genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  244  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69200891--69200945	27	2.0	27	85	7	74	65	3	1	29	1.20
69204140--69204185	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
69206140--69206213	29	2.6	28	84	2	94	22	33	16	27	1.95
69213979--69214048	29	2.5	28	84	6	90	22	32	17	27	1.96
69228448--69228550	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
69233309--69233444	29	4.7	29	89	3	184	25	33	15	25	1.95
69233284--69233444	58	2.8	57	82	5	153	25	34	16	24	1.95
69233285--69233444	87	1.8	87	82	2	205	25	33	16	24	1.95
69237673--69237714	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
69240249--69240281	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
69243374--69243548	49	3.5	49	78	9	201	29	25	17	27	1.97
69243367--69243547	100	1.8	100	92	2	310	29	25	17	27	1.98
69250669--69250916	41	6.1	40	77	5	203	37	16	25	20	1.93
69250684--69250916	82	2.9	80	80	6	245	39	16	24	20	1.92
69250668--69250912	123	2.0	123	80	4	280	38	15	24	21	1.92
69253178--69253308	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
69253178--69253308	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
69261135--69261265	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
69261135--69261265	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
69263839--69263876	19	2.0	19	94	0	67	23	2	36	36	1.69
69265166--69265191	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
69266190--69266329	44	3.3	42	82	7	131	25	19	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69266176--69266329	43	3.6	42	77	10	141	24	18	24	32	1.97
69266190--69266347	43	3.7	43	75	10	126	24	18	25	30	1.98
69269162--69269227	24	2.8	24	77	9	80	28	21	24	25	1.99
69277281--69277411	44	3.0	44	85	6	171	24	17	25	32	1.97
69278235--69278269	13	2.7	13	100	0	70	0	17	40	42	1.49
69279423--69279487	24	2.7	24	82	0	76	27	18	24	29	1.98
69279614--69279652	17	2.3	17	86	0	60	46	7	17	28	1.76
69287052--69287218	46	3.7	45	84	4	194	26	20	31	22	1.98
69287001--69287212	92	2.3	90	82	4	246	26	19	31	21	1.98
69287052--69287255	46	4.5	43	80	11	162	25	20	30	23	1.98
69294119--69294201	37	2.2	37	89	0	121	21	32	21	24	1.98
69294319--69294447	47	2.7	47	95	0	222	27	31	6	34	1.83
69294369--69294447	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
69296119--69296221	29	3.6	29	80	7	104	30	14	26	29	1.95
69297714--69298026	47	6.7	47	93	0	509	27	28	11	32	1.91
69303546--69303707	39	4.1	39	89	0	243	23	32	20	23	1.98
69311432--69311619	39	4.8	40	86	4	199	23	32	21	22	1.98
69311476--69311616	75	1.9	76	96	1	266	21	32	21	24	1.98
69311468--69311627	39	4.2	39	88	5	245	23	33	20	23	1.97
69317245--69317295	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
69320111--69320147	19	1.9	19	100	0	74	18	32	27	21	1.97
69321874--69322095	27	8.2	27	87	2	311	26	19	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69322080--69322178	27	3.7	26	81	9	108	27	7	22	43	1.79
69324259--69324489	27	8.5	28	79	5	228	25	17	19	37	1.93
69324239--69324493	81	3.1	82	83	5	306	25	17	19	37	1.93
69324474--69324571	27	3.6	27	86	5	119	27	5	23	43	1.74
69324268--69324515	54	4.6	55	80	4	245	26	15	19	38	1.92
69326582--69326691	47	2.3	47	82	0	130	33	29	14	22	1.94
69334681--69334732	23	2.3	23	84	15	65	67	3	7	21	1.32
69339151--69339226	38	2.0	38	100	0	152	26	18	18	36	1.94
69340441--69340628	40	4.7	40	93	0	315	26	23	27	22	2.00
69340441--69340661	80	2.8	80	88	2	322	26	23	27	22	2.00
69347842--69348008	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
69355612--69355641	15	2.0	15	93	0	51	20	0	30	50	1.49
69355772--69355938	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
69362928--69363005	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
69365817--69366014	40	4.9	40	85	3	231	28	20	24	26	1.99
69365817--69366042	40	5.7	40	83	5	201	27	20	24	26	1.99
69365817--69366049	80	2.9	79	78	8	249	28	20	24	26	1.99
69367925--69367949	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
69368074--69368122	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
69368704--69368838	41	3.3	41	92	1	200	17	25	26	31	1.97
69368728--69368871	41	3.5	40	88	2	117	19	25	23	31	1.98
69368895--69368920	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69369458--69369706	88	2.9	87	83	5	308	26	27	20	25	1.99
69369501--69369706	45	4.7	44	86	5	283	26	27	21	24	1.99
69370510--69370650	47	3.0	46	89	5	212	46	14	11	27	1.79
69377061--69377279	45	5.0	44	81	8	232	26	25	21	26	1.99
69378084--69378224	47	3.0	47	94	1	239	44	14	12	28	1.81
69382414--69382452	21	1.9	20	84	5	51	43	0	12	43	1.42
69387730--69387884	39	3.9	39	90	0	247	22	20	32	24	1.97
69387733--69387915	39	4.6	39	87	0	240	22	21	32	22	1.98
69400968--69401081	36	3.2	36	85	3	151	37	21	6	35	1.78
69400970--69401082	34	3.3	34	82	2	136	37	21	6	35	1.78
69407590--69407738	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
69407631--69407738	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
69415714--69415862	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
69415755--69415862	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
69419553--69419666	36	3.2	36	85	3	151	36	20	7	35	1.80
69419555--69419667	34	3.3	34	83	5	138	36	20	7	36	1.80
69421301--69421502	43	4.7	43	84	2	271	28	26	18	26	1.98
69422219--69422270	28	1.9	26	84	7	68	51	5	5	36	1.50
69423293--69423371	31	2.6	31	93	2	133	26	25	17	30	1.97
69423395--69423486	42	2.2	42	90	0	139	33	21	15	29	1.94
69423631--69423805	26	6.8	26	91	3	266	26	22	24	26	2.00
69424608--69424686	27	2.9	26	73	16	70	22	20	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69424712--69425009	27	11.0	27	75	7	176	30	9	20	40	1.83
69424989--69425116	27	4.8	27	83	3	161	42	10	19	27	1.85
69424997--69425116	53	2.2	54	91	1	188	43	11	20	25	1.85
69428284--69428638	33	11.0	33	75	4	321	34	22	10	31	1.89
69428288--69428626	65	5.3	65	88	3	434	35	22	11	30	1.89
69428309--69428606	65	4.6	65	93	1	442	34	22	11	31	1.89
69428277--69428638	98	3.7	98	76	3	295	33	22	11	32	1.89
69428631--69428700	29	2.4	29	82	0	95	24	28	8	38	1.85
69436579--69436641	27	2.3	26	81	7	81	26	22	17	33	1.96
69441287--69441325	20	2.1	18	90	9	60	58	0	7	33	1.26
69444249--69444577	49	6.8	49	86	4	416	26	17	27	28	1.98
69456843--69456902	20	3.0	20	80	9	77	23	28	0	48	1.51
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69459004--69459116	29	4.0	29	83	2	131	27	14	30	28	1.95
69460625--69460695	35	2.0	35	100	0	142	47	11	0	40	1.39
69462042--69462101	30	2.0	30	90	6	95	61	16	11	10	1.55
69462043--69462102	15	4.0	15	76	8	68	63	16	10	10	1.51
69465115--69465381	49	5.5	49	89	4	391	29	28	17	25	1.97
69471326--69471466	43	3.3	43	86	8	200	26	26	20	26	1.99
69478700--69478732	6	5.3	6	96	3	57	66	0	15	18	1.25
69479059--69479099	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
69479878--69480036	7	21.7	7	70	11	68	38	37	3	21	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69481850--69481955	29	3.7	29	90	0	167	31	15	23	30	1.95
69489161--69489324	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
69489161--69489358	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69492162--69492200	19	2.1	19	100	0	78	17	25	20	35	1.95
69500139--69500244	29	3.7	29	93	0	176	31	16	23	29	1.96
69501834--69501884	15	3.5	15	75	5	50	47	27	1	23	1.63
69502023--69502106	38	2.2	38	84	2	105	15	1	33	50	1.52
69502125--69502260	41	3.4	41	78	7	152	22	21	17	38	1.93
69502158--69502277	41	3.0	39	77	8	125	22	20	19	37	1.94
69502285--69502328	23	1.9	23	85	0	61	13	18	22	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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