genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.440.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  440  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127591052--127591095	23	1.9	23	100	0	88	36	0	13	50	1.42
127591629--127591661	16	2.1	16	100	0	66	18	18	6	57	1.60
127599438--127599476	16	2.5	15	79	4	51	51	0	2	46	1.14
127599465--127599499	16	2.2	16	89	0	52	57	11	5	25	1.56
127612077--127612119	17	2.5	18	81	11	54	46	2	6	44	1.43
127612076--127612116	16	2.5	17	80	11	50	48	2	7	41	1.44
127613463--127613491	13	2.1	14	93	6	51	10	0	6	82	0.83
127613917--127613958	18	2.4	18	76	4	50	47	0	0	52	1.00
127615558--127615672	59	1.9	59	80	3	133	60	12	4	23	1.50
127617687--127617730	16	2.8	16	82	0	61	59	6	6	27	1.49
127618961--127618987	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
127621575--127621695	48	2.5	48	90	2	190	23	21	21	33	1.98
127624468--127624538	30	2.3	30	82	2	88	32	14	12	40	1.83
127637152--127637213	30	2.1	30	100	0	124	33	11	29	25	1.91
127640721--127640775	27	2.0	27	96	0	101	40	20	12	27	1.88
127644862--127644940	38	2.1	38	95	0	140	20	24	17	37	1.93
127644951--127644997	23	2.0	23	100	0	94	34	12	8	44	1.73
127649887--127649918	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
127654026--127654148	32	3.7	32	86	6	156	39	20	13	27	1.89
127658477--127659489	505	2.0	505	100	0	2026	32	15	13	38	1.86
127661947--127662095	50	3.0	50	88	2	237	35	14	21	28	1.93
127662108--127662309	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127662340--127662463	47	2.6	49	81	9	134	29	14	25	30	1.95
127663390--127663436	16	2.7	18	78	18	55	31	0	0	68	0.90
127664417--127664469	28	2.0	28	82	14	67	47	0	0	52	1.00
127665098--127665139	19	2.3	19	95	4	77	42	4	0	52	1.22
127666381--127666509	64	2.0	64	93	3	224	34	13	8	42	1.75
127668416--127668440	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
127671958--127672036	39	2.0	39	100	0	158	36	7	17	37	1.79
127677105--127677153	16	3.1	17	82	8	59	57	0	0	42	0.99
127682665--127682705	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
127686128--127686159	15	2.1	15	100	0	64	46	12	0	40	1.42
127692893--127692935	23	1.9	22	90	4	68	30	0	2	67	1.03
127692885--127692948	30	2.1	31	85	2	85	31	0	3	65	1.08
127696284--127696361	37	2.1	37	100	0	156	41	19	12	26	1.87
127698324--127698359	18	2.0	18	100	0	72	50	5	5	38	1.49
127706943--127707193	46	5.5	46	91	0	360	40	15	23	20	1.90
127707454--127707500	25	2.0	25	83	8	62	55	4	12	27	1.56
127712350--127712424	26	2.9	26	95	0	132	37	26	4	32	1.75
127726399--127726437	20	1.9	21	85	15	55	69	10	12	7	1.37
127733951--127734058	26	4.2	26	95	0	180	36	23	7	33	1.83
127746685--127746745	28	2.2	28	87	0	86	52	13	9	24	1.70
127746696--127746754	28	2.1	28	100	0	118	47	16	6	28	1.72
127751868--127751932	32	2.0	32	100	0	130	33	15	9	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127755324--127755369	5	9.2	5	95	0	83	19	0	2	78	0.86
127755315--127755369	20	2.7	20	94	2	92	18	1	3	76	1.02
127758750--127758827	26	3.0	26	96	0	147	30	6	26	35	1.82
127760309--127760359	26	2.0	27	84	7	70	39	21	15	23	1.92
127765785--127765866	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
127767342--127767391	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
127769863--127769895	5	6.4	5	96	3	57	18	3	0	78	0.87
127772335--127772442	26	4.2	26	90	2	164	32	7	24	36	1.83
127773868--127773942	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
127774047--127774190	26	5.6	26	85	8	179	15	25	25	34	1.94
127774047--127774204	53	3.1	52	83	13	204	15	24	24	36	1.94
127782192--127782322	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
127782192--127782322	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
127790127--127790257	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
127790127--127790257	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
127793485--127793518	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
127794685--127794776	44	2.1	44	83	4	114	22	20	23	32	1.98
127797611--127797720	26	4.2	26	94	0	184	33	5	24	36	1.79
127799506--127799791	136	2.1	137	96	0	520	24	18	25	32	1.97
127803428--127803493	21	3.3	21	70	20	68	40	24	21	13	1.89
127803421--127803509	39	2.3	39	90	0	142	39	23	22	14	1.91
127808650--127808707	30	1.9	30	100	0	116	37	12	13	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127810625--127810894	138	2.0	137	91	0	441	31	16	18	34	1.93
127813471--127813566	47	2.0	47	100	0	192	27	16	25	31	1.97
127815516--127815691	46	3.8	46	74	12	171	22	19	27	30	1.98
127815514--127815682	93	1.8	93	90	0	275	23	20	26	28	1.99
127817277--127817335	24	2.5	24	80	5	75	52	20	15	11	1.73
127817531--127817642	29	3.9	29	81	5	138	25	16	32	25	1.96
127841160--127841201	22	1.9	22	90	0	66	35	23	7	33	1.82
127842600--127842662	31	2.0	31	100	0	126	19	22	12	46	1.83
127842610--127842677	31	2.2	31	81	5	75	26	23	8	41	1.83
127853779--127853816	17	2.1	19	85	9	53	68	5	2	23	1.23
127859453--127859483	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
127864506--127864539	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
127864990--127865039	2	25.5	2	87	4	75	46	0	4	50	1.20
127866012--127866061	15	3.3	15	83	10	57	38	4	4	54	1.38
127866021--127866064	21	2.1	21	83	8	54	43	4	2	50	1.35
127867589--127867630	19	2.2	19	86	0	57	2	23	7	66	1.28
127868578--127868625	18	2.5	19	76	6	53	31	8	12	47	1.71
127873219--127873384	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
127873219--127873382	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
127880706--127880871	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
127880706--127880869	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
127890352--127890409	17	3.4	17	66	4	53	48	18	12	20	1.80
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127890346--127890415	35	2.0	35	100	0	140	51	20	11	17	1.75
127893810--127893852	11	3.9	11	84	0	59	55	41	2	0	1.12
127893802--127893855	22	2.5	22	96	0	99	55	37	5	1	1.34
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127906276--127906300	12	2.1	12	100	0	50	36	0	8	56	1.29
127911509--127911831	129	2.5	129	81	1	351	35	20	16	28	1.94
127912297--127912350	27	2.0	27	82	7	65	57	1	7	33	1.37
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127915953--127915997	12	4.2	11	86	13	51	0	15	0	84	0.62
127920074--127920108	3	12.0	3	87	6	54	65	0	2	31	1.07
127928832--127928950	59	2.0	59	100	0	238	40	5	13	41	1.66
127929771--127930133	129	2.8	129	81	2	417	34	18	17	29	1.94
127935357--127935414	30	1.9	30	93	6	100	32	24	1	41	1.65
127937043--127937097	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
127937287--127937348	3	20.7	3	89	0	97	64	0	1	33	1.03
127937447--127937508	3	20.3	3	83	3	79	67	1	1	29	1.09
127938357--127938423	35	1.9	35	100	0	134	20	11	50	16	1.76
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127952700--127952730	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
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127956078--127956317	132	1.8	132	88	1	365	37	20	18	23	1.94
127956621--127956674	3	18.0	3	88	0	81	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127956993--127957070	3	25.3	3	73	19	56	64	1	3	30	1.20
127957395--127957486	26	3.7	26	87	8	129	65	29	0	5	1.15
127957395--127957483	23	3.6	24	85	8	117	66	28	0	5	1.14
127957395--127957487	25	3.8	24	85	7	107	64	30	0	5	1.16
127957964--127959134	44	27.2	44	89	3	1598	21	32	16	29	1.95
127957964--127959131	429	2.7	425	88	3	1711	22	32	16	29	1.96
127959993--127960017	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
127963090--127963197	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
127970478--127970585	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
127973107--127973138	15	2.1	15	100	0	64	21	31	34	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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