genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.355.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  355  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102854734--102854839	7	15.9	7	69	14	55	33	1	2	62	1.21
102854858--102854893	7	5.0	7	86	6	54	30	0	0	69	0.89
102854732--102854888	19	7.7	19	66	24	56	31	4	1	62	1.26
102855018--102855079	18	3.4	17	74	12	52	38	1	3	56	1.25
102855006--102855072	16	4.0	16	76	12	64	38	1	2	56	1.24
102856897--102856952	28	2.0	28	100	0	112	25	21	10	42	1.85
102857305--102857351	19	2.3	21	79	17	55	34	4	8	53	1.51
102860350--102860498	43	3.5	43	74	4	122	27	16	24	32	1.96
102860669--102860707	2	19.0	2	94	5	69	48	0	2	48	1.15
102872107--102872280	46	3.8	46	78	15	207	20	20	29	29	1.98
102872104--102872273	92	1.8	92	94	2	306	20	21	30	28	1.98
102874012--102874082	35	2.0	35	100	0	142	33	25	16	23	1.96
102875668--102875696	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
102882381--102882555	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
102882378--102882548	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98
102885709--102885876	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
102885725--102885874	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
102893711--102893878	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
102902175--102902213	20	1.9	21	89	5	62	38	10	20	30	1.86
102904151--102904464	49	6.6	48	73	13	179	24	25	20	29	1.99
102904106--102904370	142	1.8	145	82	10	339	25	24	20	29	1.99
102904293--102904467	48	3.6	48	86	4	230	24	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102904298--102904476	94	1.9	96	82	5	229	25	25	18	30	1.98
102906625--102906687	20	3.0	20	88	6	90	42	19	25	12	1.86
102924614--102924683	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
102931379--102931416	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
102946311--102946446	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
102946286--102946445	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
102956792--102956922	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
102958599--102958634	17	2.1	17	94	0	63	0	38	11	50	1.38
102962348--102962474	42	3.0	42	78	12	123	25	18	27	28	1.98
102963425--102963449	13	1.9	13	100	0	50	24	40	28	8	1.83
102979627--102979663	17	2.2	17	95	0	65	27	8	5	59	1.48
102983566--102983802	42	5.6	42	70	11	137	36	20	19	23	1.95
102984374--102984398	10	2.5	10	100	0	50	52	24	8	16	1.70
102994257--102994330	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
102995491--102995543	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
103002154--103002227	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
103003386--103003443	20	3.2	18	79	13	57	5	15	1	77	1.02
103007997--103008172	46	3.8	45	79	10	194	21	20	28	29	1.98
103007993--103008164	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
103011340--103011430	40	2.3	40	83	9	123	31	25	13	29	1.93
103012422--103012459	13	2.9	13	85	14	60	52	23	0	23	1.47
103028293--103028478	40	4.7	40	82	5	173	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103032274--103032298	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
103037202--103037271	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
103040407--103040593	49	3.8	49	80	4	234	28	26	18	26	1.98
103040420--103040593	48	3.5	49	81	11	221	29	26	17	26	1.98
103040412--103040598	99	1.9	100	94	3	333	28	26	19	25	1.98
103043048--103043121	30	2.5	30	84	8	98	63	16	12	8	1.51
103043035--103043108	30	2.9	24	75	24	64	63	13	13	9	1.52
103043061--103043117	15	3.8	15	73	15	55	63	17	12	7	1.50
103046098--103046242	51	2.9	49	82	9	177	30	25	17	26	1.98
103055592--103055627	17	2.1	17	100	0	72	47	19	11	22	1.80
103068841--103069096	40	6.5	39	87	3	295	23	23	28	25	1.99
103068841--103069096	79	3.2	80	86	3	322	23	23	28	25	1.99
103068841--103069070	119	1.9	119	87	5	340	22	23	29	25	1.99
103068841--103069096	119	2.2	119	85	6	333	23	23	28	25	1.99
103073812--103073841	12	2.5	12	94	0	51	20	3	20	56	1.56
103074283--103074336	24	2.2	24	87	6	74	53	1	1	42	1.22
103074403--103074448	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
103077455--103077488	17	2.0	17	100	0	68	35	0	17	47	1.48
103083526--103083691	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
103083526--103083675	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
103091526--103091692	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
103097955--103098143	29	6.6	29	91	2	292	33	15	21	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103100506--103100559	6	9.2	6	95	4	101	16	0	0	83	0.65
103107311--103107395	41	2.1	41	97	0	161	42	23	15	18	1.88
103118313--103118349	18	2.1	18	100	0	74	21	0	10	67	1.21
103121399--103121458	30	2.0	30	93	0	102	23	33	6	36	1.81
103122960--103123073	43	2.7	43	84	4	142	31	25	17	25	1.97
103122960--103123116	43	3.7	42	80	5	138	32	22	17	26	1.97
103127314--103127359	22	2.1	22	83	0	56	19	10	13	56	1.66
103128713--103128750	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
103129077--103129611	267	2.0	268	97	0	1000	37	10	12	39	1.78
103147423--103147482	31	1.9	31	93	0	102	35	6	8	50	1.59
103148945--103148982	16	2.3	16	90	4	58	18	0	23	57	1.40
103149232--103149364	62	2.2	61	91	1	212	24	8	18	48	1.76
103151155--103151444	67	4.3	67	92	3	454	24	7	17	49	1.73
103165430--103165486	22	2.6	22	94	0	105	35	15	19	29	1.93
103167151--103167180	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
103168096--103168233	27	5.1	26	90	4	168	35	22	23	18	1.95
103169847--103169980	26	5.2	26	96	0	223	36	23	5	34	1.79
103173849--103173888	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
103173950--103174088	27	5.3	27	86	9	162	35	23	23	17	1.95
103173950--103174086	52	2.6	54	83	8	174	35	22	23	18	1.95
103175700--103175833	26	5.2	26	96	0	223	36	23	5	34	1.79
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103178046--103178081	13	2.8	12	91	8	54	75	0	25	0	0.81
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103197051--103197201	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
103205046--103205212	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
103205062--103205212	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
103206408--103206517	57	1.9	57	83	7	143	28	16	18	37	1.92
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103219718--103219764	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
103219718--103219764	20	2.5	19	83	10	69	78	4	0	17	0.90
103219784--103219869	9	9.6	9	79	5	93	27	9	18	44	1.80
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103227370--103227541	46	3.7	46	78	16	201	21	21	28	28	1.99
103228923--103229086	45	3.7	45	83	3	183	34	26	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103228923--103229086	90	1.9	86	84	7	222	34	26	17	22	1.96
103230123--103230151	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
103231435--103231460	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
103231423--103231470	16	2.9	16	76	14	53	54	6	0	39	1.26
103231423--103231507	38	2.3	39	82	13	99	52	4	2	40	1.35
103234338--103234397	29	2.1	28	81	9	68	33	21	1	43	1.63
103234340--103234404	28	2.2	31	78	10	73	36	21	3	38	1.69
103236742--103236819	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
103244593--103244656	29	2.2	29	83	2	85	31	18	28	21	1.97
103250460--103250494	12	2.8	12	86	4	52	40	25	2	31	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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