genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  306  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88122618--88122693	25	3.0	25	82	3	91	42	17	22	18	1.89
88128525--88128571	21	2.2	21	88	0	67	57	14	14	12	1.66
88128541--88128582	21	1.9	21	85	9	57	54	14	16	14	1.71
88130615--88130689	27	2.8	26	84	8	80	33	22	24	20	1.97
88132288--88132343	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
88137276--88137381	27	3.9	27	81	9	110	35	22	22	18	1.95
88138979--88139034	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
88142364--88142397	15	2.3	15	90	10	52	35	0	11	52	1.38
88142466--88142579	45	2.5	46	82	2	124	43	19	16	20	1.88
88142551--88142669	46	2.6	46	87	0	166	47	11	21	20	1.81
88144451--88144502	25	2.1	25	96	0	95	46	9	3	40	1.55
88144886--88144942	20	2.8	20	83	0	69	50	17	14	17	1.77
88144983--88145155	20	8.9	19	67	18	56	51	10	16	20	1.75
88150306--88150337	16	2.0	16	93	0	55	56	0	9	34	1.32
88152401--88152458	30	1.9	29	83	13	73	41	5	5	48	1.48
88156916--88156978	24	2.6	24	97	0	117	36	26	15	20	1.93
88166114--88166332	46	4.7	47	75	12	164	30	20	27	21	1.98
88168043--88168080	18	2.1	18	95	0	67	39	10	18	31	1.85
88168409--88168474	33	2.0	33	100	0	132	27	18	24	30	1.98
88169667--88169704	17	2.3	17	90	4	60	73	2	10	13	1.19
88173584--88173619	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
88181844--88181875	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88188998--88189029	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
88189486--88189634	42	3.5	42	75	14	135	26	24	20	28	1.99
88189486--88189642	44	3.7	43	73	14	135	26	24	20	28	1.99
88190987--88191196	93	2.3	93	90	0	339	30	14	20	34	1.93
88191352--88191383	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
88198594--88198654	21	2.8	21	80	5	77	14	24	26	34	1.94
88198584--88198666	21	3.9	21	77	3	67	15	21	25	37	1.93
88206466--88206540	21	3.4	23	76	14	86	13	20	26	40	1.89
88210749--88210790	21	2.0	22	90	4	68	30	0	28	40	1.57
88213028--88213205	50	3.7	48	79	10	202	25	31	18	24	1.98
88214948--88215246	153	2.0	153	93	0	508	30	20	12	36	1.89
88225077--88225216	27	5.2	27	77	7	133	42	20	6	30	1.77
88225079--88225188	54	2.0	54	85	1	148	40	22	5	30	1.77
88225091--88225216	54	2.3	54	91	0	198	43	19	7	30	1.77
88225199--88225260	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
88225091--88225242	54	2.8	54	85	4	155	42	18	9	29	1.81
88225086--88225245	81	2.0	81	85	4	216	41	18	8	31	1.81
88225882--88225976	28	3.4	28	91	1	147	47	25	6	21	1.74
88230124--88230225	42	2.4	41	82	12	116	24	5	6	62	1.42
88240279--88240322	8	5.6	8	86	7	56	0	11	0	88	0.51
88240278--88240316	12	3.4	12	86	6	55	0	12	0	87	0.55
88245734--88245821	44	2.0	44	100	0	176	20	27	6	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88246626--88246844	46	4.7	47	76	11	161	26	20	29	23	1.99
88260614--88260644	13	2.4	13	100	0	62	32	29	25	12	1.93
88270030--88270123	40	2.4	40	85	3	129	37	35	11	15	1.85
88271727--88272096	48	7.7	48	79	5	388	27	19	28	24	1.99
88271712--88272096	144	2.7	144	88	3	542	27	19	28	25	1.99
88274969--88275002	12	2.9	12	86	4	52	23	8	35	32	1.86
88278040--88278096	25	2.3	25	81	6	62	15	14	3	66	1.38
88285975--88286004	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88291478--88291684	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
88299216--88299446	24	9.6	24	97	0	381	20	18	25	35	1.95
88305476--88305552	20	3.9	20	77	3	75	20	14	9	55	1.66
88305489--88305565	40	1.9	39	84	2	100	23	14	10	51	1.72
88305733--88305817	20	4.3	20	69	11	59	17	10	14	57	1.64
88305315--88305784	237	2.0	237	81	6	549	37	8	10	43	1.70
88305747--88305881	40	3.4	41	72	14	104	20	13	12	53	1.72
88315078--88315142	26	2.5	26	85	2	78	26	21	13	38	1.91
88318283--88318380	19	5.2	19	88	7	137	40	8	15	35	1.77
88318283--88318380	36	2.6	38	83	9	128	40	8	15	35	1.77
88320547--88320616	6	11.7	6	89	0	86	12	21	2	62	1.42
88322704--88322822	43	2.7	44	80	7	134	35	19	22	22	1.96
88322774--88323060	138	2.1	136	84	6	364	37	14	19	27	1.91
88323480--88323674	84	2.3	85	78	6	209	52	5	18	23	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88323506--88323664	56	2.9	55	80	6	160	51	6	18	23	1.70
88323509--88323606	28	3.5	28	72	9	85	53	7	16	23	1.67
88323571--88323732	56	2.9	55	80	9	168	54	4	16	24	1.62
88323636--88323732	28	3.4	28	75	4	97	55	3	16	24	1.55
88324866--88324951	27	3.2	26	69	14	66	43	1	2	53	1.21
88324822--88324977	55	2.8	55	82	7	181	43	1	2	51	1.26
88330918--88331005	44	2.0	46	82	13	112	42	25	2	30	1.67
88331496--88331533	18	2.1	18	90	0	58	84	0	15	0	0.63
88332946--88332976	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
88334198--88334222	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
88336112--88336160	22	2.3	21	79	10	55	59	4	4	32	1.35
88337762--88337841	31	2.6	31	76	9	83	35	6	7	51	1.55
88337895--88337945	16	3.1	16	78	15	59	70	0	1	27	0.98
88338522--88338549	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
88338522--88338552	16	1.9	16	93	0	53	48	16	0	35	1.46
88346848--88346886	20	2.0	20	85	10	53	5	15	2	76	1.06
88349028--88349055	6	4.7	6	100	0	56	0	0	32	67	0.91
88350513--88350548	18	2.0	18	88	0	54	36	47	0	16	1.47
88352821--88352862	16	2.6	16	92	0	66	28	30	23	16	1.96
88352738--88352848	39	2.8	39	80	2	134	32	28	20	18	1.96
88352836--88352952	39	3.0	39	91	0	180	34	30	18	16	1.93
88352747--88352940	94	2.1	94	86	0	262	33	28	20	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88358668--88358693	12	2.2	12	100	0	52	42	11	0	46	1.40
88362868--88362922	27	2.0	27	100	0	110	25	14	18	41	1.88
88364870--88364905	13	2.5	15	86	13	58	36	0	0	63	0.94
88366237--88366287	22	2.3	22	83	6	59	11	25	0	62	1.29
88369523--88369604	41	2.0	41	97	0	155	23	4	15	56	1.59
88373021--88373441	104	4.0	105	81	4	456	33	12	24	28	1.92
88381058--88381282	48	4.7	48	87	0	308	25	18	28	27	1.98
88384876--88384915	19	2.0	20	95	4	73	32	10	15	42	1.79
88385117--88385205	44	2.0	44	97	0	169	33	8	14	42	1.77
88385128--88385197	23	3.1	23	66	22	67	32	8	15	42	1.77
88387148--88387404	48	5.3	48	89	0	361	24	20	28	26	1.99
88387378--88387488	44	2.6	43	77	13	104	27	18	27	26	1.98
88391041--88391342	131	2.3	131	84	2	365	38	12	16	32	1.86
88394620--88394682	31	2.0	32	84	9	85	49	1	3	46	1.27
88394792--88394882	39	2.2	40	80	5	103	39	2	7	50	1.43
88408901--88408980	42	2.0	40	85	9	108	26	23	35	15	1.94
88412400--88412605	105	2.0	105	86	3	290	33	12	24	29	1.92
88420338--88420525	33	5.6	33	67	9	87	26	24	16	32	1.96
88422109--88422186	41	1.9	41	84	10	106	19	16	29	34	1.94
88422360--88422457	50	2.0	50	85	0	133	29	10	20	39	1.85
88423447--88423475	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
88425376--88425438	30	2.1	30	90	0	99	60	14	1	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88432254--88432289	18	2.0	18	100	0	72	66	5	11	16	1.40
88434037--88434104	33	2.1	32	83	8	84	33	8	22	35	1.85
88435843--88436023	40	4.6	40	86	2	249	24	26	23	25	2.00
88443178--88443342	40	4.1	40	89	4	244	25	27	23	23	2.00
88445015--88445045	15	2.1	15	93	0	53	48	9	3	38	1.52
88449322--88449354	16	2.0	17	88	5	50	48	0	15	36	1.45
88450441--88450554	33	3.4	32	75	10	104	32	10	22	34	1.88
88456929--88456970	22	1.9	22	85	0	57	52	2	0	45	1.13
88456992--88457033	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
88456996--88457032	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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