genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  250  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71173024--71173196	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
71173032--71173201	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
71175750--71175878	58	2.2	58	90	2	197	27	15	30	26	1.96
71175750--71175849	29	3.4	29	100	0	200	30	15	28	27	1.96
71177371--71177468	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71185044--71185141	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71187273--71187332	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
71187294--71187357	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
71187374--71187424	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
71189954--71189989	18	2.0	18	100	0	72	44	11	27	16	1.82
71189957--71189996	18	2.2	18	86	0	53	50	15	17	17	1.79
71192410--71192672	96	2.7	96	90	0	400	25	29	20	24	1.99
71192308--71192691	144	2.7	144	84	4	461	26	28	19	25	1.99
71192308--71192691	48	8.0	48	78	3	324	26	28	19	25	1.99
71194676--71194729	27	2.0	28	85	3	74	59	24	0	16	1.37
71201672--71201776	52	2.0	52	98	0	201	38	20	15	26	1.92
71202798--71202898	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
71202821--71202915	31	3.1	31	96	0	172	24	22	14	38	1.91
71203107--71203273	24	7.0	24	91	3	248	25	22	22	29	1.99
71203323--71203383	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
71203323--71203378	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
71203426--71203473	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71204632--71204696	27	2.4	27	87	5	87	21	27	20	30	1.98
71204766--71204836	27	2.6	27	82	8	99	39	9	21	29	1.85
71207611--71207674	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
71207866--71208031	47	3.5	48	91	4	248	26	22	22	28	1.99
71207865--71208031	71	2.3	71	89	5	248	26	22	22	29	1.99
71207866--71208031	24	7.0	24	92	4	248	26	22	22	28	1.99
71208081--71208121	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
71208164--71208211	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71209368--71209432	27	2.4	27	84	5	78	21	27	18	32	1.97
71209502--71209572	27	2.6	27	80	8	90	39	11	21	28	1.87
71214799--71214850	19	2.6	18	78	21	59	53	3	1	40	1.30
71215102--71215790	137	5.0	137	88	2	985	45	5	7	40	1.57
71224532--71224597	33	2.0	33	96	0	123	31	15	25	27	1.95
71227551--71228111	138	4.0	138	86	5	795	46	6	7	40	1.56
71228087--71228235	74	2.0	75	88	1	219	32	14	7	46	1.72
71229226--71229378	42	3.6	42	78	1	137	37	17	14	30	1.90
71232490--71232599	26	4.2	26	94	0	175	33	5	25	35	1.79
71234219--71234333	27	4.2	27	86	1	158	20	24	22	33	1.97
71234281--71234358	27	2.9	26	83	9	93	16	24	19	39	1.91
71234230--71234358	54	2.4	54	84	2	152	20	24	20	34	1.96
71238847--71238890	10	4.4	10	80	8	54	34	11	0	54	1.36
71242354--71242389	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71244389--71244449	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
71249441--71249532	24	3.8	24	88	2	132	38	5	33	22	1.77
71256680--71257043	49	7.7	48	72	9	228	24	29	18	27	1.98
71256678--71257046	142	2.6	145	78	6	403	24	29	18	27	1.98
71258733--71258767	6	5.8	6	100	0	70	34	0	0	65	0.93
71258734--71258773	18	2.2	18	90	0	62	40	0	0	60	0.97
71259321--71259470	9	16.0	9	83	8	192	44	19	1	34	1.59
71262362--71262427	33	2.0	33	96	0	123	31	15	25	27	1.95
71265381--71265941	138	4.0	138	86	5	795	46	6	7	40	1.56
71265917--71266065	74	2.0	75	88	1	219	32	14	7	46	1.72
71267056--71267208	42	3.6	42	78	1	137	37	17	14	30	1.90
71270322--71270431	26	4.2	26	94	0	175	33	5	25	35	1.79
71272052--71272166	27	4.2	27	86	1	158	20	24	22	33	1.97
71272114--71272191	27	2.9	26	83	9	93	16	24	19	39	1.91
71272063--71272191	54	2.4	54	84	2	152	20	24	20	34	1.96
71276681--71276724	10	4.4	10	80	8	54	34	11	0	54	1.36
71280187--71280223	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
71282222--71282282	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
71290421--71290480	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
71292254--71292289	18	2.0	18	94	0	63	52	5	25	16	1.65
71297253--71297322	21	3.3	20	72	7	59	24	17	38	20	1.93
71300678--71300818	40	3.5	40	94	0	246	24	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71309535--71309753	46	4.7	46	80	7	235	29	21	28	21	1.98
71309535--71309753	94	2.3	94	84	7	268	29	21	28	21	1.98
71316666--71316703	18	2.2	18	86	9	53	63	2	10	23	1.39
71319887--71319911	13	1.9	13	100	0	50	12	16	8	64	1.49
71325596--71325648	21	2.7	19	78	16	54	45	0	3	50	1.19
71328720--71328773	8	6.2	9	79	10	51	33	1	0	64	1.04
71328721--71328769	17	2.8	18	81	6	64	32	2	0	65	1.04
71331553--71331737	100	1.9	98	90	2	298	20	10	15	52	1.72
71333477--71333524	23	2.1	23	85	14	64	45	20	14	18	1.85
71335939--71336012	38	1.9	39	88	2	114	47	2	0	50	1.15
71337974--71338115	39	3.6	39	96	0	248	23	24	28	23	2.00
71337974--71338150	79	2.3	78	85	4	214	24	24	28	23	2.00
71337971--71338150	39	4.6	40	90	3	170	25	23	27	23	2.00
71341003--71341055	26	2.1	24	89	6	79	54	1	0	43	1.11
71343165--71343297	29	4.6	29	92	0	212	29	23	15	31	1.95
71347009--71347117	54	2.0	54	100	0	218	33	7	18	41	1.78
71349028--71349204	45	4.0	45	85	4	234	26	22	25	24	2.00
71363483--71363513	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
71364304--71364351	25	1.9	26	87	8	73	66	0	0	33	0.92
71364305--71364344	16	2.4	17	83	8	55	65	0	0	35	0.93
71367591--71367693	43	2.4	43	85	6	129	29	16	20	33	1.94
71368131--71368155	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71376452--71376489	19	2.0	19	100	0	76	31	31	10	26	1.90
71386895--71387211	47	6.7	47	92	2	474	32	8	30	28	1.86
71393668--71393787	43	2.8	42	79	7	152	27	25	16	30	1.97
71400645--71400756	50	2.3	47	83	6	136	27	22	15	34	1.94
71409896--71409974	39	2.0	39	97	0	149	27	20	13	37	1.91
71411356--71411380	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
71413276--71413387	47	2.4	47	96	1	206	27	28	24	19	1.99
71413323--71413525	91	2.2	91	79	7	223	26	20	28	25	1.99
71413400--71413522	44	2.7	48	82	9	159	26	17	26	29	1.98
71420796--71421143	47	7.4	46	71	14	185	25	19	30	24	1.98
71420796--71421143	94	3.7	94	77	6	316	25	19	30	24	1.98
71420929--71421055	44	2.8	47	80	9	147	25	19	28	25	1.99
71423149--71423554	46	8.8	46	91	0	580	22	24	14	39	1.90
71425375--71425563	39	4.8	40	83	7	208	26	30	19	23	1.98
71425375--71425563	79	2.4	78	80	7	204	26	30	19	23	1.98
71433840--71434043	80	2.5	80	85	4	252	25	26	22	24	2.00
71433856--71434043	40	4.7	40	82	5	218	25	26	23	25	2.00
71441808--71442011	80	2.5	80	85	4	252	25	26	22	24	2.00
71441824--71442011	40	4.7	40	82	5	218	25	26	23	25	2.00
71450249--71450540	147	2.0	147	98	0	566	30	20	11	36	1.88
71459023--71459226	40	5.1	40	89	1	275	27	29	20	22	1.99
71473656--71473745	3	29.7	3	97	2	171	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71479979--71480023	20	2.3	20	88	3	65	42	0	0	57	0.98
71480422--71480453	13	2.5	13	94	0	55	81	0	18	0	0.70
71481094--71481137	16	2.6	17	82	7	54	38	0	25	36	1.56
71484874--71484951	37	2.1	37	97	0	147	20	33	19	26	1.96
71485054--71485176	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
71488282--71488380	41	2.4	40	80	11	103	24	23	25	27	2.00
71488864--71489202	29	11.7	29	97	0	608	24	33	17	24	1.96
71491217--71491294	37	2.1	37	97	0	147	20	33	19	26	1.96
71491397--71491519	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
71506167--71506207	18	2.1	21	86	13	61	65	0	17	17	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444