genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  132  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34768158--34768183	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
34772081--34772305	40	5.7	40	87	1	276	27	26	22	23	2.00
34776096--34776198	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
34784052--34784154	29	3.6	28	76	5	98	22	17	32	28	1.96
34786445--34786492	25	1.9	25	82	0	60	35	25	12	27	1.92
34786540--34786595	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
34786529--34786595	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
34786646--34786795	24	6.1	24	92	3	230	31	20	20	28	1.97
34788271--34788312	20	2.0	22	86	9	61	57	14	26	2	1.50
34789647--34789701	17	3.2	17	71	19	51	58	12	5	23	1.55
34794385--34794430	23	2.0	24	82	4	58	32	2	2	63	1.19
34795521--34795596	30	2.5	30	77	12	84	63	1	6	28	1.28
34795560--34795614	19	2.8	20	78	13	60	65	0	3	30	1.10
34795521--34795682	20	8.2	20	69	15	70	62	1	7	28	1.33
34795868--34795933	20	3.5	19	77	8	62	34	0	1	63	1.04
34795868--34795946	9	8.7	9	71	17	56	32	0	1	65	1.00
34796896--34796954	16	3.9	15	71	20	52	47	0	0	52	1.00
34797395--34797441	16	2.9	17	73	20	55	38	8	12	40	1.74
34800038--34800063	12	2.2	12	100	0	52	61	7	0	30	1.24
34802483--34802613	49	2.7	49	81	0	163	29	26	16	28	1.97
34804500--34804530	13	2.3	14	94	5	55	45	19	6	29	1.75
34808986--34809010	13	1.9	13	100	0	50	0	40	16	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34810022--34810198	47	3.8	46	80	6	196	25	29	18	26	1.98
34809978--34810191	94	2.3	91	80	7	236	27	28	18	26	1.98
34813990--34814124	70	1.9	70	90	0	216	32	13	17	36	1.89
34814899--34815069	43	4.0	43	89	1	254	25	21	30	22	1.98
34814916--34815097	43	4.3	43	85	3	127	26	21	29	21	1.99
34820787--34820921	70	1.9	70	90	0	216	31	13	19	36	1.90
34821697--34821863	43	3.9	43	82	4	196	28	19	29	22	1.98
34825526--34825617	30	3.1	30	85	0	121	25	30	30	14	1.94
34834602--34834665	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
34834856--34834974	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
34834856--34834974	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
34835024--34835084	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
34839282--34839344	30	2.1	30	90	0	99	23	25	15	34	1.95
34839536--34839677	24	6.0	24	89	5	209	27	22	21	28	1.99
34839536--34839676	46	3.0	48	89	7	207	27	22	21	28	1.99
34839727--34839787	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
34843993--34844181	55	3.5	53	83	6	220	21	24	19	34	1.96
34844168--34844288	47	2.6	47	93	1	208	26	23	13	37	1.91
34856896--34856950	23	2.4	23	84	3	67	63	3	10	21	1.42
34866025--34866124	42	2.4	42	98	0	191	28	16	35	21	1.94
34866139--34866208	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
34877980--34878016	18	2.1	18	100	0	74	27	16	16	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34878929--34879070	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	22	1.99
34878968--34879096	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
34882047--34882249	55	3.8	53	81	9	223	21	23	18	36	1.95
34882047--34882249	54	3.8	54	82	9	243	21	23	18	36	1.95
34882222--34882334	47	2.4	47	98	0	217	25	24	15	34	1.94
34882483--34882566	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
34884804--34884986	51	3.7	49	78	7	172	28	26	18	26	1.98
34886476--34886526	25	2.0	25	88	0	75	27	19	19	33	1.96
34891186--34891218	13	2.3	15	90	10	52	39	3	0	57	1.14
34891231--34891267	16	2.3	16	95	0	65	24	5	16	54	1.63
34891688--34891733	22	2.1	22	100	0	92	47	21	0	30	1.51
34892241--34893603	692	2.0	683	88	3	2029	38	15	13	32	1.87
34913968--34914064	40	2.4	40	85	0	131	32	26	17	22	1.96
34922415--34922484	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
34930181--34930250	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
34932631--34932779	26	5.7	25	69	17	97	43	1	4	51	1.29
34932647--34932779	11	11.8	11	66	24	64	42	0	4	52	1.27
34932690--34932775	19	4.6	19	69	13	70	41	0	5	52	1.25
34932692--34932805	56	2.0	56	98	0	219	42	0	7	50	1.29
34932706--34932795	19	4.7	20	67	17	73	43	0	5	51	1.25
34932883--34932934	25	2.0	26	85	3	70	42	3	9	44	1.55
34935926--34936028	26	3.8	28	70	11	88	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34935902--34936041	55	2.5	55	82	0	172	27	21	17	33	1.95
34940464--34940745	140	2.0	141	88	3	417	33	11	19	35	1.88
34943567--34943597	13	2.4	13	94	0	53	51	3	16	29	1.59
34947195--34947239	22	2.0	22	91	0	72	40	22	8	28	1.84
34954345--34954404	29	2.1	29	81	3	68	45	1	25	28	1.63
34957348--34957403	28	2.0	28	100	0	112	64	10	14	10	1.50
34957677--34957865	48	3.9	48	90	1	263	34	29	16	19	1.94
34958417--34958455	21	1.9	20	89	5	60	46	20	2	30	1.64
34959839--34959877	21	1.9	20	89	5	60	46	20	2	30	1.64
34965408--34965463	24	2.3	24	100	0	112	28	10	32	28	1.90
34981991--34982015	13	1.9	13	100	0	50	40	28	32	0	1.57
34986230--34986301	31	2.3	31	74	9	74	15	34	27	22	1.94
34990682--34990836	60	2.6	60	82	2	186	36	20	32	10	1.87
34990657--34990780	20	6.2	20	65	7	72	35	21	32	10	1.88
34990802--34990879	40	2.0	40	84	0	102	33	16	30	19	1.94
34990679--34990867	20	9.4	20	67	9	89	35	20	32	11	1.88
34995268--34995431	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
34998128--34998196	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
35000293--35000356	32	2.0	32	100	0	128	40	18	6	34	1.76
35002635--35002683	16	3.1	16	75	21	57	22	0	6	71	1.08
35002649--35002691	18	2.4	18	76	0	50	16	0	11	72	1.13
35002879--35002922	23	2.0	23	86	8	65	29	0	4	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35003489--35003514	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
35008699--35008735	14	2.4	16	86	8	51	0	27	2	70	1.01
35009180--35009213	17	2.0	17	100	0	68	29	23	0	47	1.52
35013435--35013468	8	4.2	8	96	0	59	23	11	0	64	1.26
35013581--35013640	30	2.0	31	83	3	77	45	5	5	45	1.47
35013877--35013905	9	3.2	9	100	0	58	51	0	0	48	1.00
35014252--35014315	33	2.0	31	90	6	101	35	0	23	40	1.55
35023935--35023982	16	3.1	15	82	8	53	56	2	0	41	1.11
35023935--35023990	15	4.1	13	80	11	51	57	1	0	41	1.09
35036775--35036973	72	2.8	71	90	4	280	34	17	27	20	1.95
35036809--35036973	72	2.3	72	97	1	314	35	17	27	19	1.94
35040231--35040275	22	2.0	22	91	0	72	24	2	20	53	1.57
35056914--35057081	46	3.6	46	79	10	191	26	21	29	22	1.99
35058119--35058148	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
35061515--35061565	18	2.7	19	79	11	52	25	23	0	50	1.49
35063460--35063669	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
35071599--35071808	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
35074214--35074279	35	1.9	34	84	9	89	37	9	1	51	1.43
35080465--35080523	24	2.5	24	88	2	84	16	5	1	76	1.05
35080557--35080637	23	3.6	23	74	15	78	39	0	3	56	1.17
35080581--35080636	24	2.3	25	82	14	73	37	0	1	60	1.07
35080613--35080670	15	3.5	16	74	23	57	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35080590--35080666	39	2.1	36	88	11	111	36	0	0	63	0.95
35080613--35080671	16	3.5	17	80	17	70	37	0	0	62	0.95
35080581--35080688	20	5.3	21	74	22	97	38	0	0	60	1.03
35080643--35080685	19	2.3	19	88	8	61	39	0	0	60	0.97
35080750--35080824	22	3.4	23	80	9	93	44	0	1	54	1.08
35080941--35080981	18	2.3	18	95	0	73	46	0	12	41	1.41
35081002--35081053	21	2.5	21	83	0	68	57	0	5	36	1.23
35082038--35082080	20	2.1	20	83	12	52	37	6	4	51	1.50
35083643--35083745	30	3.4	30	84	4	127	25	27	22	25	2.00
35087731--35087792	25	2.4	25	81	8	61	35	22	22	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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