genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  232  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65496430--65496458	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
65496930--65496989	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65497808--65497851	19	2.4	19	85	7	56	40	9	0	50	1.34
65501119--65501553	50	8.8	50	83	4	517	27	17	29	25	1.97
65501119--65501605	150	3.3	148	84	4	599	27	17	29	25	1.97
65504553--65504647	27	3.5	27	82	7	120	41	24	22	12	1.88
65504576--65504671	27	3.6	27	81	8	106	37	23	27	11	1.89
65504553--65504679	54	2.3	55	79	5	141	40	21	25	13	1.89
65505724--65505834	55	2.0	55	98	0	213	29	28	11	29	1.92
65506275--65506403	56	2.3	55	82	5	145	17	30	24	27	1.97
65506458--65506482	12	2.1	12	100	0	50	8	24	32	36	1.84
65506792--65506840	24	2.0	26	84	8	66	51	26	4	18	1.64
65507306--65507360	27	2.0	27	82	6	67	25	25	0	49	1.51
65508353--65508384	15	2.1	16	94	5	57	12	9	6	71	1.29
65508509--65508542	16	2.1	16	94	0	59	35	8	0	55	1.31
65510903--65510992	44	2.0	44	91	0	144	36	8	4	50	1.54
65511429--65511473	17	2.6	17	86	13	58	55	0	2	42	1.12
65513335--65513367	16	2.1	16	100	0	66	21	0	24	54	1.45
65513491--65513535	20	2.3	20	96	3	83	44	8	20	26	1.80
65519862--65520000	70	2.0	70	97	0	260	50	10	14	25	1.74
65524212--65524350	69	2.0	69	95	0	251	27	13	31	27	1.94
65533281--65533377	43	2.3	43	87	3	124	43	15	15	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65533361--65533509	43	3.4	43	80	7	158	42	10	16	30	1.81
65533382--65533507	21	5.9	21	71	17	80	43	11	14	30	1.81
65533320--65533464	65	2.2	65	79	6	152	41	11	18	28	1.85
65535614--65535669	2	28.5	2	96	3	105	50	50	0	0	1.00
65537451--65537551	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
65545409--65545509	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
65556190--65556395	40	5.2	40	91	4	305	24	23	27	24	2.00
65560573--65560713	40	3.5	40	89	1	194	23	23	29	24	1.99
65560573--65560740	80	2.1	80	83	3	205	23	22	28	26	1.99
65567671--65567775	40	2.6	40	98	0	201	24	23	27	23	2.00
65573251--65573280	15	2.0	15	93	0	51	16	13	13	56	1.67
65576206--65576265	30	2.0	30	96	0	111	18	13	18	50	1.78
65581082--65581136	29	1.9	28	92	3	92	18	16	27	38	1.92
65583999--65584037	19	2.0	20	85	10	53	28	0	2	69	1.02
65594426--65594519	27	3.5	26	79	2	98	44	20	5	29	1.73
65594524--65594639	27	4.3	27	92	2	189	31	23	7	37	1.83
65594537--65594757	27	8.2	27	82	3	142	35	24	8	31	1.85
65594522--65594695	81	2.1	81	82	2	206	35	23	7	33	1.83
65594742--65594883	27	5.3	27	86	0	185	34	18	20	26	1.96
65594661--65594841	54	3.4	54	78	6	154	38	21	13	27	1.90
65594688--65594884	81	2.4	81	77	6	204	36	19	17	27	1.94
65594711--65594883	54	3.2	54	80	3	170	35	18	19	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65595278--65595356	6	12.8	6	70	15	54	20	16	13	49	1.79
65595278--65595356	31	2.5	31	89	0	113	20	16	13	49	1.79
65595278--65595356	19	4.3	18	67	17	54	20	16	13	49	1.79
65601256--65601299	20	2.3	20	81	18	58	45	0	4	50	1.22
65601534--65601578	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
65601583--65601609	11	2.5	11	100	0	54	74	0	18	7	1.05
65601654--65601686	17	1.9	17	93	0	57	75	0	24	0	0.80
65601655--65601689	13	2.8	13	91	4	54	74	0	25	0	0.82
65603674--65603722	22	2.3	22	86	6	66	24	30	30	14	1.94
65605828--65605910	27	3.1	28	81	8	75	15	21	21	40	1.90
65607950--65608192	40	6.1	39	85	4	267	23	23	28	25	1.99
65607990--65608192	79	2.5	80	83	3	266	23	23	28	25	2.00
65616140--65616381	40	6.1	39	86	5	285	23	23	28	24	2.00
65616179--65616381	39	5.1	39	87	7	268	23	24	28	24	2.00
65616139--65616362	79	2.8	79	85	5	292	22	24	28	24	1.99
65624967--65625054	27	3.2	27	79	7	97	15	21	23	38	1.92
65626240--65626280	16	2.5	16	88	4	55	14	31	21	31	1.94
65630476--65630660	40	4.6	40	94	1	309	27	28	22	22	1.99
65632584--65632840	55	4.8	55	76	14	247	36	17	24	21	1.95
65632591--65632791	108	1.8	110	88	6	311	34	17	24	22	1.96
65633006--65633036	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
65635090--65635163	37	2.0	37	97	0	139	32	17	13	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65637601--65637708	27	4.0	27	86	0	144	33	18	20	27	1.96
65637613--65637734	54	2.3	54	81	9	144	36	18	17	27	1.94
65637693--65637760	26	2.6	27	85	4	93	42	20	7	29	1.79
65637701--65638066	27	13.6	27	74	11	135	40	18	9	32	1.81
65637744--65638081	27	12.5	27	80	5	308	40	17	9	32	1.81
65638325--65638448	41	3.0	41	84	4	162	22	20	28	28	1.99
65638590--65638651	22	2.8	22	78	9	72	17	22	24	35	1.95
65649288--65649456	92	1.8	91	82	7	216	28	20	27	22	1.99
65649288--65649554	46	5.7	49	75	14	187	28	19	28	22	1.98
65654222--65654254	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
65654229--65654255	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
65667550--65667670	46	2.6	47	86	2	163	35	11	25	27	1.91
65667649--65667845	55	3.6	54	85	4	254	35	18	24	21	1.95
65691629--65691813	92	2.0	92	95	0	334	31	25	16	25	1.96
65695324--65695359	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
65695324--65695362	20	2.0	20	94	0	69	38	17	25	17	1.92
65695326--65695369	20	2.2	20	87	0	61	38	18	22	20	1.93
65697747--65697964	40	5.5	40	93	2	352	22	23	27	25	2.00
65705885--65706101	40	5.5	40	92	3	343	23	23	28	25	2.00
65705885--65706101	79	2.7	80	90	4	343	23	23	28	25	2.00
65705885--65706101	119	1.8	119	90	4	348	23	23	28	25	2.00
65710294--65710485	40	4.8	40	94	0	321	27	28	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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65734779--65734945	47	3.6	47	90	4	266	29	20	20	28	1.98
65734758--65734945	71	2.7	71	90	4	283	29	21	21	27	1.99
65735003--65735059	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
65734991--65735061	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
65734996--65735050	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
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65736387--65736780	81	4.9	81	86	4	517	40	8	22	28	1.83
65736397--65736780	54	7.1	54	87	2	423	41	8	22	27	1.83
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65742551--65742798	40	6.2	40	90	1	365	26	29	21	22	1.99
65745802--65745835	17	2.0	17	94	0	59	55	5	8	29	1.54
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65755082--65755273	79	2.4	81	82	6	223	24	28	22	24	2.00
65768248--65768431	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
65768288--65768476	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
65773180--65773276	2	48.5	2	100	0	194	0	49	0	50	1.00
65777259--65777385	46	2.8	46	91	4	195	30	28	18	22	1.97
65780194--65780377	40	4.6	39	83	5	208	28	22	25	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65780193--65780398	80	2.6	80	83	5	238	26	22	25	25	2.00
65780192--65780398	40	5.2	40	83	5	204	27	22	25	25	2.00
65786809--65786858	26	2.0	25	85	11	68	76	2	16	6	1.08
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65788031--65788095	29	2.2	29	91	2	103	32	16	27	23	1.96
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65789572--65789721	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
65796050--65796234	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
65796049--65796255	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
65796048--65796255	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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