genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.349.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  349  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101072755--101072849	47	2.0	47	91	0	154	35	22	7	34	1.82
101075270--101075301	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
101090244--101090345	37	2.8	37	83	3	116	28	20	25	25	1.99
101090310--101090488	48	3.7	48	85	5	238	27	18	25	28	1.98
101091613--101091657	22	2.0	22	100	0	90	40	17	15	26	1.90
101095485--101095563	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
101095435--101095837	49	8.3	49	93	1	638	30	30	7	31	1.85
101098390--101098674	40	7.1	40	97	0	507	26	28	20	24	1.99
101100836--101100914	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
101100786--101101137	49	7.3	49	94	3	572	29	31	8	30	1.86
101104416--101104601	41	4.6	40	83	4	194	26	13	25	33	1.93
101114446--101114526	37	2.2	37	84	4	101	32	18	9	39	1.84
101118196--101118242	23	2.0	23	88	8	69	70	0	0	29	0.88
101118175--101118235	17	3.6	17	73	4	52	65	0	1	32	1.02
101118191--101118248	29	2.0	29	89	0	89	67	0	0	32	0.91
101124607--101124678	35	2.1	35	89	0	108	65	5	2	26	1.28
101137612--101137655	21	2.0	22	86	4	63	54	0	0	45	0.99
101138669--101138706	16	2.3	17	90	4	60	44	7	0	47	1.32
101138932--101138968	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
101139336--101139362	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
101139953--101139987	9	4.0	9	85	7	54	77	0	0	22	0.78
101139956--101139998	17	2.5	16	88	11	59	74	2	0	23	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101140062--101140115	18	3.0	17	80	20	65	66	1	0	31	1.02
101140064--101140114	9	5.7	9	75	15	52	68	1	0	29	1.00
101147051--101147102	25	2.0	26	92	3	88	7	13	17	61	1.54
101147415--101147472	20	3.0	20	68	31	54	0	53	1	44	1.10
101148401--101148446	20	2.1	22	84	11	60	34	0	6	58	1.24
101160824--101161010	89	2.1	90	85	3	252	27	17	18	36	1.93
101160948--101161081	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
101160860--101161241	160	2.4	161	95	2	680	28	17	21	32	1.96
101161108--101161316	73	2.9	69	87	7	274	26	16	24	32	1.96
101160948--101161376	233	1.8	233	87	4	641	27	17	22	33	1.96
101161340--101161479	51	2.7	52	81	14	166	32	15	20	32	1.93
101161539--101161787	68	3.5	69	80	6	250	29	16	22	30	1.96
101161889--101162099	58	3.8	54	85	8	273	30	16	18	34	1.93
101162293--101162394	44	2.3	44	94	1	179	24	21	29	24	1.99
101163199--101163249	25	2.0	25	88	0	75	9	11	15	62	1.53
101163561--101163617	18	3.0	19	69	30	50	0	54	1	43	1.10
101164546--101164591	20	2.1	22	84	11	60	34	0	6	58	1.24
101164873--101164915	2	22.5	2	81	9	54	48	4	0	46	1.22
101166559--101166586	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101167114--101167182	27	2.6	27	95	0	120	46	0	15	37	1.47
101168082--101168164	24	3.4	26	71	17	72	22	22	20	33	1.97
101173302--101173353	26	2.0	26	100	0	104	19	34	3	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101177204--101177244	16	2.6	16	84	0	64	46	14	0	39	1.45
101194221--101194282	27	2.3	26	83	8	79	33	22	11	32	1.90
101195777--101195821	22	2.0	22	82	8	54	22	20	2	55	1.54
101196385--101196416	17	1.9	17	93	6	57	56	9	3	31	1.47
101202772--101202870	40	2.4	41	81	11	112	29	18	25	27	1.98
101208484--101208529	21	2.1	22	84	4	58	60	15	6	17	1.55
101213016--101213040	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
101214658--101214692	16	2.2	16	90	10	54	57	0	0	42	0.99
101215101--101215139	21	2.0	21	85	10	55	46	5	0	48	1.24
101215283--101215322	21	2.0	20	85	5	53	37	0	2	60	1.11
101218653--101218730	39	2.0	39	100	0	156	38	7	17	35	1.79
101231283--101231433	75	2.0	75	98	0	293	25	15	16	41	1.88
101235267--101235319	20	2.7	20	97	2	99	60	3	11	24	1.47
101241664--101241830	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
101248371--101248478	55	2.0	53	84	10	139	37	18	15	28	1.92
101249669--101249835	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
101251283--101251436	43	3.6	43	87	1	193	27	7	22	42	1.81
101252760--101252805	24	1.9	24	90	0	74	17	32	19	30	1.95
101252936--101253000	26	2.5	26	80	2	69	18	24	23	33	1.96
101252987--101253079	48	1.9	48	82	4	116	18	27	22	31	1.97
101253546--101253606	30	2.0	30	100	0	122	36	13	13	37	1.83
101254975--101255034	26	2.3	26	88	5	86	35	15	8	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101259445--101259636	47	4.1	47	79	6	167	23	15	29	31	1.95
101259491--101259669	94	1.9	94	81	5	218	22	13	30	33	1.93
101267128--101267187	30	2.0	30	90	0	93	38	5	25	31	1.77
101267610--101267782	46	3.7	46	77	14	194	21	20	28	29	1.98
101267607--101267777	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
101271223--101271273	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
101272060--101272182	49	2.6	48	83	6	146	24	18	29	27	1.98
101271921--101272233	46	6.7	47	72	10	171	27	18	29	24	1.98
101271921--101272182	92	2.8	92	80	6	246	27	19	29	24	1.98
101275542--101275639	24	4.0	24	94	1	169	34	4	39	21	1.72
101275548--101275642	12	7.9	12	66	9	59	34	5	37	22	1.77
101278203--101278342	40	3.5	40	83	1	120	27	23	27	22	1.99
101278240--101278368	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
101280470--101280550	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
101280470--101280560	32	2.8	31	72	9	74	26	18	26	28	1.98
101282279--101282320	21	2.0	21	100	0	84	38	9	14	38	1.78
101287098--101287153	29	1.9	29	92	0	94	19	25	7	48	1.74
101287125--101287234	46	2.4	46	96	0	202	20	24	13	41	1.88
101287295--101287448	33	4.7	33	72	12	120	24	25	18	31	1.98
101297744--101297879	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
101302025--101302076	25	2.0	26	85	3	70	26	13	23	36	1.92
101303556--101303687	50	2.6	50	95	2	230	36	24	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101303556--101303687	26	5.2	25	90	7	205	36	24	5	34	1.78
101304685--101304778	29	3.2	29	89	0	143	29	24	15	29	1.96
101307389--101307522	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
101307389--101307522	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
101313218--101313353	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
101314362--101314493	29	4.6	29	87	1	176	28	24	15	31	1.96
101314362--101314493	58	2.3	59	89	5	198	28	24	15	31	1.96
101327626--101327807	40	4.6	40	93	2	305	23	22	28	25	1.99
101335837--101335884	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
101336121--101336179	31	1.9	31	82	6	75	28	18	5	47	1.70
101337711--101337936	98	2.4	97	83	7	259	26	18	30	24	1.98
101337758--101337884	49	2.6	49	86	5	168	27	19	29	23	1.98
101339860--101339905	22	2.0	23	91	8	76	10	30	32	26	1.90
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101350663--101350769	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
101356280--101356313	11	3.1	11	95	0	59	38	2	17	41	1.65
101356280--101356323	22	2.0	22	81	0	52	36	6	15	40	1.74
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101363410--101363436	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
101369900--101369969	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101377901--101377970	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
101383826--101383892	25	2.7	25	80	0	71	25	25	17	31	1.97
101386167--101386194	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
101388952--101389010	29	2.0	29	93	0	100	50	11	8	28	1.68
101390238--101390262	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
101390235--101390277	15	2.9	14	83	16	52	23	2	0	74	0.93
101394281--101394591	49	6.4	49	94	0	480	32	8	29	29	1.87
101394290--101394611	146	2.2	148	89	1	486	31	9	29	29	1.88
101394660--101394743	37	2.2	37	93	6	143	20	20	33	26	1.97
101397908--101398052	49	3.0	49	81	4	175	27	17	26	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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