genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68595000--68595042	22	2.0	22	100	0	86	55	11	27	4	1.55
68603598--68603760	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	23	1.98
68608802--68608902	39	2.5	40	87	4	134	34	20	21	22	1.97
68608802--68608968	40	4.2	40	81	3	160	32	19	21	26	1.97
68609018--68609121	40	2.6	40	85	1	127	29	17	21	31	1.96
68608863--68609235	155	2.4	155	83	1	460	30	17	21	30	1.96
68609282--68609322	21	2.0	21	85	9	57	43	4	2	48	1.37
68609475--68609524	14	3.6	14	81	2	66	22	0	28	50	1.49
68609636--68609686	14	3.6	14	83	0	57	19	0	29	50	1.48
68610948--68611038	41	2.2	41	84	7	114	32	13	26	27	1.93
68611143--68611167	11	2.3	11	100	0	50	8	36	0	56	1.29
68623894--68624005	43	2.6	43	91	0	152	25	16	28	30	1.96
68634405--68634572	40	4.2	39	80	4	142	25	26	22	26	2.00
68636272--68636460	82	2.3	81	84	3	245	23	16	19	40	1.91
68636292--68636449	40	3.9	40	77	5	147	25	15	18	40	1.90
68636272--68636460	41	4.6	41	79	3	211	23	16	19	40	1.91
68639331--68639538	40	5.2	40	89	1	294	23	21	28	26	1.99
68646307--68646455	40	3.7	40	89	2	201	24	22	28	24	1.99
68646307--68646475	80	2.1	80	82	6	200	23	21	28	26	1.99
68650977--68651046	29	2.5	28	81	9	79	21	14	31	32	1.93
68651781--68651806	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68654779--68654853	24	3.2	24	65	30	61	29	13	30	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68654739--68655000	142	1.8	142	92	0	443	35	12	27	25	1.91
68654729--68654997	95	2.9	94	89	1	412	35	12	26	25	1.91
68654897--68654977	25	3.4	25	69	27	84	39	8	23	28	1.84
68654922--68654997	22	3.3	22	68	28	68	36	10	27	25	1.89
68654708--68655034	142	2.3	141	84	2	440	34	11	28	25	1.90
68654708--68655000	47	6.2	47	91	0	424	34	11	27	26	1.90
68654708--68655034	47	6.9	47	89	1	386	34	11	28	25	1.90
68655014--68655104	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
68657675--68657775	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
68657704--68657775	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
68666653--68666679	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
68667705--68667757	23	2.3	23	93	0	88	30	9	13	47	1.74
68667714--68667774	23	2.7	23	84	0	68	32	9	11	45	1.73
68677205--68677250	23	2.0	23	87	8	67	21	23	19	34	1.96
68677207--68677258	23	2.3	23	83	6	61	21	26	19	32	1.97
68690674--68690743	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
68690674--68690755	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
68699920--68699994	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
68699978--68700051	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
68707792--68707866	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
68707850--68707923	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
68710941--68710992	15	3.5	15	75	15	63	21	26	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68710934--68711001	29	2.3	29	92	0	118	19	27	29	23	1.98
68711364--68711417	27	2.0	27	100	0	108	40	3	7	48	1.49
68711369--68711433	27	2.4	27	84	5	69	44	1	9	44	1.45
68726795--68726912	62	1.9	62	91	0	191	38	6	16	38	1.75
68729536--68729578	18	2.4	18	88	3	61	51	2	2	44	1.27
68729721--68729762	21	2.0	22	86	13	61	33	4	2	59	1.31
68733215--68733250	19	1.9	18	88	5	54	22	2	2	72	1.11
68739970--68740002	8	4.1	8	92	0	57	48	24	24	3	1.65
68740389--68740500	27	4.2	26	78	7	116	16	24	22	36	1.94
68740390--68740496	54	2.0	54	85	3	144	17	23	21	37	1.94
68741075--68741114	18	2.2	18	100	0	80	40	15	10	35	1.80
68741464--68741506	16	2.6	17	77	7	52	58	6	4	30	1.45
68748242--68748353	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
68748242--68748353	27	4.2	26	86	7	143	16	24	22	36	1.94
68751464--68751647	40	4.6	40	85	5	255	25	26	23	25	2.00
68759541--68759723	40	4.6	40	83	8	230	25	26	22	25	2.00
68763368--68763434	20	3.3	20	89	0	107	32	11	22	32	1.90
68763483--68763603	24	5.0	24	87	7	174	28	19	20	30	1.97
68763483--68763612	49	2.6	48	84	9	174	30	18	20	30	1.97
68763797--68763859	31	2.0	31	90	0	99	34	17	23	23	1.96
68767796--68767864	27	2.5	28	95	2	122	28	14	26	30	1.95
68775724--68775793	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68782554--68782620	20	3.3	20	89	0	107	32	11	22	32	1.90
68782669--68782789	24	5.0	24	90	7	183	28	20	22	28	1.99
68782669--68782798	49	2.6	48	86	9	183	30	19	22	27	1.98
68782983--68783045	31	2.0	31	87	0	90	36	17	22	23	1.95
68784283--68784417	21	6.4	21	65	10	69	45	18	20	15	1.85
68784283--68784417	42	3.2	42	85	2	164	45	18	20	15	1.85
68786391--68786460	37	1.9	36	82	8	88	52	2	2	41	1.31
68786860--68786899	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
68790400--68790531	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
68790371--68790531	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
68792276--68792358	43	1.9	43	92	0	139	30	30	18	21	1.97
68795600--68795659	15	4.0	15	82	0	75	55	13	18	13	1.70
68795601--68795659	30	2.0	30	86	6	84	54	13	18	13	1.71
68800876--68801005	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
68800892--68801043	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
68800892--68801041	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
68808880--68809046	40	4.2	40	80	5	169	23	26	22	26	2.00
68808896--68809044	80	1.9	79	84	6	203	22	27	23	26	1.99
68817243--68817312	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
68817243--68817324	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
68821573--68821905	166	2.0	166	97	0	621	28	19	25	26	1.99
68835391--68835505	54	2.1	54	87	3	160	35	22	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68835391--68835505	27	4.3	27	82	7	135	35	22	23	18	1.95
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68844047--68844162	27	4.3	26	85	5	142	37	22	23	17	1.94
68844047--68844162	54	2.1	54	87	3	162	37	22	23	17	1.94
68845779--68845888	26	4.2	26	94	2	168	36	23	5	34	1.78
68853913--68853984	36	2.0	36	100	0	144	25	8	16	50	1.73
68854503--68854559	16	3.5	17	81	11	66	47	1	0	50	1.11
68854485--68854555	21	3.7	20	71	19	60	45	1	1	52	1.18
68854502--68854559	5	10.7	6	72	20	56	46	1	0	51	1.11
68856517--68856560	20	2.2	20	88	8	63	29	25	11	34	1.91
68858755--68858884	29	4.5	29	92	0	206	31	15	23	30	1.95
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68866772--68866830	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
68870088--68870249	29	5.6	29	90	0	243	32	15	22	29	1.95
68881897--68882082	40	4.7	40	82	6	164	24	21	27	26	1.99
68886940--68887040	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
68894910--68895010	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
68900609--68900779	93	1.8	93	91	2	281	29	27	20	22	1.98
68900601--68900772	46	3.7	46	74	13	174	30	27	19	22	1.98
68901199--68901257	30	2.0	30	86	0	82	32	25	5	37	1.78
68909324--68909388	28	2.3	28	91	0	103	33	26	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68909504--68909567	28	2.2	28	83	2	74	26	25	17	31	1.97
68917174--68917238	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
68917344--68917434	28	3.2	28	89	4	130	21	24	21	31	1.98
68917344--68917459	56	2.1	55	80	9	128	20	24	20	34	1.97
68927420--68927830	47	8.7	47	75	11	249	23	30	19	26	1.98
68929039--68929128	43	2.1	42	87	6	128	24	17	25	32	1.97
68936323--68936484	43	3.8	41	74	13	139	22	14	27	34	1.94
68938045--68938070	9	2.9	9	100	0	52	46	7	11	34	1.69
68938200--68938346	23	6.3	23	75	9	111	23	23	19	34	1.97
68938200--68938346	46	3.2	46	83	3	179	23	23	19	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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