genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  17  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4881387--4881443	21	2.7	21	94	2	96	82	1	0	15	0.75
4882038--4882068	16	1.9	16	100	0	62	16	19	19	45	1.86
4885233--4885335	43	2.4	43	96	0	188	22	23	32	22	1.98
4889623--4889647	9	2.8	9	100	0	50	8	0	8	84	0.79
4890647--4890737	42	2.1	42	82	6	103	20	12	34	32	1.90
4890845--4890920	6	12.7	6	82	14	79	81	0	2	15	0.80
4890844--4890914	16	4.4	15	80	18	81	80	0	2	16	0.83
4890852--4890917	20	3.5	20	86	10	86	80	0	3	16	0.84
4909731--4909760	8	3.6	8	91	8	51	13	3	0	83	0.77
4915312--4915437	42	3.0	41	80	8	137	14	21	17	46	1.83
4915351--4915416	21	3.1	21	72	8	71	12	21	18	48	1.80
4915768--4915880	50	2.3	50	90	0	172	26	10	27	35	1.89
4915814--4915927	42	2.7	43	86	5	151	28	9	28	33	1.89
4915867--4915948	42	2.0	42	85	0	110	31	13	25	29	1.94
4917819--4917851	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
4917819--4917852	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
4918108--4918165	22	2.6	22	81	7	64	41	18	5	34	1.73
4918144--4918180	19	1.9	19	94	0	65	35	18	10	35	1.86
4918147--4918188	19	2.3	19	84	8	52	38	14	14	33	1.86
4918512--4918666	45	3.5	45	80	5	181	23	27	14	34	1.94
4918680--4918974	78	3.8	78	90	2	459	25	23	18	31	1.98
4918724--4919454	287	2.6	277	86	7	1057	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4919056--4919261	78	2.6	78	88	1	297	24	22	18	33	1.96
4918613--4919387	365	2.1	363	79	8	847	25	23	18	33	1.97
4919288--4919454	72	2.2	74	87	6	230	26	22	18	31	1.97
4919089--4919734	193	3.2	195	82	10	701	25	21	18	34	1.96
4927723--4927759	18	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
4928047--4928137	19	4.9	19	88	8	143	38	15	9	36	1.81
4928059--4928129	35	2.0	36	94	2	126	38	14	9	38	1.79
4933867--4933905	11	3.6	11	86	3	53	61	0	35	2	1.10
4939124--4939181	30	1.9	30	85	0	80	17	29	34	18	1.94
4942464--4942547	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
4947185--4947229	23	2.1	23	88	12	69	28	24	8	37	1.86
4956680--4956757	26	3.1	25	80	5	86	32	20	19	28	1.97
4956970--4957084	31	3.7	31	95	1	196	34	17	24	23	1.96
4957362--4957390	12	2.3	13	94	5	51	24	0	3	72	1.00
4958138--4958273	42	3.2	41	76	7	130	44	17	22	15	1.86
4958158--4958223	21	3.2	20	71	14	53	43	18	25	12	1.84
4960689--4960782	46	2.0	46	93	0	161	27	28	11	31	1.92
4961924--4961966	20	2.1	21	86	4	61	55	11	27	4	1.55
4963879--4963917	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
4965451--4965504	26	2.1	26	83	13	67	68	3	5	22	1.26
4965450--4965529	25	3.3	22	74	22	63	68	3	3	23	1.22
4965598--4965622	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4967981--4968150	75	2.3	75	86	0	232	27	21	22	28	1.99
4980616--4980705	18	5.2	18	80	8	105	32	14	22	31	1.94
4987773--4987831	17	3.4	17	76	21	59	32	1	3	62	1.21
4987719--4987821	54	1.9	54	82	7	129	33	2	1	62	1.21
4987773--4987829	20	3.1	18	82	12	62	33	1	3	61	1.23
4987893--4987995	12	7.7	13	69	20	54	28	3	2	65	1.25
4991170--4991215	22	2.1	22	91	0	74	19	26	30	23	1.98
5003499--5003670	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
5003492--5003667	46	3.8	45	78	12	187	28	28	21	21	1.98
5009824--5009870	17	2.6	18	80	6	51	63	0	6	29	1.19
5022278--5022346	29	2.4	27	84	13	86	65	1	10	23	1.31
5025663--5025697	16	2.3	15	90	5	52	62	2	5	28	1.32
5025773--5026378	312	1.9	312	84	5	816	37	14	16	31	1.89
5035328--5035383	27	2.0	29	83	13	73	32	0	12	55	1.37
5035717--5035749	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
5039598--5039643	19	2.4	19	85	0	65	17	6	2	73	1.14
5041347--5041397	6	8.3	6	80	10	59	17	1	3	76	1.03
5041334--5041375	18	2.3	18	87	0	57	16	2	2	78	0.96
5045591--5045657	31	2.2	31	86	5	91	44	7	10	37	1.67
5046852--5046959	26	4.2	26	90	2	164	33	6	24	36	1.81
5046852--5046959	51	2.1	52	91	1	173	33	6	24	36	1.81
5048732--5049016	136	2.1	136	98	0	552	24	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5052773--5052876	25	4.2	25	85	7	133	35	3	25	35	1.74
5054593--5054640	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
5054647--5054930	136	2.1	135	97	0	532	24	18	25	31	1.98
5058064--5058120	19	3.0	19	73	14	55	57	5	0	36	1.21
5058062--5058119	18	3.1	19	80	14	59	58	5	0	36	1.20
5060519--5060589	23	3.0	24	89	8	110	22	21	19	36	1.95
5060529--5060609	23	3.3	24	87	6	110	25	18	20	34	1.96
5060756--5060814	20	3.0	20	89	0	82	40	5	16	37	1.71
5060785--5060877	20	4.7	20	75	9	66	34	7	19	38	1.80
5068564--5068699	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
5074394--5074528	26	5.2	26	94	1	227	33	5	24	37	1.78
5080196--5080327	50	2.6	50	92	4	214	32	5	25	37	1.78
5080196--5080327	26	5.2	26	90	7	200	32	5	25	37	1.78
5084262--5084286	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
5087294--5087377	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
5093050--5093185	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
5099986--5100014	13	2.3	13	94	5	51	34	0	0	65	0.93
5101791--5101822	15	2.0	17	88	11	50	50	0	3	46	1.17
5102661--5102705	20	2.3	19	84	7	63	0	57	2	40	1.11
5102665--5102717	19	2.8	18	80	11	61	0	52	1	45	1.11
5103647--5103692	23	2.0	22	88	12	67	36	0	2	60	1.09
5103652--5103697	20	2.1	22	84	11	60	34	0	6	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5114241--5114383	71	2.0	72	82	8	175	29	18	20	31	1.96
5114146--5115152	89	12.5	79	72	19	595	28	17	19	33	1.95
5114147--5115189	160	6.5	159	79	15	783	28	18	19	33	1.96
5114147--5114867	160	4.4	160	83	13	961	29	17	19	33	1.95
5114569--5114702	71	1.9	71	85	3	189	32	15	21	30	1.95
5114729--5114871	71	2.0	72	82	8	175	29	18	20	31	1.96
5114880--5115043	88	1.9	88	85	5	233	29	18	18	34	1.94
5114962--5115187	77	3.0	75	85	4	285	26	20	21	32	1.97
5115174--5115225	14	3.8	14	80	14	63	17	17	5	59	1.56
5115202--5115236	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
5115174--5115237	27	2.3	27	81	2	74	21	15	4	57	1.56
5117534--5117579	23	2.0	22	88	12	67	36	0	2	60	1.09
5117539--5117584	20	2.1	22	84	11	60	34	0	6	58	1.24
5120999--5121334	71	4.7	71	76	2	307	32	20	17	29	1.96
5120999--5121332	142	2.4	142	88	0	497	32	20	17	29	1.96
5126588--5126748	14	10.7	14	77	15	153	54	18	8	18	1.67
5126588--5126686	34	3.0	33	86	5	148	53	19	8	19	1.69
5127171--5127243	36	2.1	34	82	10	85	16	0	34	49	1.46
5127875--5127919	17	2.6	17	93	6	74	28	8	8	53	1.62
5129253--5129286	12	2.8	12	86	0	50	26	26	5	41	1.78
5131486--5131518	6	5.7	6	89	7	50	87	0	9	3	0.63
5133675--5133899	73	3.1	72	83	5	299	29	17	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5133687--5133986	76	3.9	75	80	8	284	30	17	21	32	1.95
5133814--5134077	90	2.9	90	89	5	410	27	16	19	36	1.93
5133979--5134009	16	1.9	16	93	0	53	16	12	6	64	1.47
5133995--5134269	75	3.7	74	83	5	337	29	15	22	33	1.94
5134164--5134669	127	3.9	127	80	11	515	29	15	21	33	1.94
5134410--5134705	74	4.1	72	87	4	407	29	16	20	33	1.94
5134400--5134853	147	3.0	145	81	10	536	29	16	19	34	1.94
5134689--5134717	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
5134561--5135034	160	3.0	159	80	6	503	31	15	19	32	1.93
5134722--5134853	71	1.9	71	91	3	221	31	15	20	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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