genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  279  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80562901--80562935	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
80563954--80563993	19	2.1	19	95	0	71	37	27	0	35	1.57
80567213--80567281	35	1.9	35	88	2	102	28	11	23	36	1.90
80570452--80570734	30	9.4	30	75	6	182	23	24	13	38	1.90
80570349--80570674	90	3.6	91	84	2	379	22	25	13	38	1.91
80570423--80570555	61	2.2	61	90	2	216	20	24	15	40	1.90
80570420--80570708	90	3.2	90	80	7	264	22	25	13	37	1.91
80570510--80570734	90	2.5	90	77	7	240	24	26	12	36	1.91
80580335--80580474	44	3.2	44	76	12	123	32	25	17	25	1.97
80588834--80588947	43	2.7	42	83	1	156	21	15	30	32	1.94
80589263--80589300	19	2.0	19	100	0	76	52	10	26	10	1.68
80597012--80597050	19	2.1	19	90	0	60	71	5	5	17	1.23
80597512--80597601	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
80597706--80597770	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
80604635--80604673	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
80605135--80605224	28	3.2	27	80	13	103	33	24	23	18	1.97
80605135--80605204	27	2.5	28	86	9	90	35	24	22	17	1.95
80605330--80605394	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
80608300--80608366	25	2.7	25	88	0	107	47	8	19	23	1.77
80608249--80608410	6	26.3	6	72	16	93	48	12	18	20	1.81
80608258--80608379	37	3.3	37	81	6	124	48	12	18	20	1.80
80608307--80608409	43	2.4	43	83	4	127	48	11	19	20	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80608529--80608588	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80608925--80609176	27	9.3	27	82	6	253	24	20	18	36	1.95
80608925--80609174	54	4.6	54	84	3	290	24	20	18	36	1.95
80608934--80609168	81	2.9	81	86	1	310	24	21	19	34	1.96
80609158--80609423	27	9.9	26	76	8	115	34	8	19	37	1.82
80609158--80609423	81	3.3	80	81	5	207	34	8	19	37	1.82
80609210--80609497	27	10.7	27	81	2	256	32	8	19	39	1.82
80613972--80614058	43	2.0	43	100	0	174	39	16	13	31	1.87
80615843--80615964	60	2.0	60	98	0	235	33	26	14	25	1.94
80620104--80620137	14	2.4	14	95	0	59	35	0	32	32	1.58
80620701--80621155	27	17.0	27	79	4	393	26	15	18	39	1.90
80620756--80620825	26	2.7	26	84	2	77	30	15	20	34	1.93
80621478--80621552	18	4.1	18	70	6	62	18	14	18	48	1.82
80624263--80624330	24	2.8	24	88	0	100	47	19	26	7	1.75
80624270--80624330	8	7.6	8	73	0	50	47	19	26	6	1.74
80624747--80625171	27	16.0	27	75	8	282	27	14	17	40	1.88
80624894--80625163	106	2.5	107	83	3	285	27	15	17	40	1.89
80627541--80627900	180	2.0	180	93	0	612	32	17	13	36	1.90
80628124--80628171	25	1.9	25	86	0	69	35	20	29	14	1.93
80628257--80628307	23	2.2	23	82	6	59	35	17	25	21	1.95
80643968--80644005	20	1.9	20	84	10	51	21	10	7	60	1.54
80643973--80644014	21	2.0	21	81	9	50	23	11	7	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80646566--80646786	39	5.6	39	91	0	343	23	24	25	26	2.00
80653944--80653969	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80654675--80654934	39	6.6	39	93	0	412	24	23	25	26	2.00
80662629--80662686	29	2.0	29	100	0	116	20	20	31	27	1.98
80675222--80675434	96	2.2	96	87	1	293	27	20	28	23	1.99
80675261--80675434	48	3.6	48	83	0	231	28	19	28	23	1.98
80682906--80683274	48	7.7	48	73	5	253	27	18	28	25	1.98
80682893--80683274	96	4.0	96	84	2	349	26	18	29	25	1.98
80697105--80697224	43	2.8	42	81	7	143	30	13	25	30	1.93
80704021--80704138	43	2.8	42	81	10	150	31	16	24	27	1.97
80704701--80704735	18	1.9	18	94	0	61	17	0	17	65	1.27
80704700--80704741	18	2.3	18	83	4	57	19	0	16	64	1.30
80706477--80706508	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
80706718--80707100	50	7.6	50	81	2	408	31	26	16	25	1.96
80706718--80707100	151	2.5	148	82	6	455	31	26	16	25	1.96
80710066--80710596	123	4.3	123	98	0	1035	30	9	25	34	1.88
80712129--80712351	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
80712133--80712263	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
80712251--80712351	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
80713546--80713749	40	5.1	40	81	3	178	25	23	25	25	2.00
80713584--80713749	80	2.1	80	86	4	228	24	23	27	24	2.00
80716477--80716521	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80720819--80721031	105	2.0	105	90	3	340	31	6	28	33	1.82
80726436--80726481	20	2.3	20	88	0	65	26	21	15	36	1.93
80727454--80728618	390	3.0	387	84	2	1503	27	20	16	35	1.94
80729437--80729485	24	2.0	24	100	0	98	44	8	4	42	1.53
80738443--80738476	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80745305--80745377	34	2.1	34	97	0	137	46	8	1	43	1.42
80747698--80747724	12	2.2	12	100	0	54	22	44	0	33	1.53
80749667--80749821	40	3.9	40	86	5	208	26	19	26	27	1.99
80756620--80756687	28	2.5	28	92	2	111	20	10	25	44	1.83
80759139--80759287	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80759180--80759287	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80767981--80768098	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
80767949--80768112	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
80775473--80775670	71	2.8	70	91	3	285	34	17	27	20	1.95
80775507--80775670	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
80780010--80780193	40	4.6	40	86	8	232	24	20	28	26	1.99
80780010--80780226	80	2.7	80	81	12	234	25	20	27	25	1.99
80784730--80784801	36	2.0	36	91	0	117	23	9	16	50	1.75
80787455--80787548	41	2.2	43	79	7	104	28	18	24	28	1.98
80798247--80798420	46	3.8	47	75	10	153	25	18	30	24	1.98
80798249--80798420	92	1.9	94	88	2	267	25	19	30	25	1.98
80805468--80805536	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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80813464--80813532	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
80815152--80815189	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
80818219--80818402	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
80820304--80820424	47	2.6	45	78	11	120	27	17	30	24	1.97
80820396--80820519	46	2.7	44	85	9	160	25	16	30	27	1.96
80823273--80823339	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
80823390--80823508	23	5.1	23	95	1	211	26	21	22	30	1.99
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80846116--80846279	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
80846116--80846313	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
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80854478--80854836	96	3.8	92	78	12	279	27	19	29	24	1.98
80858049--80858086	16	2.4	16	90	0	58	47	13	23	15	1.81
80858316--80858411	29	3.3	29	83	1	122	26	15	29	29	1.96
80861051--80861145	29	3.3	29	86	7	140	26	13	30	29	1.94
80869456--80869524	29	2.4	29	92	0	111	26	11	30	31	1.91
80884796--80884909	40	2.9	40	86	3	151	21	30	25	21	1.99
80895938--80896041	40	2.6	40	77	11	115	25	27	23	23	2.00
80897489--80897537	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80898360--80898525	40	4.2	40	78	7	160	25	21	27	25	1.99
80903036--80903078	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
80903224--80903275	26	2.0	26	100	0	104	42	0	11	46	1.40
80903757--80904026	49	5.6	49	81	5	268	29	17	27	24	1.98
80903794--80904028	98	2.4	98	85	5	300	29	18	28	23	1.98
80907849--80907903	15	3.7	15	70	18	51	14	16	14	54	1.71
80909384--80909594	42	4.7	42	80	11	158	31	26	13	29	1.94
80909418--80909606	48	4.2	43	80	12	118	32	26	12	27	1.93
80909453--80909758	48	6.2	48	79	9	253	32	25	13	29	1.93
80911920--80911969	19	2.6	19	100	0	100	16	34	34	16	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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