genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  217  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60812306--60812343	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
60814991--60815158	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
60822959--60823124	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	26	1.99
60825606--60825668	26	2.4	25	80	17	65	38	23	9	28	1.86
60830416--60830526	37	2.9	38	89	6	154	24	27	22	25	2.00
60830385--60830564	40	4.6	40	81	7	172	23	26	22	26	2.00
60838488--60838668	40	4.6	40	82	6	172	23	26	22	27	2.00
60840926--60841071	29	5.1	28	82	4	161	26	31	13	28	1.94
60840926--60841071	57	2.6	57	79	9	165	26	31	13	28	1.94
60844460--60844503	22	2.0	22	95	0	79	25	27	25	22	2.00
60848013--60848123	29	3.9	28	77	5	107	24	34	17	24	1.96
60855326--60855373	25	1.9	25	83	8	62	41	2	6	50	1.39
60857156--60857189	13	2.6	13	100	0	68	14	29	32	23	1.94
60859228--60859285	27	2.1	27	83	0	71	20	34	13	31	1.92
60883381--60883410	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60883905--60883977	27	2.6	28	91	2	112	27	16	27	28	1.97
60892876--60892978	29	3.6	28	77	5	107	29	32	16	22	1.96
60900119--60900340	39	5.6	40	91	2	301	24	21	29	24	1.99
60903496--60903564	34	2.0	34	86	5	95	24	28	20	26	1.99
60907451--60907549	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
60915142--60915240	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
60918164--60918286	41	3.0	41	93	0	210	26	30	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60918544--60918840	27	11.0	27	79	2	218	31	10	17	39	1.84
60920102--60920129	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60921295--60921400	48	2.2	48	89	0	158	34	4	26	33	1.77
60923292--60923512	43	5.2	43	91	1	354	13	22	32	32	1.92
60923292--60923512	85	2.6	86	90	1	354	13	22	32	32	1.92
60923687--60923774	28	3.1	28	74	9	97	22	20	29	27	1.99
60923698--60923794	28	3.4	27	73	7	77	21	18	32	26	1.97
60926003--60926027	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60927192--60927297	48	2.2	48	89	0	158	33	4	27	34	1.78
60929548--60929771	40	5.6	40	88	3	265	24	27	25	23	2.00
60929548--60929729	79	2.3	80	90	0	276	25	26	24	23	2.00
60932087--60932137	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
60932099--60932147	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
60932450--60932540	27	3.4	25	83	5	101	30	23	14	31	1.94
60942678--60942858	40	4.6	40	88	0	265	25	21	25	27	1.99
60948119--60948279	29	5.6	29	79	2	137	24	16	34	24	1.96
60952447--60952547	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
60958673--60958774	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
60964405--60964625	40	5.6	40	91	0	327	24	23	25	25	2.00
60966214--60966345	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
60970194--60970251	29	2.0	29	100	0	116	24	10	20	44	1.82
60979461--60979674	45	4.8	45	92	1	358	22	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60991424--60991522	29	3.5	29	95	4	177	30	15	26	28	1.96
60991424--60991580	29	5.5	28	83	8	167	27	16	29	26	1.97
60991420--60991580	55	2.8	57	82	8	177	27	16	29	26	1.97
60991615--60991645	15	2.1	15	100	0	62	45	0	0	54	0.99
60992568--60992605	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
60994234--60994305	28	2.5	28	91	6	110	44	27	9	18	1.81
61000549--61000586	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
61003228--61003394	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61011244--61011411	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
61013449--61013542	27	3.4	28	91	4	156	45	26	9	18	1.79
61027908--61028071	29	5.7	29	93	0	265	32	14	22	29	1.94
61029851--61030019	27	6.2	28	87	3	222	31	20	27	20	1.97
61029851--61030020	55	3.1	55	92	3	265	32	20	27	20	1.97
61029852--61030022	82	2.1	80	86	5	245	32	21	26	19	1.97
61035636--61035738	25	4.1	25	79	9	102	32	23	18	26	1.97
61038727--61038827	37	3.0	33	85	7	123	36	17	22	22	1.95
61046175--61046208	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
61059977--61060192	40	5.4	40	88	2	285	23	22	29	25	1.99
61063441--61063500	27	2.2	28	85	8	79	25	26	11	36	1.90
61065116--61065141	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
61065141--61065204	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
61065412--61065543	39	3.4	39	88	0	174	25	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61066696--61066756	2	30.5	2	76	0	50	45	4	1	47	1.34
61070130--61070196	31	2.2	31	83	0	80	50	13	16	19	1.77
61070611--61071022	27	15.3	27	88	0	518	26	19	18	35	1.95
61071004--61071289	54	5.4	54	89	2	413	31	7	20	40	1.81
61071195--61071289	48	2.0	48	91	0	154	28	7	22	42	1.80
61071222--61071262	21	2.0	21	85	0	55	24	2	24	48	1.63
61071007--61071289	27	10.7	27	82	4	362	31	7	20	40	1.80
61074048--61074219	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
61074041--61074216	46	3.8	46	77	14	191	30	28	19	21	1.98
61076234--61076371	40	3.5	40	92	3	208	23	23	28	24	2.00
61095903--61095966	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
61096160--61096349	24	8.0	24	90	4	278	26	21	23	28	1.99
61096159--61096350	47	4.0	48	90	4	291	26	21	22	29	1.99
61096160--61096350	71	2.7	72	89	4	289	26	21	23	29	1.99
61096408--61096464	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
61096404--61096466	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
61096503--61096550	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
61097792--61098110	81	3.9	81	84	4	410	40	8	23	27	1.84
61097792--61098110	27	11.8	27	86	2	372	40	8	23	27	1.84
61098063--61098311	27	9.3	27	82	3	202	32	8	20	38	1.82
61098188--61098328	27	5.3	26	82	2	129	31	6	19	42	1.76
61103079--61103183	40	2.6	40	84	4	131	26	21	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61108876--61108948	27	2.8	26	77	4	74	28	27	13	30	1.94
61114483--61114616	40	3.4	39	84	4	160	34	23	17	24	1.96
61129645--61129817	85	2.0	86	97	1	330	34	6	20	37	1.80
61130191--61130312	47	2.6	47	97	0	226	35	14	25	24	1.94
61130293--61130499	53	3.8	53	78	5	193	34	17	24	23	1.96
61130962--61131043	41	2.0	41	97	0	155	30	21	26	20	1.98
61134481--61134582	42	2.4	43	81	4	109	34	26	15	23	1.95
61145419--61145607	27	7.0	27	87	0	216	25	11	17	45	1.81
61149297--61149378	26	3.1	26	78	7	85	26	17	15	40	1.89
61149300--61149458	54	3.0	53	75	6	167	26	12	15	45	1.82
61149296--61149467	27	6.5	26	74	11	134	25	13	15	44	1.84
61165500--61165530	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
61165622--61165723	29	3.5	29	98	0	195	27	27	14	30	1.95
61165593--61165723	58	2.3	58	89	2	192	26	29	15	28	1.96
61175179--61175313	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
61175125--61175314	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
61183279--61183413	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
61183225--61183414	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
61185684--61185997	49	6.4	49	93	0	493	32	8	28	30	1.86
61191583--61191615	15	2.3	15	89	5	50	3	6	21	69	1.24
61202298--61202336	5	7.6	5	88	5	60	0	33	61	5	1.18
61202298--61202345	21	2.3	21	100	0	96	0	33	58	8	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61202502--61202561	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
61202532--61202590	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
61204037--61204074	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
61205703--61205771	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
61212048--61212085	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
61213713--61213781	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
61216107--61216205	52	1.9	52	100	0	198	28	9	19	43	1.81
61217954--61218007	20	2.7	20	97	0	99	25	38	24	11	1.88
61219011--61219166	51	3.1	51	97	0	285	53	15	3	27	1.59
61228141--61228211	24	3.1	23	76	19	76	30	14	14	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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