genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  281  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81304464--81304501	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81304725--81304895	46	3.7	46	77	12	190	29	28	19	22	1.98
81304730--81304898	92	1.8	92	91	2	277	28	28	20	21	1.98
81308593--81308816	40	5.6	40	86	6	301	25	26	23	24	2.00
81308593--81308816	83	2.8	80	87	4	308	25	26	23	24	2.00
81315456--81315493	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81315723--81315893	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
81315718--81315890	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
81322880--81323010	46	2.8	48	78	12	164	23	19	27	29	1.99
81329315--81329442	51	2.5	51	93	2	211	50	10	22	16	1.74
81330750--81330940	40	4.8	40	89	2	269	23	24	28	23	1.99
81337507--81337631	53	2.4	53	93	2	207	52	8	21	16	1.70
81338944--81339134	40	4.8	40	88	2	260	23	24	28	23	1.99
81342944--81343009	15	4.4	15	82	0	60	31	13	1	53	1.49
81349492--81349600	53	2.1	53	100	0	218	23	9	32	34	1.87
81359663--81359700	13	2.7	14	84	12	51	52	0	7	39	1.31
81369075--81369240	38	3.9	40	83	15	201	37	16	24	21	1.93
81369118--81369289	46	3.8	46	88	2	231	40	15	23	20	1.91
81369119--81369307	91	2.1	90	82	5	229	41	15	21	20	1.90
81379414--81379443	16	1.9	16	93	6	53	63	3	6	26	1.35
81382883--81382932	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
81391344--81391393	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81395244--81395484	3	81.3	3	68	14	72	56	2	9	31	1.44
81395199--81395259	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
81395484--81395515	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
81395619--81395661	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
81395756--81395791	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
81395884--81395912	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
81396391--81396441	24	2.1	24	92	0	84	45	23	3	27	1.70
81396391--81396449	24	2.6	23	86	5	75	38	23	3	33	1.72
81396635--81396672	14	2.7	14	88	12	60	5	2	5	86	0.76
81396636--81396672	13	2.8	13	95	4	65	5	2	5	86	0.78
81397825--81397859	12	2.8	12	95	4	61	85	5	2	5	0.81
81398048--81398097	25	2.1	24	85	10	68	38	4	20	38	1.71
81398056--81398112	25	2.2	25	90	3	87	24	5	21	49	1.70
81398048--81398107	25	2.6	22	78	14	66	33	3	23	40	1.71
81398699--81398734	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
81398829--81398871	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
81398975--81399006	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
81399006--81399268	3	89.0	3	69	12	134	31	6	3	59	1.38
81399018--81399049	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
81404334--81404358	10	2.5	10	100	0	50	36	0	8	56	1.29
81418989--81419137	55	2.8	53	83	4	174	35	18	26	19	1.95
81419006--81419149	53	2.7	53	83	2	171	36	17	25	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81419251--81419283	16	2.0	17	94	5	59	42	3	18	36	1.66
81420096--81420121	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
81422317--81422360	22	2.0	22	86	4	61	34	0	2	63	1.07
81422317--81422366	24	2.1	23	85	3	64	30	0	4	66	1.10
81425916--81426013	42	2.3	43	81	16	109	28	7	2	62	1.33
81425947--81426232	3	95.3	3	72	10	140	27	6	3	62	1.35
81428445--81428488	23	1.9	23	81	9	54	59	0	4	36	1.18
81432846--81432885	20	2.0	21	85	5	55	32	5	20	42	1.73
81441815--81441905	40	2.3	40	80	9	107	14	8	35	41	1.77
81450416--81450854	44	9.7	44	73	9	276	34	19	17	28	1.95
81454187--81454257	30	2.3	31	92	2	117	29	15	9	45	1.78
81455020--81455058	20	2.0	19	85	5	51	2	12	2	82	0.89
81456904--81456974	37	1.9	37	97	0	133	23	18	14	43	1.86
81465410--81465467	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
81465513--81465553	18	2.3	18	84	12	50	68	2	14	14	1.32
81466870--81466962	42	2.2	42	96	0	168	26	29	19	24	1.98
81466995--81467280	86	3.3	86	86	2	317	19	23	21	36	1.95
81467089--81467232	44	3.3	44	68	14	136	19	24	22	34	1.97
81467427--81467622	44	4.5	45	71	10	138	17	22	21	37	1.94
81472374--81472398	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
81484088--81484145	25	2.3	24	80	13	64	58	6	3	31	1.41
81484191--81484231	18	2.3	18	84	12	50	68	2	14	14	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81486915--81486969	24	2.3	24	78	6	58	41	0	0	58	0.98
81491618--81491670	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
81493154--81493237	26	3.2	26	98	0	159	36	26	4	32	1.77
81497047--81497107	27	2.3	27	100	0	122	16	31	3	49	1.62
81497058--81497116	27	2.2	27	84	0	73	18	30	5	45	1.71
81497608--81497852	41	6.0	41	87	1	325	30	18	26	24	1.98
81497628--81497878	82	3.1	82	77	12	250	30	18	25	25	1.98
81498410--81498538	7	18.1	7	69	15	52	17	3	38	40	1.66
81498464--81498528	29	2.2	30	86	5	89	20	1	38	40	1.62
81498775--81498879	28	3.9	27	72	19	78	29	0	25	43	1.61
81498795--81498840	21	2.1	22	92	4	76	26	0	28	45	1.54
81498956--81499014	28	2.1	28	84	6	75	15	1	33	49	1.55
81498999--81499051	21	2.6	21	81	3	54	30	1	26	41	1.66
81499011--81499082	28	2.6	29	82	10	87	29	1	27	41	1.64
81500433--81500547	44	2.5	46	84	2	144	35	13	23	26	1.93
81502146--81502181	6	6.0	6	100	0	72	0	66	0	33	0.92
81503935--81503964	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
81504035--81504403	183	2.0	183	95	0	666	26	14	14	43	1.84
81504600--81504628	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
81504821--81506085	419	3.0	419	97	0	2379	36	13	10	39	1.79
81506134--81506238	53	2.1	49	83	7	129	44	5	3	45	1.45
81511818--81511865	21	2.3	21	92	7	80	22	20	56	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81512176--81512333	40	3.8	41	83	5	183	30	19	20	29	1.97
81512159--81512358	43	4.7	43	80	6	187	30	19	20	30	1.97
81512786--81512823	17	2.2	17	90	0	58	60	0	5	34	1.19
81519254--81519320	24	2.7	23	80	17	64	58	7	4	29	1.46
81519280--81519370	46	2.0	46	88	0	137	63	6	1	28	1.26
81519169--81519370	26	8.2	24	70	17	130	60	6	4	28	1.41
81519410--81519457	24	2.0	25	83	4	62	64	0	2	33	1.05
81519503--81519587	25	3.3	25	82	11	84	60	3	3	32	1.31
81519661--81519688	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
81521340--81521766	44	9.6	44	74	6	315	28	20	18	32	1.96
81521323--81521766	133	3.3	132	82	3	491	28	20	18	32	1.96
81526774--81526820	19	2.5	20	89	6	71	48	6	19	25	1.72
81528797--81528897	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
81535924--81536024	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
81539924--81540126	26	8.2	25	70	17	113	60	6	4	28	1.42
81539996--81540126	46	2.7	47	80	6	131	59	6	4	29	1.42
81540166--81540222	30	1.9	30	88	0	87	66	1	1	29	1.12
81541428--81541491	25	2.6	25	97	0	119	26	29	14	29	1.95
81548437--81548653	64	3.3	64	63	18	154	31	25	16	25	1.96
81548403--81548687	136	2.1	136	96	0	525	32	25	17	24	1.97
81548694--81548741	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
81550470--81550579	26	4.2	26	90	0	175	36	23	5	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81550470--81550579	52	2.1	52	98	0	211	36	23	5	34	1.78
81552542--81552575	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
81552805--81552848	23	2.0	24	86	13	67	15	15	27	40	1.88
81554429--81554453	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
81557113--81557141	14	2.0	15	93	6	51	31	13	13	41	1.84
81561178--81561308	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
81561195--81561345	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
81569207--81569375	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
81572304--81572344	19	2.2	18	91	4	64	65	0	4	29	1.13
81577626--81577762	3	43.0	3	72	16	91	29	7	2	61	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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