genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.334.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  334  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96455519--96455682	40	4.1	40	85	4	206	28	28	20	22	1.98
96457453--96457561	41	2.7	40	83	7	112	26	23	22	26	2.00
96462104--96462158	28	2.0	28	85	0	74	27	20	23	29	1.99
96462147--96462234	43	2.0	43	80	4	97	28	18	22	30	1.97
96463279--96463385	43	2.5	43	93	3	189	26	22	29	21	1.99
96464137--96464205	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
96466793--96466915	39	3.1	39	80	5	140	30	4	19	45	1.71
96466889--96466931	17	2.6	17	88	3	61	30	0	23	46	1.52
96471037--96471447	49	8.4	49	93	0	696	30	29	7	32	1.86
96485707--96485805	29	3.5	28	79	8	94	21	16	32	30	1.95
96487474--96487634	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
96497033--96497135	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
96499851--96499892	21	2.0	22	85	4	59	61	2	26	9	1.39
96501647--96501797	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
96501684--96501813	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
96513024--96513125	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
96520980--96521079	28	3.6	28	78	8	105	28	34	17	21	1.95
96527605--96527995	47	8.3	47	94	0	647	32	9	29	27	1.89
96532904--96532967	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
96533160--96533348	24	8.0	24	89	4	269	26	21	22	29	1.99
96533159--96533349	47	4.0	48	89	4	282	26	21	22	29	1.99
96533160--96533349	71	2.7	72	88	4	280	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96533402--96533444	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
96533481--96533528	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
96534768--96535134	27	13.6	27	86	3	443	40	8	22	28	1.84
96551123--96551155	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
96554947--96554985	20	2.1	19	85	9	53	23	56	12	7	1.62
96555999--96556047	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
96556870--96557036	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
96559692--96559737	16	2.9	16	81	15	60	13	6	0	80	0.89
96559692--96559776	17	5.2	16	76	13	77	16	5	1	76	1.04
96559688--96559756	6	11.8	6	80	9	63	14	5	1	78	1.01
96559688--96559776	12	7.5	11	74	13	63	16	5	1	76	1.04
96571219--96571301	39	2.1	39	86	0	121	44	14	10	30	1.79
96576134--96576323	24	8.0	24	90	4	269	25	21	23	28	1.99
96576133--96576324	47	4.0	48	89	4	282	25	21	23	29	1.99
96576134--96576324	71	2.7	72	88	4	280	25	21	23	29	1.99
96576377--96576419	20	2.2	20	100	0	86	32	18	11	37	1.87
96576456--96576503	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
96577657--96577734	27	2.9	26	76	14	86	21	19	21	37	1.95
96577779--96578031	27	9.3	27	75	8	145	35	9	19	35	1.84
96577929--96578131	27	7.6	26	85	6	237	40	9	21	28	1.84
96577928--96578131	54	3.8	54	88	4	288	40	9	21	28	1.84
96578143--96578233	27	3.3	28	84	3	105	31	8	17	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96578143--96578242	28	3.6	27	80	6	103	34	9	17	40	1.81
96579230--96579394	40	4.1	41	83	3	185	22	22	26	29	1.99
96581267--96581337	21	3.3	21	63	18	56	25	26	23	23	2.00
96581262--96581352	43	2.1	43	100	0	182	25	25	23	26	2.00
96582690--96582722	16	2.1	16	100	0	66	48	12	21	18	1.80
96587554--96587774	40	5.6	40	85	5	254	23	21	26	28	1.99
96587554--96587774	80	2.8	81	84	7	283	23	21	26	28	1.99
96590300--96590338	16	2.5	16	84	16	55	10	23	0	66	1.22
96597292--96597351	29	2.1	29	84	9	79	30	23	3	43	1.70
96599035--96599094	24	2.5	24	86	5	77	20	16	28	35	1.94
96612615--96612639	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
96617735--96617957	78	2.8	80	87	7	314	24	21	26	27	1.99
96617735--96617957	40	5.7	40	89	6	305	24	21	26	27	1.99
96617735--96617980	117	2.1	118	83	8	306	25	20	26	27	1.99
96624600--96624722	57	2.1	57	79	8	133	41	14	15	28	1.86
96626006--96626229	40	5.7	40	87	5	287	25	20	25	27	1.99
96629239--96629432	25	8.0	24	86	6	216	28	23	20	28	1.99
96629261--96629431	25	7.1	23	88	5	225	29	22	19	28	1.98
96629490--96629546	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
96629478--96629548	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
96629483--96629537	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
96629585--96629632	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96630791--96630868	27	2.9	26	75	11	77	23	19	20	37	1.95
96630886--96631192	27	11.3	27	77	6	156	34	8	19	37	1.83
96631088--96631381	81	3.6	81	78	1	268	36	8	23	31	1.85
96631115--96631327	27	7.9	27	86	6	243	38	8	24	28	1.84
96631117--96631320	54	3.8	54	87	0	282	39	8	23	28	1.84
96631333--96631422	27	3.3	27	87	3	128	33	10	16	40	1.82
96631306--96631419	54	2.1	54	80	6	124	30	10	20	38	1.86
96631333--96631437	27	3.9	26	82	7	111	35	9	16	39	1.81
96634288--96634505	25	9.0	24	87	6	273	28	23	20	27	1.99
96634309--96634504	75	2.7	72	89	5	304	29	22	19	28	1.98
96634563--96634619	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
96634551--96634621	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
96634556--96634610	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
96634658--96634705	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
96635864--96635926	27	2.3	27	83	5	83	20	22	20	36	1.95
96636065--96636197	27	4.9	27	80	7	137	33	7	19	39	1.80
96636072--96636211	54	2.6	54	81	4	174	32	7	21	39	1.80
96635986--96636265	27	10.3	27	77	9	131	34	8	19	37	1.82
96636188--96636400	27	7.9	27	85	7	229	38	8	23	29	1.85
96636189--96636400	54	3.9	54	84	6	259	38	8	23	28	1.85
96636406--96636495	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
96636389--96636495	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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96679521--96679693	95	1.8	95	93	0	301	20	23	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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