genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  284  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82107982--82108037	26	2.2	26	87	6	78	60	17	0	21	1.36
82108215--82108249	18	1.9	18	94	0	61	45	5	0	48	1.26
82109039--82109072	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
82110174--82110199	7	3.7	7	100	0	52	15	0	11	73	1.11
82116054--82116094	21	2.0	21	85	0	55	21	58	2	17	1.50
82117238--82117389	79	1.9	79	81	7	184	26	13	19	40	1.89
82125925--82125976	14	4.0	12	76	16	50	57	0	5	36	1.23
82127472--82127610	44	3.2	43	84	8	147	27	24	17	30	1.97
82127405--82127655	88	2.8	87	71	8	220	28	23	20	27	1.99
82127415--82128065	176	3.7	177	84	4	748	29	21	18	30	1.97
82127558--82128065	176	2.9	177	87	1	750	29	21	18	31	1.97
82127977--82128066	45	2.0	45	86	4	128	30	21	17	31	1.96
82128136--82128188	23	2.3	22	78	15	54	39	18	16	24	1.91
82143200--82143263	14	4.9	12	88	3	56	56	0	1	42	1.09
82143201--82143239	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
82146360--82146400	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
82155449--82155933	242	2.0	242	99	0	961	27	18	17	36	1.94
82164275--82164311	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
82170381--82170455	38	1.9	39	97	2	143	44	9	5	41	1.59
82171101--82171129	11	2.6	11	100	0	58	24	6	6	62	1.45
82177361--82177425	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
82178907--82178961	26	2.1	26	90	6	85	38	23	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82184960--82185167	43	5.0	43	80	5	203	32	27	15	24	1.95
82184960--82185168	82	2.5	85	79	6	221	32	27	15	24	1.96
82195561--82195608	25	1.9	25	87	8	71	52	4	20	22	1.64
82197352--82197402	4	12.0	4	88	12	75	74	0	25	0	0.82
82197352--82197402	13	4.0	13	87	2	77	74	0	25	0	0.82
82197349--82197402	17	3.1	17	97	2	99	74	0	25	0	0.83
82197627--82197683	30	2.0	28	86	13	80	42	1	19	36	1.62
82203415--82203524	26	4.2	26	95	2	177	34	5	24	35	1.79
82205137--82205256	27	4.4	27	89	2	170	17	25	23	34	1.96
82205137--82205275	54	2.6	55	88	3	194	17	24	22	35	1.96
82205137--82205275	27	5.2	27	87	8	169	17	24	22	35	1.96
82209246--82209355	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
82210973--82211111	27	5.2	26	85	6	170	17	23	23	35	1.95
82210973--82211111	54	2.6	55	87	3	194	17	23	23	35	1.95
82212982--82213017	9	4.1	9	85	7	56	72	0	27	0	0.85
82212982--82213015	4	8.0	4	87	12	50	73	0	26	0	0.83
82212982--82213017	13	2.8	13	91	0	63	72	0	27	0	0.85
82213242--82213298	30	2.0	28	83	13	71	36	1	21	40	1.63
82214366--82214582	41	5.3	40	78	9	199	35	18	21	24	1.96
82214366--82214582	81	2.7	80	79	12	237	35	18	21	24	1.96
82215108--82215163	29	1.9	29	92	0	94	35	35	8	19	1.83
82215333--82215376	15	2.9	15	90	6	63	45	20	2	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82216335--82216386	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
82218749--82218797	23	2.1	23	92	7	82	32	14	16	36	1.89
82218845--82218898	27	2.0	27	96	0	99	44	1	12	40	1.54
82218957--82219628	241	2.8	241	98	0	1290	34	18	14	32	1.91
82219672--82219784	9	12.2	9	77	5	109	46	21	0	31	1.58
82219689--82219766	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
82219685--82219796	57	2.0	57	87	0	161	45	23	0	30	1.59
82232419--82232669	43	5.8	43	92	0	403	23	32	19	24	1.97
82232419--82232664	130	1.9	129	92	0	411	24	32	19	23	1.97
82232413--82232669	87	3.0	87	90	0	408	25	31	19	24	1.98
82248082--82248189	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
82254786--82254831	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
82260805--82260845	17	2.4	17	83	4	55	70	0	2	26	0.99
82260802--82260881	37	2.1	39	81	9	94	63	1	3	31	1.20
82260805--82260909	9	11.1	9	69	15	52	60	0	4	33	1.24
82260934--82260959	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
82261102--82261154	19	2.9	18	74	17	56	39	1	0	58	1.09
82266112--82266137	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82271448--82271547	29	3.4	28	79	8	94	22	16	32	30	1.95
82280851--82280884	18	1.9	18	88	5	52	35	5	14	44	1.70
82282859--82283134	55	4.9	58	81	6	178	36	21	17	24	1.94
82282856--82283134	84	3.3	87	79	9	249	36	21	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82282888--82283134	55	4.4	56	82	5	241	37	21	17	23	1.94
82282922--82283134	55	3.8	55	86	1	264	37	23	17	21	1.94
82282843--82283134	29	10.3	29	77	9	253	35	22	17	23	1.95
82282916--82283134	84	2.6	85	82	7	259	37	22	17	22	1.94
82284461--82284516	27	2.0	27	86	3	76	39	17	8	33	1.81
82284470--82284824	27	13.1	28	72	11	114	37	19	9	34	1.83
82284470--82284576	54	2.0	54	81	7	128	37	19	10	32	1.86
82284552--82284680	54	2.4	54	76	5	136	34	21	6	37	1.81
82284876--82284939	27	2.4	27	81	5	76	37	20	21	20	1.94
82286179--82286237	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
82286288--82286454	24	7.0	24	91	3	248	28	22	22	26	1.99
82286288--82286455	71	2.3	71	89	4	248	29	22	22	26	1.99
82286646--82286740	31	3.1	31	95	0	172	38	14	22	24	1.91
82292759--82292888	65	2.0	65	100	0	260	36	20	1	41	1.61
82294476--82294535	28	2.2	26	77	11	66	28	28	10	33	1.89
82294483--82294561	28	2.8	28	86	0	113	29	26	11	32	1.91
82298685--82298740	11	5.6	10	79	12	62	35	10	17	35	1.85
82298703--82298740	20	1.9	20	100	0	76	36	10	18	34	1.85
82298786--82298855	25	2.8	25	95	0	122	24	25	22	27	2.00
82299074--82299174	30	3.3	30	97	1	184	29	14	27	27	1.96
82299074--82299186	30	3.7	30	92	4	174	30	15	26	27	1.96
82307222--82307281	27	2.2	27	100	0	120	31	23	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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82372440--82372540	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
82372469--82372540	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
82396626--82396796	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
82404656--82404826	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
82406727--82406871	43	3.4	42	78	6	130	22	18	24	33	1.97
82411312--82411381	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
82415122--82415344	79	2.8	80	91	2	360	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82415122--82415344	40	5.6	40	94	1	369	26	29	20	23	1.99
82415273--82415461	40	4.7	40	81	5	150	27	28	20	23	1.99
82415139--82415458	119	2.7	119	83	5	328	27	29	19	23	1.98
82417422--82417653	49	4.7	49	91	0	356	29	29	9	32	1.88
82421495--82421718	40	5.6	40	95	0	378	26	29	20	23	1.99
82421647--82421835	40	4.7	40	81	5	150	27	28	20	23	1.99
82421512--82421832	120	2.7	119	83	5	337	27	28	19	23	1.98
82423814--82424027	49	4.4	49	92	0	347	30	28	8	32	1.87
82428897--82428958	30	2.1	30	84	0	79	48	3	0	48	1.17
82429084--82429127	18	2.4	18	81	7	54	40	0	4	54	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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