
74
0
17
7
1.05
88581853--88581885
17
2.0
16
94
5
57
51
0
0
48
1.00
88581865--88582040
66
2.7
64
79
5
183
27
10
21
41
1.85
88581933--88582068
64
2.2
62
81
5
148
30
9
23
36
1.87
88582596--88582637
6
7.2
6
86
5
59
69
0
0
30
0.89
88582580--88582642
17
3.7
17
76
4
65
66
0
0
33
0.92
88583311--88583375
23
2.8
23
75
15
71
26
1
4
67
1.18
88583969--88584008
2
20.5
2
94
5
73
50
0
0
50
1.00
88584216--88584257
16
2.6
16
88
3
57
64
0
0
35
0.94
88585231--88585270
16
2.5
16
80
15
55
55
0
25
20
1.44
88585466--88585519
27
2.0
27
96
0
99
18
9
0
72
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88586783--88586820
18
2.2
18
85
4
51
44
0
7
47
1.32
88586997--88587032
18
2.0
18
94
0
63
38
25
5
30
1.78
88591372--88591414
22
1.9
23
86
13
63
53
16
9
20
1.70
88597110--88597292
91
2.0
91
81
4
217
40
18
7
33
1.77
88597352--88597398
10
4.8
10
73
5
51
57
0
0
42
0.98
88597343--88597458
19
6.2
19
71
9
85
56
0
3
39
1.22
88600602--88600972
132
2.8
131
83
2
449
30
19
17
31
1.95
88601755--88601800
10
4.8
10
76
10
51
30
4
0
65
1.12
88601914--88602086
89
1.9
89
83
4
224
36
9
16
36
1.82
88602709--88602738
15
2.0
15
93
0
51
20
6
10
63
1.47
88606092--88606400
64
4.8
64
86
2
404
51
6
10
32
1.61
88607510--88607918
27
15.3
27
84
9
371
21
16
19
42
1.89
88607513--88607918
133
3.0
131
86
6
500
21
16
19
42
1.89
88613048--88613130
21
4.0
21
85
3
114
44
18
24
13
1.85
88613048--88613130
42
2.0
42
90
0
130
44
18
24
13
1.85
88617253--88617310
23
2.6
23
91
5
93
56
10
17
15
1.66
88619756--88619876
46
2.7
44
84
7
145
27
19
28
24
1.98
88620828--88620894
28
2.4
28
100
0
134
22
22
40
14
1.90
88623311--88623829
49
10.5
49
95
1
903
27
10
33
29
1.89
88623311--88623829
149
3.5
149
96
0
934
27
10
33
29
1.89
88623311--88623829
198
2.6
197
94
1
905
27
10
33
29
1.89
88623932--88624046
37
3.1
37
97
0
212
27
17
32
22
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88625960--88626013
27
2.0
27
100
0
108
55
0
11
33
1.35
88627632--88627663
14
2.3
14
94
0
55
68
12
0
18
1.20
88627664--88627696
15
2.2
16
89
10
52
24
54
0
21
1.45
88627661--88627734
21
3.5
22
78
9
73
39
40
0
20
1.52
88627724--88627777
7
7.6
7
77
4
54
50
27
0
22
1.50
88627703--88627772
28
2.4
29
80
2
79
45
32
0
21
1.52
88627718--88627772
14
3.9
14
81
11
67
47
30
0
21
1.51
88627718--88627772
15
3.8
15
83
9
62
47
30
0
21
1.51
88627660--88627835
14
12.4
14
68
10
52
42
33
0
23
1.59
88628224--88628386
40
4.1
40
85
1
220
25
23
20
30
1.98
88628225--88628382
79
2.0
80
86
1
219
26
24
19
29
1.98
88630377--88630403
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
88630855--88630893
20
2.0
20
85
10
53
58
15
5
20
1.55
88631473--88631499
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
88632699--88632723
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
88633096--88633140
24
1.9
23
81
4
54
62
0
4
33
1.15
88639824--88639995
85
2.0
85
83
4
213
44
10
27
18
1.82
88647363--88647402
6
6.7
6
94
0
62
32
2
37
27
1.70
88647855--88647888
18
1.9
18
88
5
52
5
2
17
73
1.16
88649143--88649193
21
2.3
22
80
10
59
41
1
13
43
1.55
88649527--88649607
42
1.9
43
85
12
114
32
18
22
27
1.97
88649586--88650018
46
9.4
46
81
1
418
27
21
20
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88649586--88650018
138
3.1
138
83
3
505
27
21
20
30
1.98
88653020--88653059
19
2.0
20
86
13
57
20
27
20
32
1.97
88657625--88657680
26
2.2
25
78
12
60
32
35
5
26
1.79
88657629--88657695
27
2.5
26
76
9
62
34
40
4
20
1.73
88659582--88659636
3
18.3
3
88
7
85
30
0
1
67
1.01
88663339--88663384
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
88663346--88663390
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
88685621--88685660
18
2.2
19
86
8
57
57
0
7
35
1.27
88687054--88687088
13
2.7
13
95
0
61
14
28
40
17
1.88
88697496--88697681
90
2.0
92
89
3
286
37
16
17
29
1.91
88698287--88698325
21
1.9
20
94
5
69
33
10
25
30
1.89
88698468--88698504
15
2.6
14
87
8
56
59
0
0
40
0.97
88698470--88698536
16
4.1
16
74
20
59
59
0
1
38
1.06
88698540--88698576
16
2.4
16
86
8
51
51
0
0
48
1.00
88702215--88702275
30
2.1
29
84
9
79
37
4
4
52
1.45
88705007--88705176
90
1.9
89
86
4
243
28
24
18
28
1.98
88707291--88707423
66
2.0
66
97
0
248
26
25
11
36
1.90
88709638--88709673
5
7.2
5
93
0
63
0
0
55
44
0.99
88712414--88712447
16
2.1
16
100
0
68
29
8
5
55
1.54
88713442--88713613
43
4.0
43
81
4
186
27
17
24
30
1.97
88721600--88721637
19
2.0
19
100
0
76
31
0
31
36
1.58
88721803--88721944
49
2.9
49
80
0
149
23
21
28
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88724746--88724930
40
4.6
40
91
1
273
25
21
26
26
2.00
88724742--88724963
80
2.8
79
81
8
254
26
21
26
26
1.99
88734714--88734740
1
27.0
1
100
0
54
0
0
0
100
0.00
88743771--88743842
37
2.0
37
86
2
101
45
8
0
45
1.33
88743882--88743988
20
5.8
18
69
20
69
52
3
2
41
1.34
88746186--88746272
42
2.1
42
89
4
133
26
28
26
18
1.98
88747200--88747305
24
4.5
23
81
8
90
33
20
17
27
1.96
88747247--88747314
23
3.0
23
87
6
86
30
20
22
26
1.98
88752230--88752549
105
3.0
105
84
0
379
30
25
12
32
1.92
88754830--88754859
10
3.0
10
95
0
51
56
10
10
23
1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444