genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55681419--55681566	27	5.5	27	79	7	122	39	20	8	31	1.83
55681390--55681564	54	3.3	53	78	7	158	38	21	9	30	1.84
55681423--55681618	27	7.3	26	79	9	108	38	20	7	33	1.81
55681544--55681783	27	8.9	27	88	0	311	31	22	7	38	1.82
55681784--55682104	27	12.0	27	90	1	484	33	20	21	24	1.97
55682303--55682385	27	3.1	26	86	5	94	19	20	21	38	1.93
55682887--55683049	6	26.5	6	76	11	152	18	16	15	49	1.81
55682890--55682975	25	3.8	24	76	20	103	17	16	17	48	1.81
55682887--55683046	37	4.5	37	77	12	172	18	16	16	48	1.81
55682931--55682997	25	2.7	25	88	0	98	16	17	16	49	1.80
55694564--55694672	56	1.9	56	92	0	182	30	13	21	34	1.92
55695964--55696084	47	2.6	47	88	1	172	24	16	27	31	1.96
55699641--55699720	15	5.4	15	81	1	90	10	18	13	57	1.64
55699632--55699711	30	2.7	30	80	7	99	11	18	15	55	1.69
55701588--55701762	47	3.6	48	83	6	194	24	17	28	29	1.97
55705297--55705376	15	5.4	15	81	1	90	10	18	13	57	1.64
55705288--55705367	30	2.7	30	80	7	99	11	18	15	55	1.69
55707235--55707409	47	3.6	48	83	6	194	24	17	28	29	1.97
55712085--55712133	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
55712956--55713122	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
55720083--55720131	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
55720953--55721119	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55743601--55743955	49	7.3	49	96	1	626	29	30	8	31	1.86
55746646--55746827	40	4.6	40	78	9	138	24	25	24	26	2.00
55747555--55747872	40	8.1	40	90	4	506	25	27	20	26	1.99
55747728--55747872	73	2.0	73	98	0	281	24	26	20	28	1.99
55749968--55750420	49	9.3	49	96	0	804	30	30	8	31	1.86
55749968--55750420	244	1.9	242	95	0	816	30	30	8	31	1.86
55757634--55757708	10	7.1	11	71	7	57	37	13	16	33	1.87
55757634--55757691	21	2.8	21	84	5	73	37	12	18	31	1.88
55761766--55761949	79	2.3	81	81	8	209	23	27	24	25	2.00
55761759--55761949	39	4.8	39	74	10	145	23	27	24	25	2.00
55766115--55766466	49	7.3	49	93	2	547	30	7	31	29	1.86
55773833--55773904	25	3.0	24	78	13	67	29	23	22	25	1.99
55776800--55776837	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
55777662--55777896	40	5.9	39	82	6	217	24	23	26	25	2.00
55777693--55777877	79	2.3	80	86	0	255	23	24	27	24	2.00
55777694--55777910	79	2.7	79	80	6	208	25	23	26	24	2.00
55785695--55785937	40	6.1	39	83	6	233	23	24	27	24	2.00
55785735--55785951	79	2.7	79	80	6	199	24	24	26	24	2.00
55793053--55793201	77	1.9	78	91	1	246	22	31	21	24	1.98
55793051--55793201	39	3.9	39	92	2	241	22	31	21	23	1.98
55799729--55799910	39	4.6	39	90	0	247	21	31	23	23	1.98
55799759--55799910	39	3.9	39	93	0	250	22	31	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55800527--55800576	24	2.1	24	100	0	100	30	36	4	30	1.76
55802891--55803097	40	5.2	39	82	6	213	24	23	28	24	2.00
55802894--55803078	40	4.7	39	85	4	228	22	23	28	24	1.99
55802891--55803097	79	2.6	80	81	7	260	24	23	28	24	2.00
55805062--55805178	62	1.9	62	91	3	191	35	19	13	30	1.91
55810640--55810717	38	2.1	38	95	0	138	16	32	0	51	1.45
55811986--55812032	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
55813205--55813261	28	2.0	28	100	0	114	29	10	24	35	1.89
55813541--55813575	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
55816182--55816354	93	1.9	93	91	0	283	28	28	20	21	1.98
55816175--55816350	46	3.8	46	78	12	198	30	28	19	21	1.98
55818266--55818353	30	3.0	30	79	9	92	56	14	18	10	1.65
55818266--55818344	15	5.4	15	76	8	74	58	12	18	10	1.62
55821264--55821434	93	1.8	93	91	2	281	30	29	19	20	1.97
55821255--55821430	46	3.8	46	76	16	184	31	28	19	20	1.97
55823592--55823644	14	3.7	14	77	20	56	22	20	11	45	1.83
55824739--55824763	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
55826241--55826315	19	3.9	19	82	8	98	78	0	18	2	0.86
55826248--55826317	12	5.5	12	73	11	50	80	0	17	2	0.84
55826267--55826317	15	3.4	15	76	15	52	82	0	15	1	0.76
55827215--55827842	44	14.3	44	70	12	373	31	17	23	27	1.97
55827211--55827461	132	1.9	132	92	0	421	31	17	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55827197--55827478	132	2.1	132	85	6	417	34	17	22	25	1.96
55827436--55827837	132	3.1	132	92	0	671	31	17	23	27	1.97
55827568--55827734	87	1.9	87	85	2	228	31	16	23	28	1.96
55827216--55827829	220	2.8	219	83	4	634	32	17	23	26	1.97
55827827--55828122	131	2.3	131	87	0	439	28	15	25	31	1.96
55828432--55828498	28	2.4	28	71	11	66	41	37	4	16	1.69
55829632--55829697	26	2.5	27	75	22	77	33	4	1	60	1.26
55829679--55829713	12	2.8	12	91	4	52	28	8	0	62	1.24
55829896--55829953	18	2.8	21	77	15	59	41	5	0	53	1.23
55834651--55834687	7	5.1	7	96	3	65	54	0	0	45	1.00
55835025--55835066	14	3.0	14	86	6	50	33	45	0	21	1.52
55835026--55835070	21	2.1	21	91	0	72	35	40	0	24	1.56
55835041--55835114	14	5.1	14	78	4	58	40	35	1	22	1.63
55835079--55835109	15	2.1	15	93	0	53	41	38	0	19	1.51
55835065--55835114	22	2.3	21	82	3	64	42	32	2	24	1.66
55835288--55835338	14	3.6	14	75	2	57	47	31	5	15	1.70
55835316--55835390	21	3.4	21	78	10	62	37	41	4	17	1.68
55835345--55835404	25	2.4	26	81	15	74	36	45	1	16	1.58
55835897--55835924	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
55837783--55837862	41	2.0	40	87	2	115	25	22	30	22	1.99
55838005--55838058	22	2.5	22	73	11	56	22	25	20	31	1.98
55840933--55841039	27	4.0	27	82	2	135	29	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55840994--55841369	27	14.0	27	79	5	260	38	17	10	32	1.85
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55844287--55844392	48	2.2	48	93	0	167	42	13	8	35	1.74
55844298--55844395	48	2.0	48	98	0	187	39	14	9	36	1.78
55846222--55846299	38	2.0	39	97	2	149	47	6	20	25	1.74
55849336--55849585	68	3.8	65	73	11	206	24	28	14	32	1.94
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55855083--55855122	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
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55855308--55855561	55	4.8	52	77	8	196	20	24	18	36	1.95
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55867570--55867736	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
55867586--55867736	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
55871208--55871240	16	2.1	16	88	5	50	12	33	30	24	1.91
55872095--55872296	48	4.2	48	79	8	191	24	29	19	26	1.98
55872179--55872296	46	2.5	46	84	5	148	23	30	20	25	1.98
55872942--55872992	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
55874951--55874975	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
55875126--55875150	13	1.9	13	100	0	50	12	0	56	32	1.36
55876885--55876985	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
55884838--55884938	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55907816--55907910	40	2.4	40	92	0	163	30	30	17	21	1.96
55916260--55916394	40	3.4	40	92	0	225	31	29	17	21	1.96
55917595--55917658	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
55917850--55917992	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
55917850--55917991	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
55917849--55917992	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
55918042--55918102	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
55918145--55918192	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
55919432--55920042	27	22.6	27	85	5	675	41	9	22	27	1.84
55927803--55928005	53	3.8	53	76	7	203	35	18	24	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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