genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  297  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85925211--85925235	8	3.1	8	100	0	50	48	24	12	16	1.79
85932707--85932798	24	4.0	23	72	12	71	64	5	0	30	1.16
85932759--85932800	21	1.9	23	90	9	70	61	2	0	35	1.09
85932759--85932806	18	2.4	21	83	10	57	62	4	0	33	1.14
85935303--85935396	3	30.0	3	85	12	86	26	5	1	67	1.19
85935535--85935791	3	85.0	3	68	13	91	29	8	2	59	1.41
85935535--85935645	47	2.4	47	85	4	147	31	9	0	58	1.35
85937816--85937861	19	2.4	19	85	7	58	17	21	15	45	1.85
85939868--85939898	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
85939860--85939899	12	3.3	12	89	0	53	80	0	17	2	0.83
85941534--85941657	60	2.0	61	89	6	187	28	17	16	37	1.92
85942073--85942748	88	7.7	88	82	3	774	27	23	21	27	1.99
85942081--85942746	44	15.2	44	63	12	143	26	23	21	27	1.99
85942073--85942748	174	3.9	173	82	3	748	27	23	21	27	1.99
85943181--85943358	94	1.9	94	81	4	216	26	20	25	27	1.99
85945297--85945381	3	28.0	3	85	11	93	28	2	4	64	1.26
85947305--85947359	23	2.4	24	90	6	87	41	5	43	9	1.59
85953151--85953226	42	1.9	41	87	12	115	48	15	10	25	1.77
85954837--85954888	6	8.5	6	89	2	77	78	1	1	17	0.93
85964154--85964197	18	2.4	18	81	14	54	65	6	4	22	1.35
85964158--85964196	17	2.2	19	86	9	55	64	7	5	23	1.40
85964233--85964291	4	15.8	4	75	10	54	72	1	5	20	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85968127--85968403	51	5.7	50	68	15	170	28	18	17	35	1.94
85968098--85968408	95	3.3	95	84	1	354	28	18	17	35	1.94
85968128--85968414	96	3.0	96	85	1	380	28	18	16	35	1.93
85981761--85981811	26	2.0	26	88	7	77	54	1	1	41	1.22
85981937--85981976	19	2.2	19	86	4	55	65	7	5	22	1.38
85982005--85982061	4	15.0	4	78	10	66	73	0	5	21	1.02
85982005--85982063	27	2.2	26	82	5	73	74	0	5	20	1.00
85983337--85983394	23	2.5	23	75	13	57	18	5	22	53	1.64
85983612--85983637	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
85983853--85983910	25	2.3	25	81	0	71	20	43	15	20	1.88
85984636--85984690	28	1.9	29	85	3	76	40	7	3	49	1.48
85996459--85996512	16	3.5	16	70	10	58	42	7	24	25	1.80
85996475--85996526	14	3.6	14	70	10	50	40	7	28	23	1.82
85996454--85996532	30	2.6	30	100	0	158	39	6	27	26	1.80
85996966--85997138	46	3.7	46	76	10	190	22	20	27	30	1.98
85996963--85997133	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
85997363--85997400	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
86000362--86000446	42	2.0	42	100	0	170	20	11	18	49	1.78
86003678--86003827	65	2.3	64	86	4	203	21	22	24	32	1.98
86006485--86006638	53	2.9	53	84	2	195	26	16	26	29	1.97
86014001--86014139	53	2.6	53	89	0	206	25	17	27	29	1.98
86023257--86023299	21	2.0	21	90	0	68	32	6	37	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86024307--86024336	14	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
86025080--86025151	33	2.2	33	92	2	119	45	9	29	15	1.78
86029093--86029195	29	3.6	27	80	7	107	30	33	15	20	1.94
86037031--86037130	29	3.6	27	83	4	112	30	34	15	21	1.93
86044957--86045035	28	2.8	29	82	1	88	29	32	15	22	1.95
86044964--86045065	29	3.6	28	81	1	105	28	33	16	21	1.95
86048961--86049055	40	2.4	40	87	7	131	26	13	25	34	1.93
86049411--86049521	51	2.2	52	80	4	118	23	0	37	38	1.55
86049482--86049588	15	7.2	15	75	7	85	24	0	40	34	1.62
86049480--86049588	22	4.9	23	74	6	82	24	0	40	33	1.62
86049520--86049605	37	2.3	37	87	0	118	23	2	40	33	1.67
86049482--86049588	7	14.4	7	72	11	79	24	0	40	34	1.62
86049537--86049622	37	2.3	37	88	4	120	24	1	37	37	1.63
86049656--86049798	22	6.6	22	69	10	64	19	2	40	37	1.64
86049703--86049742	7	5.6	7	85	5	53	15	2	40	42	1.60
86049648--86049800	14	10.6	14	66	20	59	19	1	39	38	1.63
86049884--86049984	26	3.9	26	88	2	141	45	5	3	44	1.46
86050623--86050656	13	2.6	13	90	0	59	23	32	0	44	1.54
86050712--86050767	27	2.0	28	83	10	71	14	37	23	25	1.92
86052962--86053099	67	2.1	67	100	0	276	40	20	16	22	1.91
86053511--86053557	24	2.0	24	86	0	67	31	17	6	44	1.73
86053771--86053891	14	9.0	14	66	18	51	43	0	3	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86053771--86053865	39	2.4	39	92	0	163	41	1	3	54	1.23
86053831--86053898	29	2.3	28	82	9	82	45	0	1	52	1.09
86054168--86054245	9	8.7	9	85	0	111	44	21	2	30	1.66
86059981--86060059	22	4.1	20	75	17	69	63	2	2	31	1.21
86059981--86060090	19	5.6	19	73	20	84	62	2	1	32	1.20
86060009--86060084	20	4.1	17	70	23	64	63	3	1	31	1.21
86060046--86060115	24	2.6	28	73	17	67	55	1	2	40	1.23
86061728--86061756	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
86062198--86062252	21	2.6	21	82	5	67	27	20	49	3	1.65
86062473--86062554	31	2.5	33	84	7	114	15	6	20	57	1.60
86063253--86063299	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
86068402--86068440	21	1.9	21	94	5	71	20	0	5	74	1.01
86068402--86068461	21	2.8	21	85	10	68	25	3	5	66	1.27
86068804--86068852	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
86068811--86068856	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
86069476--86069685	41	5.1	41	89	2	289	19	25	24	30	1.98
86071885--86071953	11	6.7	11	74	14	67	36	13	18	31	1.89
86071897--86071953	20	2.8	20	94	0	105	36	12	19	31	1.89
86072002--86072067	25	2.6	25	97	0	123	24	27	24	24	2.00
86072291--86072374	31	2.7	31	87	1	125	32	16	26	25	1.96
86076687--86076777	25	3.7	25	86	1	103	25	18	24	31	1.97
86076746--86076796	25	2.1	24	85	10	68	33	19	23	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86086942--86087037	23	4.2	22	88	6	95	35	19	22	21	1.96
86086954--86087037	23	3.7	23	93	1	134	38	17	23	20	1.93
86097369--86097436	26	2.5	27	78	7	84	30	16	22	30	1.95
86099957--86099990	6	5.7	6	85	0	50	67	0	14	17	1.23
86102270--86102428	80	2.0	80	90	2	248	37	18	21	22	1.94
86105375--86105502	37	3.4	37	97	1	238	25	32	18	23	1.97
86105551--86106112	49	11.5	49	95	0	989	29	29	9	31	1.89
86111264--86111642	201	1.9	200	84	1	508	35	16	18	29	1.93
86122542--86122757	46	4.6	46	78	10	197	28	17	28	25	1.98
86122533--86122807	95	3.0	92	81	8	292	27	18	28	25	1.98
86122638--86122797	46	3.5	43	79	11	126	29	18	28	23	1.98
86122542--86122849	93	3.3	90	77	13	281	27	18	28	25	1.98
86122542--86122877	95	3.6	92	75	14	275	27	18	28	25	1.98
86130010--86130389	190	2.0	190	92	0	625	32	13	23	30	1.93
86130501--86130675	95	1.9	92	87	3	260	27	18	29	25	1.98
86130461--86130716	46	5.5	46	78	9	211	27	17	29	25	1.98
86130555--86130767	47	4.6	46	77	11	165	27	17	29	25	1.97
86131940--86131995	21	2.7	21	94	0	103	12	37	28	21	1.90
86134100--86134176	40	1.9	40	89	0	118	38	33	12	14	1.84
86141140--86141234	6	15.3	6	72	16	61	20	5	1	73	1.08
86141140--86141176	14	2.8	13	88	8	56	16	0	2	81	0.81
86141192--86141224	17	1.9	17	100	0	66	12	6	0	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86141193--86141234	11	3.8	11	78	12	50	16	2	0	80	0.81
86141193--86141234	17	2.5	17	88	3	59	16	2	0	80	0.81
86155347--86155371	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
86156127--86156212	40	2.2	39	89	2	127	25	17	27	29	1.97
86156223--86156333	28	4.0	28	78	2	98	31	16	28	23	1.96
86162164--86163323	388	3.0	387	92	1	1979	29	17	24	28	1.98
86166849--86166921	34	2.1	34	90	9	114	30	23	21	24	1.99
86166864--86166946	34	2.4	34	84	9	98	27	25	24	22	2.00
86167487--86167579	46	2.0	46	100	0	186	31	10	12	45	1.77
86168689--86168787	39	2.5	39	95	0	171	27	4	23	45	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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