genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  236  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66770342--66770416	22	3.3	22	65	17	62	26	32	13	28	1.94
66770432--66770499	31	2.2	31	94	0	118	25	35	10	29	1.89
66769916--66770622	191	3.8	179	87	8	915	26	29	12	31	1.92
66770381--66770550	82	2.1	82	97	0	322	26	30	12	30	1.93
66770463--66770622	47	3.3	47	92	3	239	27	31	11	30	1.91
66770548--66770623	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
66777524--66777632	42	2.6	42	77	4	112	32	26	17	23	1.97
66780598--66780650	27	2.0	27	84	0	70	28	15	18	37	1.91
66780875--66780912	19	2.0	19	85	10	51	23	44	18	13	1.85
66782206--66782232	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
66782766--66782835	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
66784468--66784565	49	2.0	49	97	0	187	33	24	15	26	1.95
66789050--66789209	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
66789050--66789209	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
66796566--66796860	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
66797502--66797633	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
66799672--66799831	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
66799672--66799831	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
66801583--66801641	12	4.9	12	85	0	73	33	11	16	37	1.86
66801580--66801643	6	10.7	6	86	0	65	32	10	15	40	1.82
66801583--66801643	24	2.5	24	91	0	95	34	11	16	37	1.85
66801580--66801641	18	3.4	18	81	0	79	32	11	16	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66803780--66803846	20	3.4	20	74	12	66	41	19	25	13	1.88
66804849--66804878	14	2.1	14	93	0	51	26	0	3	70	1.03
66807053--66807216	40	4.1	40	83	4	206	23	23	27	25	2.00
66815033--66815229	39	5.1	39	87	7	258	24	23	26	25	2.00
66815030--66815228	77	2.6	78	86	7	271	24	24	26	25	2.00
66820239--66820266	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
66821774--66821930	27	5.8	27	91	0	242	29	23	7	38	1.83
66821763--66821959	54	3.6	54	83	0	232	32	22	7	36	1.83
66821729--66822132	27	14.9	27	79	7	181	37	21	7	33	1.82
66821761--66821959	81	2.5	81	80	0	254	33	22	7	36	1.83
66821909--66822161	27	9.3	27	76	6	161	39	21	8	30	1.83
66822179--66822256	27	2.9	27	74	11	79	37	20	20	21	1.95
66823004--66823034	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
66823065--66823134	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
66823354--66823430	31	2.5	31	87	2	111	31	18	25	24	1.97
66827144--66827180	17	2.2	17	95	0	65	16	2	2	78	0.98
66829370--66829553	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
66829410--66829598	80	2.4	80	77	5	184	24	22	29	23	1.99
66836456--66836639	40	4.6	40	81	2	172	28	22	26	22	1.99
66836496--66836684	80	2.4	80	77	5	184	24	22	28	23	1.99
66840069--66840128	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
66840123--66840158	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66840191--66840242	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
66840904--66841004	27	3.7	27	83	0	139	23	18	19	37	1.94
66840885--66841004	54	2.2	54	83	2	170	25	19	18	37	1.94
66841155--66841611	27	16.9	27	92	0	707	25	19	18	35	1.95
66841567--66841720	27	5.7	27	86	7	136	25	8	24	41	1.83
66841188--66841694	54	9.4	54	87	3	159	26	16	19	37	1.93
66845579--66845615	13	2.8	13	87	0	56	40	0	24	35	1.55
66849459--66849639	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
66857466--66857646	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
66859150--66859191	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
66859567--66859667	50	2.0	50	98	0	193	22	11	18	46	1.82
66859835--66859885	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
66865080--66865167	27	3.3	27	79	3	97	23	18	21	36	1.95
66870920--66871068	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
66870961--66871068	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
66875391--66875605	40	5.5	39	90	5	294	24	23	27	23	2.00
66875387--66875605	118	1.9	118	87	5	327	25	23	27	23	2.00
66880673--66880802	40	3.2	40	80	6	156	23	23	27	24	2.00
66886619--66886834	40	5.5	39	85	6	251	25	23	26	24	2.00
66886615--66886836	79	2.8	80	81	7	267	26	22	26	24	2.00
66886615--66886801	40	4.7	40	86	4	263	24	23	26	25	2.00
66891617--66891651	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66891612--66891651	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
66891611--66891663	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
66899497--66899536	20	2.0	20	90	0	62	40	15	15	30	1.87
66899498--66899549	20	2.6	20	84	6	61	40	15	11	32	1.83
66902727--66902752	8	3.2	8	100	0	52	38	23	23	15	1.92
66903173--66903221	25	2.0	25	84	8	64	30	22	14	32	1.93
66903267--66903301	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
66903262--66903301	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
66908881--66909118	40	5.9	40	93	2	356	26	21	26	26	1.99
66908885--66909165	120	2.3	119	82	11	367	27	20	25	25	1.99
66917166--66917355	40	4.8	40	90	2	242	27	22	25	25	2.00
66917138--66917357	80	2.7	79	83	6	266	26	21	25	25	2.00
66917136--66917357	40	5.6	40	86	6	190	26	21	26	25	2.00
66921684--66921795	27	4.2	26	82	7	125	36	22	23	17	1.95
66921684--66921795	54	2.1	54	84	3	145	36	22	23	17	1.95
66921901--66921963	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
66927713--66927786	24	3.1	25	80	5	73	41	22	18	16	1.89
66942160--66942225	20	3.3	20	86	0	87	10	24	21	43	1.83
66942137--66942225	40	2.2	40	81	0	97	11	23	20	44	1.83
66942178--66942240	20	3.2	20	83	0	63	6	23	25	44	1.77
66951165--66951246	29	2.8	29	100	0	164	26	28	14	30	1.95
66960390--66960438	21	2.3	22	83	13	66	48	28	4	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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66967679--66967733	11	5.4	11	70	16	55	30	18	12	38	1.88
66975955--66976004	18	2.8	18	87	6	66	50	8	0	42	1.32
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66977981--66978099	42	2.9	41	77	8	123	31	13	23	31	1.93
66981972--66982003	15	2.1	15	100	0	64	25	6	0	68	1.12
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66993047--66993222	46	3.8	46	77	12	207	21	19	28	30	1.97
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66993443--66993480	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
66998122--66998293	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
66998114--66998289	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67006043--67006172	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
67011603--67011676	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
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67020745--67020818	31	2.5	29	87	10	98	31	13	25	29	1.94
67022879--67022952	29	2.6	29	86	4	96	24	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67028081--67028145	33	1.9	34	84	6	87	43	1	13	41	1.54
67030502--67030615	62	1.9	62	82	8	146	38	4	3	53	1.38
67034917--67035071	43	3.6	43	91	3	258	30	31	25	12	1.92
67035064--67035359	38	7.8	38	88	3	411	29	23	23	22	1.99
67035064--67035359	75	3.9	76	86	5	413	29	23	23	22	1.99
67035069--67035359	113	2.6	113	91	2	451	29	23	23	23	1.99
67039007--67039182	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
67039003--67039174	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
67042125--67042203	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
67042116--67042202	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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