genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  308  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88760004--88760161	65	2.4	66	79	3	176	20	13	32	33	1.92
88760004--88760172	33	5.2	33	80	8	175	19	14	32	33	1.92
88762259--88762302	22	2.0	21	87	12	63	25	18	25	31	1.97
88763206--88763660	105	4.3	103	77	6	371	28	26	14	30	1.95
88763217--88763660	210	2.1	210	82	4	529	28	26	14	30	1.95
88763248--88763744	210	2.4	210	78	7	508	29	26	13	29	1.94
88763990--88764674	342	2.0	342	92	0	1129	36	23	14	25	1.92
88766038--88766088	13	3.8	13	72	12	50	66	0	0	33	0.92
88767637--88767665	12	2.3	13	94	5	51	37	0	3	58	1.15
88770309--88770364	29	1.9	29	96	0	103	23	19	17	39	1.92
88770510--88770605	49	2.0	49	83	4	122	28	17	17	36	1.93
88770721--88770765	21	2.1	22	87	4	65	22	6	20	51	1.70
88775456--88775481	11	2.4	11	100	0	52	38	23	7	30	1.83
88781383--88781437	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
88782261--88782316	28	2.0	28	96	0	103	16	17	30	35	1.92
88784019--88784109	45	2.0	45	91	0	146	24	13	24	38	1.91
88786125--88786201	31	2.5	31	100	0	154	20	37	28	12	1.90
88791103--88791406	33	9.4	33	89	3	433	16	35	15	32	1.90
88792198--88792821	33	19.2	33	73	7	312	19	18	32	29	1.95
88792489--88792812	66	4.9	66	89	3	447	18	21	32	27	1.97
88798975--88799018	2	22.0	2	90	0	70	50	2	45	2	1.27
88806981--88807099	59	2.0	59	100	0	238	34	25	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88812201--88812256	26	2.2	26	93	3	96	48	5	7	39	1.54
88812550--88812613	31	2.1	31	96	0	119	37	17	25	20	1.93
88820431--88820493	31	2.0	31	90	0	99	26	4	6	61	1.40
88821147--88821178	15	2.0	17	88	11	50	46	3	0	50	1.17
88822333--88822372	20	2.1	18	86	9	53	75	0	7	17	1.03
88822333--88822372	19	2.0	20	85	4	55	75	0	7	17	1.03
88824945--88824985	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
88831419--88831493	18	4.2	18	85	0	105	36	14	20	29	1.92
88831420--88831490	36	2.0	36	94	0	124	36	15	18	29	1.92
88835948--88836047	51	2.0	51	87	0	146	23	17	28	32	1.96
88839634--88839676	15	2.8	15	82	3	50	13	11	18	55	1.68
88845356--88845461	43	2.5	42	84	1	140	18	16	32	32	1.94
88845432--88845515	43	2.0	43	92	0	141	20	19	29	30	1.97
88845476--88845575	51	2.0	51	84	4	130	23	15	28	34	1.94
88847810--88847840	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
88847984--88848016	15	2.1	16	88	5	50	57	3	6	33	1.38
88849215--88849271	24	2.4	24	80	11	64	49	0	50	0	1.00
88854964--88854990	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
88857003--88857032	14	2.1	14	100	0	60	56	13	0	30	1.37
88860819--88860902	42	2.0	42	88	0	123	27	16	9	46	1.78
88870420--88870470	24	2.1	24	100	0	102	39	0	17	43	1.49
88872552--88872610	31	1.9	31	89	0	91	25	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88880491--88880586	40	2.4	41	76	13	101	29	18	28	23	1.98
88886270--88886299	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
88890841--88891016	46	3.8	46	77	12	207	21	19	28	30	1.97
88890838--88891008	93	1.8	93	94	0	306	21	19	28	29	1.98
88897550--88897580	15	2.0	16	93	6	55	54	0	25	19	1.44
88907543--88907579	18	2.1	18	89	0	56	56	5	0	37	1.22
88917150--88917228	40	2.0	40	89	0	122	15	15	32	36	1.88
88932833--88932942	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88932833--88932982	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88940866--88940975	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88940866--88941015	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88947454--88947511	27	2.1	27	93	0	98	29	17	25	27	1.97
88948535--88948586	24	2.2	24	82	6	61	28	28	23	19	1.98
88950011--88950186	46	3.8	46	77	12	180	22	18	28	30	1.98
88950008--88950179	93	1.8	93	88	2	265	23	19	28	29	1.98
88954714--88954781	21	3.2	21	71	6	66	16	25	17	41	1.89
88954724--88954782	21	2.8	21	76	0	73	16	28	16	37	1.92
88954724--88954811	42	2.1	42	84	0	113	15	27	19	37	1.92
88956982--88957109	64	2.0	64	95	0	229	22	31	22	23	1.99
88958325--88958426	51	2.0	51	100	0	204	33	5	23	37	1.79
88958420--88958551	57	2.3	56	85	6	185	31	14	26	27	1.95
88958425--88958549	28	4.4	29	74	7	114	29	15	27	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88972595--88972685	45	2.0	44	93	2	155	24	19	16	39	1.92
88975287--88975439	43	3.6	43	78	1	137	28	25	17	28	1.98
88989553--88989621	26	2.7	26	81	4	77	26	21	21	30	1.99
88997198--88997321	46	2.7	46	75	14	112	22	23	19	34	1.96
88997198--88997322	23	5.4	22	74	11	99	22	23	20	34	1.97
88999326--88999376	22	2.4	21	80	3	57	11	29	41	17	1.85
89001295--89001502	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
89001321--89001502	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
89009339--89009546	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
89009365--89009546	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
89020004--89020105	53	1.9	53	88	7	154	26	10	28	34	1.90
89020156--89020261	49	2.2	48	87	3	149	27	12	26	33	1.92
89020218--89020328	42	2.6	42	84	2	143	28	13	27	30	1.94
89020392--89020425	15	2.3	15	100	0	68	35	5	23	35	1.79
89038479--89038532	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
89045098--89045221	43	2.9	42	76	8	133	29	25	16	28	1.96
89048468--89048513	23	2.0	22	84	12	58	45	10	4	39	1.59
89054017--89054149	62	2.2	57	84	6	167	41	3	3	51	1.35
89054093--89054154	12	5.1	12	72	27	51	48	1	1	48	1.21
89057075--89057099	12	2.1	12	100	0	50	24	24	0	52	1.48
89057373--89057450	23	3.5	22	77	11	86	15	1	41	42	1.55
89059043--89059262	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89067182--89067401	40	5.6	40	80	4	223	26	25	22	25	2.00
89067182--89067401	80	2.8	79	84	4	248	26	25	22	25	2.00
89070949--89070986	20	1.9	20	88	0	58	34	21	15	28	1.94
89097501--89097525	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
89098196--89098230	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
89100759--89100823	10	6.5	10	76	15	55	70	1	3	24	1.10
89100760--89100823	20	3.2	19	77	14	65	71	1	3	23	1.08
89105569--89105606	20	1.9	20	88	0	58	52	23	13	10	1.71
89105890--89105929	21	2.0	20	90	5	62	70	10	2	17	1.27
89108528--89108565	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
89112404--89112529	46	2.7	46	92	0	198	21	22	26	29	1.99
89129820--89129950	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
89133243--89133338	47	2.0	47	97	0	183	25	19	14	40	1.90
89135851--89135898	21	2.3	21	100	0	96	29	10	22	37	1.88
89142853--89143028	46	3.8	45	79	10	194	21	21	29	28	1.98
89142849--89143021	93	1.9	93	93	0	301	21	21	30	27	1.98
89145949--89146017	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
89145940--89146027	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
89148421--89148595	46	3.8	46	79	10	203	21	21	29	28	1.99
89148416--89148587	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
89154688--89154763	39	1.9	39	89	0	116	34	19	6	39	1.78
89163088--89163144	24	2.4	24	81	0	69	19	42	3	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89167346--89167386	18	2.3	18	86	0	55	39	12	9	39	1.76
89167363--89167422	18	3.3	18	78	0	66	30	15	11	43	1.82
89167917--89167990	39	2.0	37	82	12	89	39	16	1	43	1.56
89168059--89168123	30	2.2	30	100	0	130	38	12	13	35	1.83
89168650--89168690	20	2.2	19	91	8	66	0	26	0	73	0.84
89176520--89176691	46	3.7	46	76	13	172	20	19	29	30	1.97
89180034--89180126	40	2.4	39	80	12	93	21	7	2	68	1.25
89180038--89180112	19	3.8	20	76	15	66	22	8	2	66	1.31
89180037--89180120	19	4.3	20	70	20	61	21	7	2	69	1.25
89185684--89185734	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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