genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.333.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  333  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96070629--96070713	27	3.2	27	81	1	64	27	23	15	34	1.95
96073583--96073657	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
96073641--96073714	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
96081457--96081531	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
96081515--96081588	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
96094856--96095035	40	4.5	40	81	6	204	24	25	23	26	2.00
96094856--96095033	79	2.2	81	85	4	236	24	25	24	25	2.00
96098273--96098302	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
96098513--96098629	42	2.8	42	86	1	153	30	24	17	27	1.97
96109030--96109068	16	2.4	16	87	8	53	61	0	5	33	1.18
96109068--96109149	31	2.8	29	77	14	78	73	3	19	3	1.14
96109086--96109148	21	2.9	22	78	4	65	71	3	22	3	1.14
96109084--96109147	16	3.9	17	80	12	64	71	3	21	3	1.13
96111655--96111690	18	2.0	18	100	0	72	61	0	22	16	1.35
96116362--96116456	43	2.2	45	79	7	106	32	22	12	32	1.91
96116516--96116602	45	2.0	43	82	8	104	28	25	13	32	1.94
96116538--96116814	87	3.1	87	66	18	208	26	23	17	31	1.97
96116889--96116995	44	2.4	44	83	9	121	27	17	24	30	1.97
96116916--96117012	44	2.2	43	78	5	104	24	23	22	28	1.99
96116828--96117097	88	3.1	87	66	10	224	25	22	21	31	1.98
96116290--96117267	176	5.5	177	81	5	1066	27	23	17	31	1.97
96116964--96117253	88	3.3	88	66	18	215	27	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96125642--96125681	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
96127716--96127883	40	4.2	40	83	1	194	24	27	22	25	2.00
96131713--96131884	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
96131705--96131880	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
96134263--96134350	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
96134263--96134341	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
96134274--96134350	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
96137298--96137469	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
96137290--96137465	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
96147538--96147588	6	8.5	6	91	0	57	27	15	7	49	1.72
96147532--96147588	12	4.8	12	86	0	60	26	17	8	47	1.77
96147532--96147588	18	3.2	18	82	0	69	26	17	8	47	1.77
96156040--96156134	42	2.2	43	85	5	122	30	24	17	27	1.97
96163610--96163744	43	3.2	42	82	4	137	31	22	18	27	1.97
96175576--96175741	40	4.2	40	92	0	271	28	27	21	23	1.99
96177044--96177077	13	2.5	13	90	9	50	47	11	5	35	1.65
96181026--96181061	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
96183574--96183818	40	6.2	40	94	0	395	26	27	22	22	1.99
96183918--96185321	703	2.0	700	95	3	2522	33	19	10	36	1.86
96193100--96193275	40	4.5	39	92	2	273	26	27	21	24	1.99
96193100--96193275	79	2.2	79	89	8	279	26	27	21	24	1.99
96194563--96194587	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96198521--96198587	33	2.0	33	100	0	134	20	31	11	35	1.89
96201094--96201339	40	6.2	40	94	0	395	26	27	22	22	1.99
96202642--96202675	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
96205288--96205348	28	2.2	28	87	0	86	26	11	32	29	1.91
96205678--96206150	27	17.7	27	80	6	444	38	20	10	31	1.86
96205678--96206148	80	5.9	80	79	7	298	38	20	10	30	1.86
96206102--96206163	27	2.3	27	94	0	106	41	12	11	33	1.79
96206102--96206176	27	2.8	26	87	4	87	41	18	10	29	1.84
96237865--96237929	33	1.9	34	87	3	96	27	23	23	26	2.00
96237871--96237942	34	2.2	33	82	7	83	31	22	23	22	1.98
96238711--96238755	22	2.0	22	100	0	90	55	13	17	13	1.69
96242617--96242862	49	4.9	50	78	4	264	26	17	25	30	1.98
96242616--96242897	150	1.9	150	86	5	410	26	17	26	30	1.97
96253764--96253844	39	2.1	39	97	0	153	25	12	17	44	1.84
96259629--96259667	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
96259718--96259885	24	7.0	24	91	2	266	28	20	21	29	1.98
96267755--96267807	20	2.7	20	87	0	79	33	13	16	35	1.88
96267864--96268017	24	6.4	24	88	6	222	30	17	21	30	1.96
96286448--96286621	46	3.8	46	77	13	185	31	28	19	20	1.97
96314912--96315069	43	3.7	43	76	7	135	32	24	15	27	1.95
96320743--96320855	31	3.7	30	84	5	140	25	23	19	31	1.98
96321060--96321195	26	5.3	26	86	3	181	26	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96321060--96321195	52	2.7	51	92	5	215	26	22	22	29	1.99
96321998--96322084	27	3.2	26	83	6	93	21	26	18	33	1.96
96322229--96322475	54	4.6	54	80	4	275	29	7	22	40	1.81
96322227--96322461	81	2.9	80	89	3	337	28	7	22	41	1.80
96322221--96322475	27	9.5	27	82	5	241	29	7	22	40	1.81
96322427--96322604	27	6.8	27	83	7	188	38	7	21	32	1.81
96322528--96322569	21	2.0	21	100	0	84	42	4	14	38	1.66
96324452--96324609	43	3.7	42	82	5	183	31	27	18	23	1.97
96324452--96324609	86	1.8	85	85	6	221	31	27	18	23	1.97
96326621--96326779	41	3.9	41	89	1	223	32	25	16	24	1.96
96330318--96330459	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
96330357--96330485	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
96335718--96335889	40	4.3	40	78	7	190	27	26	20	25	1.99
96335718--96335889	80	2.2	79	85	7	233	27	26	20	25	1.99
96338094--96338196	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
96346954--96347125	40	4.3	40	83	5	206	28	27	20	23	1.99
96350494--96350536	22	2.0	22	85	0	59	37	23	25	13	1.92
96350771--96350831	27	2.3	27	88	0	86	27	21	16	34	1.95
96354313--96354608	148	2.0	148	99	0	583	36	32	17	13	1.88
96358508--96358785	38	7.3	38	89	1	412	29	26	23	20	1.99
96358513--96358785	116	2.4	114	91	2	431	30	25	23	21	1.99
96367066--96367193	38	3.4	38	93	0	220	33	25	21	19	1.97
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96374466--96374654	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
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96396800--96397435	186	3.4	186	93	2	1038	28	7	33	30	1.85
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96426411--96426483	10	7.4	10	69	13	53	31	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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96442847--96443032	76	2.4	76	89	7	284	23	23	30	23	1.99
96447123--96447240	51	2.3	51	88	0	173	27	21	12	38	1.89
96448735--96448793	30	1.9	31	86	3	84	25	22	5	47	1.71
96448735--96448802	30	2.2	31	82	7	77	26	19	7	47	1.75
96454043--96454211	91	1.9	91	97	0	320	32	26	15	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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