genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.397.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  397  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115250550--115250732	81	2.3	80	83	6	233	37	9	22	29	1.87
115250560--115250705	54	2.7	54	93	0	247	40	8	23	27	1.84
115250560--115250732	54	3.2	54	87	0	229	38	9	23	28	1.86
115259178--115259245	18	3.8	18	78	7	66	38	17	10	33	1.84
115259357--115259381	12	2.1	12	100	0	50	48	20	16	16	1.82
115259421--115259452	6	5.3	6	92	0	55	56	15	12	15	1.68
115262206--115262260	18	3.2	17	78	19	60	74	1	0	23	0.91
115262212--115262260	5	10.0	5	78	12	57	77	2	0	20	0.87
115263907--115264334	50	8.8	49	76	10	396	25	28	19	27	1.99
115264006--115264324	96	3.3	96	86	3	444	24	27	20	27	1.99
115263907--115264225	146	2.2	145	82	7	387	25	28	19	26	1.99
115267213--115267406	40	4.8	40	78	7	180	26	27	22	24	2.00
115267213--115267404	80	2.4	79	82	5	224	26	27	22	23	2.00
115274423--115274605	40	4.6	40	79	10	194	25	26	23	24	2.00
115281646--115281840	40	4.8	40	81	6	216	26	27	22	24	2.00
115288885--115289072	40	4.7	40	79	7	184	27	25	22	25	2.00
115290108--115290191	27	3.2	27	64	16	68	47	15	7	29	1.72
115290107--115290206	51	2.0	51	97	0	191	47	15	7	31	1.71
115303264--115303448	40	4.6	40	79	9	198	26	28	21	23	1.99
115303245--115303449	79	2.6	81	82	6	240	26	28	21	23	1.99
115308205--115308229	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
115320341--115320438	28	3.5	28	80	9	110	29	24	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115327998--115328096	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
115331305--115331331	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
115332907--115333130	40	5.6	40	84	3	270	24	23	25	25	2.00
115332911--115333130	83	2.7	80	85	5	275	24	24	26	25	2.00
115333358--115333399	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
115336095--115336269	40	4.3	40	79	10	171	30	16	23	29	1.96
115345925--115345990	24	2.8	24	97	0	123	22	16	31	28	1.96
115349076--115349247	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
115349068--115349243	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
115351166--115351228	31	2.0	31	100	0	126	30	22	15	31	1.95
115352635--115352689	24	2.2	25	77	3	67	34	18	23	23	1.96
115360192--115360337	48	3.0	48	86	0	202	28	21	26	24	1.99
115370106--115370145	21	2.0	21	85	5	55	80	0	7	12	0.91
115374226--115374255	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
115384142--115384288	43	3.4	44	80	3	147	27	15	24	31	1.96
115393305--115393346	6	7.2	6	89	5	50	19	4	0	76	0.96
115395992--115396155	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
115395992--115396189	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
115403558--115403721	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
115403558--115403755	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
115405007--115405092	37	2.3	38	85	2	111	32	26	22	18	1.97
115406644--115406816	46	3.8	46	79	14	214	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115406652--115406821	91	1.8	92	94	2	306	27	30	21	20	1.98
115409178--115409267	30	3.0	30	79	9	94	57	15	16	10	1.64
115409178--115409258	15	5.4	15	79	8	85	59	13	17	9	1.61
115412215--115412386	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
115412207--115412382	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
115414765--115414853	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
115414765--115414844	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
115414776--115414853	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
115417805--115417976	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
115417797--115417972	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
115423248--115423283	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
115423235--115423275	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
115423398--115423532	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
115423772--115423810	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
115425110--115425161	5	10.2	5	97	2	95	57	0	0	42	0.98
115429659--115429694	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
115429646--115429686	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
115429809--115429943	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
115430183--115430221	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
115431522--115431568	5	9.4	5	95	0	85	59	2	0	38	1.09
115437114--115437148	12	2.9	12	91	0	52	65	0	17	17	1.27
115441749--115441815	26	2.6	26	77	13	75	38	8	10	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115441957--115441990	12	2.8	12	86	0	50	14	23	0	61	1.33
115451865--115451916	26	2.0	26	96	0	95	44	7	3	44	1.51
115453818--115453890	37	2.0	37	91	0	119	17	15	27	39	1.90
115457968--115458116	75	2.0	75	97	0	280	26	15	16	42	1.87
115474484--115474560	40	1.9	40	84	5	102	25	16	23	33	1.96
115475107--115475345	118	2.0	118	100	0	478	28	8	20	42	1.81
115478638--115478799	23	7.0	22	77	9	119	35	17	20	25	1.95
115478642--115478759	45	2.6	45	80	10	123	37	17	19	25	1.94
115500438--115500491	14	4.1	13	83	11	56	20	7	9	62	1.48
115500437--115500481	12	3.5	13	85	8	65	15	11	11	62	1.55
115500340--115500614	140	2.0	140	95	0	496	32	12	12	43	1.79
115500579--115500608	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
115502029--115502076	20	2.4	20	80	10	62	33	12	33	20	1.90
115502059--115502206	20	7.4	20	66	11	79	37	19	29	13	1.90
115502069--115502259	40	4.8	40	86	2	258	38	18	27	15	1.91
115502174--115502236	20	3.2	20	70	17	58	44	19	22	14	1.86
115502385--115502422	19	2.0	19	100	0	76	26	10	10	52	1.68
115503484--115503530	14	3.1	14	75	24	51	46	0	0	53	1.00
115514192--115514217	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
115517159--115517199	12	3.1	14	80	16	52	73	0	9	17	1.09
115522609--115522634	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
115523482--115523609	61	2.1	61	83	2	159	21	21	32	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115528410--115528495	26	3.2	26	66	18	75	40	8	24	26	1.83
115528397--115528511	56	2.1	56	100	0	230	42	6	24	26	1.79
115531965--115532128	42	3.9	42	79	1	193	28	23	17	31	1.97
115542578--115542667	38	2.4	38	100	0	180	24	12	28	34	1.91
115543264--115543409	40	3.7	40	80	7	163	24	20	26	28	1.99
115543264--115543432	80	2.1	80	79	7	175	26	20	26	27	1.99
115546820--115546948	47	2.7	47	84	5	170	21	13	28	35	1.92
115548912--115548992	41	2.0	41	87	0	117	33	25	14	25	1.95
115553136--115553178	21	2.0	21	95	0	77	27	13	16	41	1.86
115558968--115559011	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
115560801--115560830	10	3.0	10	100	0	60	80	0	0	20	0.72
115568037--115568228	41	4.6	42	82	2	190	29	15	26	28	1.96
115569489--115569522	12	2.8	12	100	0	68	32	35	32	0	1.58
115580232--115580271	21	1.9	21	85	10	55	27	30	20	22	1.98
115591445--115591513	27	2.6	27	88	4	104	28	26	14	30	1.95
115595836--115595875	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
115596516--115596547	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
115597328--115597367	21	2.0	20	85	5	53	70	0	27	2	1.01
115599893--115600023	40	3.3	40	79	2	147	25	22	27	25	2.00
115601645--115601698	3	18.0	3	88	7	74	29	0	3	66	1.09
115603100--115603194	27	3.4	27	78	12	86	18	4	34	42	1.70
115611232--115611378	71	2.0	72	94	2	260	19	21	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115612936--115613036	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
115620891--115620991	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
115626633--115626663	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
115626880--115627004	29	4.3	29	83	1	162	28	14	29	28	1.95
115628693--115628916	40	5.6	40	84	6	292	26	26	22	24	2.00
115628693--115628916	83	2.8	80	86	4	299	26	26	22	24	2.00
115630232--115630277	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
115632003--115632042	21	1.9	21	85	10	55	47	15	17	20	1.83
115632005--115632134	65	2.0	64	96	1	242	43	17	15	23	1.87
115632137--115632193	26	2.2	26	80	3	60	28	19	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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