genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.352.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  352  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102042659--102042723	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
102042777--102042832	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
102042785--102043372	27	21.8	27	83	4	222	34	8	21	35	1.84
102042876--102043167	54	5.4	54	82	2	300	37	8	23	30	1.85
102042905--102043167	134	2.0	135	87	0	384	38	9	23	28	1.85
102042903--102043140	107	2.2	108	87	2	336	39	8	23	27	1.84
102043201--102043367	53	3.1	53	88	5	223	32	7	18	41	1.78
102043136--102043367	80	2.9	78	84	5	268	30	8	20	40	1.82
102043217--102043385	53	3.2	53	89	5	220	32	7	18	41	1.78
102046081--102046150	31	2.3	31	95	2	124	22	22	17	37	1.94
102046342--102046484	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	29	1.99
102046342--102046479	47	2.9	48	90	5	199	27	22	23	26	1.99
102046341--102046484	71	2.0	72	87	4	211	26	21	22	29	1.99
102046535--102046594	20	3.0	20	85	0	93	31	20	13	35	1.91
102046637--102046684	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
102047840--102047904	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
102047966--102048159	27	7.1	27	78	5	131	34	9	20	36	1.84
102048019--102048554	54	9.9	54	80	4	197	34	8	22	34	1.84
102048082--102048321	27	8.9	27	89	2	331	39	9	23	27	1.85
102048311--102048549	27	8.9	26	80	8	194	30	8	20	39	1.82
102048317--102048528	81	2.6	81	83	5	241	31	8	20	39	1.82
102057491--102057530	21	2.0	20	85	14	55	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102062086--102062148	30	2.1	30	96	0	117	49	9	1	39	1.45
102068723--102068775	3	17.7	3	96	0	97	33	30	0	35	1.58
102081580--102081691	34	3.3	34	92	1	188	25	17	25	31	1.97
102081566--102081711	34	3.9	40	73	21	129	26	19	26	28	1.99
102092606--102092777	46	3.7	46	75	14	183	23	19	27	29	1.99
102093642--102093684	20	2.2	20	82	0	50	51	2	2	44	1.27
102095949--102096090	52	2.9	52	80	8	156	30	26	19	23	1.98
102098870--102098923	15	3.6	15	84	0	72	57	16	16	9	1.64
102098899--102098929	15	2.1	15	93	0	53	58	19	9	12	1.62
102102763--102102864	52	2.0	52	86	3	143	33	25	16	24	1.96
102102822--102102945	44	2.8	44	81	3	133	33	29	16	20	1.94
102112571--102112670	48	2.1	47	94	1	173	26	28	15	31	1.95
102114240--102114336	40	2.4	40	89	0	149	47	8	25	18	1.76
102115680--102115766	42	2.1	42	95	0	156	25	16	33	25	1.96
102117968--102118308	130	2.6	130	80	5	343	27	19	17	35	1.94
102129765--102130244	44	10.9	44	85	1	566	28	15	30	25	1.96
102129765--102130220	88	5.2	88	89	1	637	27	15	30	26	1.96
102132497--102132532	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
102133366--102133662	130	2.3	129	79	6	287	26	19	18	35	1.95
102133464--102133702	130	1.8	130	84	1	327	26	18	19	35	1.95
102139490--102139713	40	5.6	40	80	3	252	27	27	21	23	1.99
102139515--102139710	83	2.4	83	82	4	238	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102145369--102145518	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
102145393--102145576	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
102149808--102149957	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
102149832--102150015	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
102155895--102156119	40	5.6	40	82	3	281	26	28	21	23	1.99
102155895--102156119	83	2.8	80	84	2	290	26	28	21	23	1.99
102158651--102159097	27	16.6	27	86	3	515	27	22	8	40	1.83
102159076--102159161	27	3.2	27	77	0	82	38	25	6	29	1.82
102158620--102159126	81	6.3	81	83	4	540	28	22	8	39	1.84
102160276--102160323	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102160366--102160426	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
102160476--102160618	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
102160476--102160618	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
102160476--102160619	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
102160809--102160872	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
102163699--102164143	187	2.4	187	85	4	594	27	22	9	40	1.84
102163699--102164143	27	16.6	27	86	4	560	27	22	9	40	1.84
102163700--102164172	134	3.5	134	86	4	634	27	21	9	40	1.85
102165320--102165367	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102165410--102165470	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
102165519--102165661	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
102165519--102165661	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102165519--102165662	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
102166704--102166871	53	3.2	53	84	9	195	40	18	7	33	1.79
102166722--102166871	27	5.7	26	84	7	160	41	19	7	32	1.79
102166849--102166924	24	3.0	26	73	13	77	34	23	11	30	1.91
102166890--102166991	26	3.9	25	81	8	78	29	24	10	35	1.89
102166916--102167232	27	11.9	27	84	5	360	27	23	9	39	1.85
102166916--102167216	107	2.8	108	84	4	401	27	23	8	40	1.84
102167218--102167294	26	3.0	26	78	3	84	42	22	6	28	1.78
102167271--102167355	27	3.1	27	73	8	73	36	14	11	37	1.82
102167407--102167470	27	2.4	27	84	7	87	34	20	25	20	1.96
102169066--102169228	71	2.3	71	98	1	319	19	27	17	35	1.94
102169066--102169262	71	2.8	70	90	4	258	20	27	17	34	1.95
102171384--102171431	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102171475--102171533	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
102171584--102171749	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
102171584--102171749	47	3.5	47	91	4	246	28	22	22	26	1.99
102171584--102171750	71	2.3	70	89	5	246	29	22	22	26	1.99
102171941--102172032	30	3.1	31	93	4	154	39	15	21	23	1.92
102174959--102175279	27	11.9	27	87	2	412	27	22	9	40	1.85
102174753--102175396	27	23.8	27	80	4	199	33	21	9	36	1.85
102175002--102175324	81	4.0	81	83	1	225	29	22	8	39	1.84
102175458--102175522	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102176826--102176873	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102176917--102176975	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
102177026--102177178	24	6.4	24	91	2	227	29	20	22	27	1.99
102177384--102177478	31	3.1	31	93	0	154	38	15	21	24	1.92
102178320--102178383	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
102191608--102191761	39	3.9	40	88	0	204	22	21	31	24	1.98
102191608--102191761	79	1.9	79	86	2	220	22	21	31	24	1.98
102199519--102199647	39	3.3	39	91	1	195	22	18	32	26	1.97
102199519--102199671	78	1.9	79	85	3	211	22	20	32	24	1.98
102203183--102203230	7	6.6	7	88	9	69	45	39	0	14	1.45
102203184--102203221	8	5.0	8	90	9	62	47	39	0	13	1.42
102203184--102203224	15	2.7	15	100	0	82	46	39	0	14	1.45
102203184--102203230	22	2.1	22	88	7	69	46	38	0	14	1.45
102214802--102214893	48	1.9	48	93	0	157	40	5	29	25	1.78
102216832--102216860	14	2.1	14	100	0	58	13	0	44	41	1.44
102219578--102219627	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
102219765--102219810	15	3.1	15	90	0	65	28	10	2	58	1.43
102225537--102225583	19	2.4	20	82	13	62	70	0	6	23	1.10
102225714--102225768	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
102225767--102225805	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
102225971--102226147	3	60.3	3	71	8	89	59	3	6	31	1.39
102227524--102227647	44	2.8	44	88	0	185	27	15	22	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102227529--102227666	44	3.1	44	85	0	177	28	14	23	32	1.94
102227599--102228414	275	3.0	273	88	2	1141	26	21	21	29	1.99
102228195--102228603	143	2.9	143	82	2	489	28	22	18	30	1.97
102228691--102228885	46	4.2	45	84	5	212	25	24	15	33	1.95
102229282--102229384	53	2.0	52	84	1	134	52	8	14	24	1.70
102229691--102229737	21	2.2	21	84	0	58	2	19	4	74	1.09
102235256--102235284	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
102237377--102237433	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
102237377--102237455	36	2.1	38	90	9	126	39	10	15	35	1.81
102237377--102237455	19	4.2	19	90	9	126	39	10	15	35	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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