genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  247  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70180094--70180312	116	1.9	116	90	0	348	36	20	20	22	1.96
70180797--70180860	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
70181018--70181119	27	3.8	26	79	5	78	20	20	21	37	1.95
70181040--70181116	27	2.9	26	90	3	109	20	23	20	35	1.96
70181276--70181437	6	26.8	6	77	15	165	20	17	13	48	1.80
70181251--70181437	85	2.2	85	96	0	338	19	17	14	48	1.82
70181251--70181437	30	6.4	30	85	11	262	19	17	14	48	1.82
70182479--70182578	45	2.2	45	94	0	173	38	29	10	23	1.87
70183566--70183596	16	1.9	16	100	0	62	38	16	19	25	1.92
70216658--70216718	27	2.3	27	94	0	104	36	18	19	26	1.94
70229050--70229182	29	4.6	29	90	0	203	30	15	23	30	1.95
70230003--70230678	48	14.0	48	93	2	1090	36	6	25	31	1.82
70230005--70230678	188	3.5	190	92	3	1100	36	6	25	31	1.82
70232067--70232261	80	2.5	80	94	0	338	24	22	27	26	2.00
70232067--70232241	40	4.4	40	97	0	332	25	21	27	25	1.99
70234659--70234687	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70235850--70236331	48	10.0	48	92	2	738	36	6	25	31	1.81
70235850--70236331	94	5.0	95	92	2	745	36	6	25	31	1.81
70235850--70236331	142	3.4	142	93	1	793	36	6	25	31	1.81
70241986--70242064	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70249260--70249338	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70250504--70250556	27	2.0	27	85	3	72	35	20	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70250560--70250756	27	7.3	27	87	0	232	24	20	17	37	1.94
70253011--70253147	24	5.6	24	72	9	73	27	16	29	26	1.97
70260598--70260683	24	3.5	24	77	3	82	25	17	29	27	1.97
70267882--70268024	57	2.5	57	78	4	153	31	18	18	31	1.95
70270004--70270121	39	3.0	39	91	0	191	25	31	23	19	1.98
70276653--70276746	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
70276938--70277032	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
70276938--70277031	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
70277083--70277142	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
70277185--70277232	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
70284936--70285029	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
70285221--70285315	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
70285221--70285314	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
70285366--70285425	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
70285468--70285515	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
70288985--70289043	10	5.9	10	86	7	75	22	10	1	66	1.31
70292807--70292846	15	2.5	16	92	8	64	25	2	0	72	0.97
70293649--70293828	100	1.8	100	87	2	272	31	15	23	28	1.95
70293816--70293865	10	5.0	10	76	13	50	84	4	12	0	0.76
70293817--70293861	22	2.0	23	86	8	65	84	4	11	0	0.76
70296549--70296594	3	15.0	3	95	4	83	67	0	0	32	0.91
70299506--70299531	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70301240--70301307	33	2.1	33	88	5	102	25	33	8	32	1.86
70303606--70303646	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
70315278--70315302	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
70323798--70324018	40	5.6	40	80	4	234	24	25	23	26	2.00
70334630--70334654	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
70339710--70339767	29	2.0	29	100	0	116	31	13	27	27	1.94
70339712--70339774	29	2.2	29	94	0	108	31	17	25	25	1.97
70347640--70347704	29	2.2	29	100	0	130	29	15	27	27	1.96
70347805--70347839	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
70349242--70349406	40	4.1	40	90	1	251	23	22	27	27	1.99
70356861--70356901	20	2.0	20	85	0	55	41	12	4	41	1.64
70359532--70359640	54	2.0	55	85	5	150	28	17	11	43	1.83
70360920--70360952	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
70362798--70362827	15	2.1	14	93	6	51	66	0	26	6	1.16
70369363--70369584	39	5.6	39	90	0	309	23	30	21	23	1.99
70375740--70375814	29	2.6	29	89	0	105	28	26	20	25	1.99
70377400--70377515	46	2.5	47	87	8	166	28	17	26	27	1.97
70377309--70377515	94	2.2	93	82	10	242	27	18	28	25	1.98
70380971--70381146	46	3.8	46	75	15	182	18	18	31	31	1.95
70380970--70381139	93	1.8	93	93	0	295	19	18	31	30	1.96
70383457--70383487	16	1.9	16	93	0	53	12	6	29	51	1.65
70386502--70386563	26	2.3	27	81	10	83	38	22	11	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70386667--70386781	27	4.3	26	84	9	142	19	22	22	35	1.96
70393694--70393794	29	3.5	29	91	0	157	29	14	29	25	1.95
70393694--70393815	29	4.2	29	89	0	154	31	15	29	23	1.95
70393693--70393828	29	4.7	29	83	5	141	28	16	31	23	1.96
70397407--70397465	26	2.2	26	84	3	73	38	28	8	23	1.84
70397570--70397656	27	3.2	27	85	3	104	18	22	20	37	1.94
70401146--70401178	12	2.6	13	85	4	50	33	0	9	57	1.30
70403027--70403148	63	1.9	63	86	3	174	32	27	15	24	1.95
70403036--70403165	63	2.1	63	83	2	163	30	27	15	26	1.96
70404455--70404654	29	6.9	29	79	5	181	35	14	25	25	1.93
70407558--70407632	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
70415415--70415489	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
70421454--70421739	40	7.2	40	89	1	394	25	26	20	26	1.99
70423033--70423117	37	2.3	37	93	2	145	24	34	18	22	1.96
70423538--70423568	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
70423258--70423542	48	5.9	48	94	1	500	31	28	6	34	1.82
70427205--70427488	40	7.2	39	87	3	347	26	26	21	26	2.00
70427205--70427488	79	3.6	79	85	4	365	26	26	21	26	2.00
70427205--70427488	119	2.4	120	86	4	371	26	26	21	26	2.00
70428780--70428868	37	2.4	37	94	0	151	24	33	20	21	1.97
70429009--70429298	48	6.0	48	93	1	483	31	27	5	35	1.81
70429289--70429333	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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70445923--70446012	41	2.2	40	96	2	162	23	18	30	27	1.98
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70473919--70474078	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
70481833--70481962	29	4.5	29	86	6	165	27	26	13	32	1.94
70486035--70486091	25	2.3	25	90	6	89	38	5	36	19	1.74
70487495--70487600	27	4.0	26	81	6	104	17	22	20	38	1.93
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70492820--70492849	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
70493265--70493375	54	2.1	53	87	1	159	17	24	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70493265--70493375	27	4.2	26	83	5	132	17	24	21	36	1.94
70495629--70495736	29	3.8	29	82	1	119	28	25	13	31	1.94
70500977--70501076	51	2.0	51	88	4	148	30	29	17	24	1.97
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70505837--70505965	63	2.0	63	90	0	204	27	30	19	23	1.98
70507307--70507409	29	3.6	29	84	6	129	39	13	25	21	1.90
70515925--70516106	37	4.9	37	91	2	294	24	31	19	24	1.98
70517492--70517658	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
70517492--70517658	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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