genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  113  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28633743--28633806	33	1.9	33	100	0	128	17	15	23	43	1.87
28633790--28633816	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
28633654--28633891	122	2.0	122	94	1	424	24	17	21	36	1.95
28633776--28634004	89	2.6	89	92	0	395	24	18	19	37	1.94
28633569--28633984	211	2.0	211	95	0	753	25	18	20	36	1.95
28633968--28634015	15	3.3	15	82	5	53	16	12	6	64	1.46
28633879--28634089	103	2.0	103	82	7	257	24	17	18	39	1.91
28634873--28635007	30	4.5	30	85	1	157	27	46	3	22	1.68
28635484--28635613	22	5.5	23	65	22	65	34	4	2	58	1.31
28635549--28635618	25	2.8	26	76	6	72	35	5	1	57	1.32
28635641--28635699	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
28635657--28635705	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
28635858--28635905	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
28635858--28635909	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
28637528--28637569	14	3.0	14	92	0	75	50	2	7	40	1.43
28637533--28637572	21	1.9	21	89	0	62	50	5	5	40	1.46
28637528--28637585	28	2.1	28	83	6	73	53	3	6	36	1.45
28637536--28637585	21	2.4	21	79	0	55	56	4	6	34	1.43
28642086--28642231	57	2.6	56	80	9	163	30	15	22	31	1.95
28644804--28644849	19	2.4	19	100	0	92	21	23	32	21	1.98
28647467--28647638	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
28647459--28647634	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28649995--28650083	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
28649995--28650074	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
28650006--28650083	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
28653007--28653178	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
28652999--28653168	46	3.7	45	80	10	209	28	30	20	20	1.98
28653004--28653193	46	4.1	44	71	18	118	28	28	21	22	1.99
28662807--28662831	10	2.5	10	100	0	50	36	12	12	40	1.79
28665203--28665236	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
28666288--28666395	57	1.9	57	83	11	141	27	12	24	36	1.91
28669507--28669619	43	2.7	42	82	5	147	32	19	22	25	1.97
28681301--28681482	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
28681331--28681483	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
28689370--28689551	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
28689400--28689552	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
28696821--28696851	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28699201--28699239	18	2.2	18	90	0	60	12	7	10	69	1.37
28699206--28699246	18	2.3	19	79	12	50	12	9	7	70	1.33
28706560--28706589	9	3.4	9	95	4	53	73	0	0	26	0.84
28713355--28713427	24	3.0	24	91	0	119	38	24	19	17	1.93
28732252--28732303	26	2.0	25	85	14	70	40	3	25	30	1.73
28732783--28732905	42	2.9	43	79	4	135	30	15	23	30	1.95
28749104--28749175	32	2.3	32	90	4	112	16	22	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28750848--28750917	35	2.0	35	100	0	140	17	28	11	42	1.83
28755554--28755875	46	6.8	48	73	11	240	28	19	29	22	1.98
28756899--28756940	21	2.0	21	95	4	77	9	33	28	28	1.88
28764791--28764829	7	5.6	7	81	0	51	38	7	2	51	1.44
28764788--28764829	14	3.0	14	92	0	75	40	7	2	50	1.43
28764785--28764824	21	1.9	21	89	0	62	40	5	5	50	1.46
28766459--28766506	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
28766455--28766506	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
28766661--28766725	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
28766751--28766884	25	5.6	25	70	15	86	58	2	4	35	1.31
28767365--28767499	30	4.5	30	85	1	157	22	3	46	27	1.68
28768360--28768407	15	3.3	15	82	5	53	64	6	12	16	1.46
28768296--28768496	103	1.9	104	85	7	273	38	18	17	24	1.92
28768371--28768599	89	2.6	89	92	0	395	37	19	18	24	1.94
28768559--28768585	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
28768569--28768632	33	1.9	33	100	0	128	43	23	15	17	1.87
28768391--28768807	212	2.0	211	95	0	753	36	20	17	24	1.95
28768771--28768797	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
28768602--28769025	89	4.8	89	95	0	749	34	20	17	26	1.95
28768860--28768886	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
28782492--28782516	13	1.9	13	100	0	50	56	0	20	24	1.43
28783559--28783704	57	2.6	56	80	9	163	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28785147--28785328	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
28785177--28785329	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
28793234--28793414	39	4.6	39	88	1	238	23	30	22	23	1.99
28793264--28793414	77	1.9	79	93	2	261	23	31	21	23	1.98
28795356--28795419	31	2.1	31	96	0	119	21	32	10	34	1.89
28805913--28805946	11	2.9	12	86	8	52	64	0	0	35	0.94
28806068--28806123	28	2.0	28	100	0	112	21	46	7	25	1.76
28807624--28807649	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
28808170--28808213	21	2.1	21	82	0	52	9	36	2	52	1.46
28812013--28812181	25	6.8	25	72	5	99	27	15	18	37	1.92
28812824--28812852	13	2.2	13	100	0	58	13	13	13	58	1.63
28818268--28818338	23	3.2	23	67	25	71	26	15	25	32	1.95
28818265--28818352	43	2.0	43	100	0	176	27	13	22	36	1.92
28820207--28820302	43	2.2	43	86	0	129	35	18	11	34	1.87
28822870--28822961	23	4.0	23	81	2	105	10	16	25	47	1.78
28842049--28842181	54	2.5	53	92	2	223	31	27	18	21	1.97
28844096--28844172	25	3.1	24	75	15	77	19	11	29	38	1.87
28844076--28844222	50	3.0	50	81	6	165	25	11	23	38	1.89
28844105--28844185	25	3.3	24	72	10	74	22	11	25	40	1.87
28846795--28846872	39	2.0	39	87	0	111	37	20	19	23	1.95
28852358--28852436	27	2.9	27	86	0	113	29	16	17	36	1.92
28852403--28852875	27	17.7	26	79	8	379	32	9	19	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28852376--28852875	107	4.7	108	81	5	545	31	10	19	38	1.85
28852403--28852875	80	5.9	81	80	5	507	32	9	19	38	1.84
28871701--28871748	21	2.5	20	86	10	64	72	4	6	16	1.20
28871722--28871780	12	5.3	11	80	9	57	72	0	8	18	1.09
28871943--28872015	10	7.4	10	83	13	98	78	2	1	17	0.95
28871944--28872013	14	5.2	13	74	17	63	77	2	1	18	0.97
28876749--28876801	26	2.0	26	100	0	106	35	7	18	37	1.80
28877600--28877643	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
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28878545--28878583	13	2.7	15	80	15	55	58	5	0	35	1.20
28880363--28880580	47	4.7	46	75	9	169	23	30	19	26	1.98
28880919--28880976	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
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28885469--28885669	39	5.2	39	94	0	348	23	24	28	23	2.00
28887055--28887256	40	5.1	40	88	1	271	26	27	21	23	1.99
28899104--28899413	39	8.0	39	90	2	453	22	24	28	24	2.00
28901132--28901178	24	2.0	24	83	8	60	23	19	17	40	1.91
28903426--28903548	46	2.7	46	92	0	210	27	25	22	24	2.00
28905971--28906039	30	2.3	30	82	7	88	59	15	14	10	1.61
28905971--28906039	15	4.7	15	77	8	70	59	15	14	10	1.61
28908756--28908878	46	2.7	46	89	0	183	29	25	21	24	1.99
28912115--28912161	3	16.0	3	78	12	53	63	2	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28912656--28912694	6	6.5	6	90	0	51	20	17	12	48	1.80
28912650--28912694	18	2.5	18	77	0	54	22	20	11	46	1.81
28914660--28914689	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
28917902--28918002	48	2.0	50	86	5	143	26	8	24	39	1.85
28917902--28917976	25	3.1	25	67	7	64	29	10	21	38	1.87
28918034--28918094	25	2.5	25	84	5	72	29	13	19	37	1.90
28918050--28918097	23	2.0	24	92	8	80	33	12	18	35	1.89
28918147--28918205	25	2.4	25	85	0	82	25	22	27	25	2.00
28923406--28923541	43	3.2	43	82	7	152	22	18	26	32	1.97
28927322--28927742	210	2.0	210	97	0	797	28	16	14	40	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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