genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  332  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95859698--95859900	79	2.5	80	82	4	257	24	21	28	25	1.99
95867756--95867903	39	3.8	38	77	9	120	22	27	22	27	1.99
95868030--95868127	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
95879952--95880159	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
95879952--95880159	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
95888087--95888294	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
95888087--95888294	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
95890378--95890571	38	4.6	40	73	19	162	29	25	15	29	1.96
95890406--95890544	48	2.9	48	89	1	208	30	23	15	30	1.95
95892450--95892474	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
95893332--95893374	18	2.4	19	76	11	54	39	2	0	58	1.11
95894132--95894249	54	2.2	54	96	0	218	25	15	27	32	1.95
95894388--95894434	22	2.1	22	96	0	85	14	10	27	46	1.78
95895032--95895082	26	2.0	26	88	3	77	64	0	19	15	1.29
95895064--95895095	16	2.0	16	100	0	64	62	0	12	25	1.30
95898670--95898700	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
95900193--95900325	49	2.7	49	92	0	203	30	21	15	31	1.95
95900520--95901107	45	13.5	42	65	18	172	21	20	20	37	1.94
95900463--95901107	89	7.4	86	75	10	447	21	20	20	37	1.95
95900825--95900984	44	3.6	44	74	5	133	17	21	23	38	1.93
95900458--95901107	349	1.9	349	93	0	1111	21	20	20	37	1.94
95905948--95905998	27	1.9	26	88	4	75	3	23	9	62	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95907404--95907453	24	2.1	24	88	0	73	30	24	16	30	1.96
95913214--95913240	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
95913762--95913824	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
95917025--95917076	22	2.4	22	83	6	61	44	7	0	48	1.31
95917030--95917077	12	4.0	12	84	15	55	41	6	0	52	1.27
95917049--95917079	10	3.0	10	95	4	53	41	0	0	58	0.98
95925617--95925662	18	2.6	17	80	19	51	21	32	0	45	1.52
95928126--95928226	17	5.9	17	69	0	67	44	20	7	26	1.79
95928142--95928249	51	2.1	51	89	0	162	43	15	9	31	1.79
95928894--95928928	18	1.9	18	94	0	61	42	25	5	25	1.77
95932671--95932891	45	5.0	45	87	2	270	25	22	27	23	2.00
95935687--95935726	20	1.9	21	85	10	55	37	7	7	47	1.60
95936356--95936422	32	2.1	31	83	8	82	40	7	0	52	1.30
95936594--95936743	73	2.1	73	100	0	300	30	17	8	44	1.77
95938460--95938497	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
95941915--95942077	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
95949892--95950053	39	4.2	39	91	2	263	24	32	20	22	1.98
95949900--95950055	77	2.0	78	93	1	269	22	32	20	25	1.98
95953916--95953990	38	2.0	38	86	5	107	25	20	24	30	1.98
95953934--95954017	38	2.2	38	91	0	132	23	20	23	32	1.98
95954371--95954480	26	4.2	26	94	2	186	33	4	25	36	1.76
95956504--95956598	46	2.1	46	100	0	190	34	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95957017--95957118	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
95959010--95959084	26	2.8	26	85	4	87	36	21	10	32	1.88
95959188--95959326	27	5.2	27	86	4	174	17	24	23	34	1.96
95959188--95959326	54	2.6	54	88	3	192	17	24	23	34	1.96
95963539--95963722	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95963579--95963767	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95971654--95971837	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95971694--95971882	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95974731--95974840	26	4.2	25	90	4	148	35	5	23	35	1.78
95976289--95976353	26	2.4	26	87	5	85	30	24	15	29	1.96
95976456--95976595	27	5.2	27	85	2	165	18	25	22	34	1.96
95976456--95976595	54	2.6	55	87	2	185	18	25	22	34	1.96
95983354--95983417	31	2.1	31	93	0	110	25	21	14	39	1.91
95983609--95983824	24	9.0	24	93	2	355	26	21	23	28	1.99
95983881--95983937	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
95983869--95983939	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
95983874--95983928	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
95985154--95985236	27	3.1	26	89	5	121	21	26	20	31	1.98
95985275--95985510	27	8.8	27	78	3	199	32	8	19	39	1.83
95985306--95985578	27	10.1	27	81	6	169	33	8	20	37	1.83
95985306--95985524	53	4.1	54	80	6	203	31	7	20	40	1.81
95985476--95985636	54	3.0	54	84	0	151	39	9	21	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95985502--95985711	27	7.9	27	86	6	250	39	8	24	27	1.84
95985492--95985738	106	2.3	108	80	4	286	37	8	24	29	1.85
95985700--95985805	53	2.0	53	83	5	133	31	10	20	37	1.86
95985708--95985805	27	3.7	26	79	6	108	30	10	19	39	1.85
95985708--95985820	27	4.2	26	79	6	102	32	9	18	38	1.84
95988544--95988607	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
95988798--95989010	24	9.0	24	91	4	335	26	21	23	29	1.99
95988798--95989010	71	3.0	72	92	4	344	26	21	23	29	1.99
95988798--95989009	95	2.2	94	94	2	363	26	21	22	29	1.99
95989065--95989121	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
95989053--95989123	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
95989058--95989112	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
95990341--95990424	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
95990463--95990701	27	8.8	27	78	3	192	31	8	19	39	1.82
95990494--95990700	81	2.5	81	79	6	213	30	7	19	42	1.80
95990494--95990769	27	10.1	27	80	6	155	33	8	20	38	1.82
95990667--95990827	54	3.0	54	83	0	142	39	9	21	29	1.85
95990667--95990897	81	2.9	81	82	3	216	39	9	22	29	1.84
95990694--95990904	27	7.8	27	85	5	266	38	8	24	27	1.84
95990901--95990962	27	2.3	27	86	5	81	29	11	22	37	1.89
95994868--95994917	2	24.5	2	84	11	66	44	2	4	50	1.32
95994863--95994917	28	2.0	27	96	3	101	41	3	7	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95995357--95995513	39	4.0	40	79	8	137	21	21	28	28	1.98
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96009761--96009933	68	2.6	63	75	13	168	32	14	24	28	1.94
96009912--96010057	49	2.9	50	83	2	186	26	19	25	28	1.99
96017562--96017606	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
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96027948--96028030	34	2.4	35	89	2	132	27	25	21	25	1.99
96028478--96028650	27	6.4	27	79	4	161	23	15	18	42	1.88
96029155--96029210	21	2.6	23	81	13	57	39	1	3	55	1.28
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96029302--96029352	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
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96029507--96029561	16	3.4	16	84	0	74	30	27	5	36	1.79
96034193--96034219	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
96035480--96035567	17	5.5	17	69	10	60	32	2	1	63	1.14
96035480--96035562	24	3.5	22	75	18	60	32	2	1	63	1.15
96035540--96035578	19	2.1	19	85	0	51	38	5	0	56	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96036134--96036201	23	3.0	23	65	8	57	33	4	17	44	1.69
96047667--96048204	44	12.2	44	88	0	754	31	14	26	28	1.94
96049827--96049860	17	2.0	17	88	0	50	32	2	0	64	1.08
96049827--96049877	12	3.9	13	78	14	52	33	1	0	64	1.05
96049829--96049878	14	3.2	16	78	16	61	34	2	0	64	1.05
96049838--96049891	21	2.5	21	82	8	65	33	3	0	62	1.12
96049887--96049930	19	2.2	21	92	8	74	40	6	0	52	1.28
96061031--96061213	92	2.0	92	98	0	357	28	14	8	48	1.73
96063231--96063294	32	2.0	32	100	0	128	12	21	12	53	1.71
96070625--96070698	26	2.8	26	85	6	87	24	24	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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