genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  220  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61784743--61784893	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
61785719--61785764	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61792719--61792885	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61792719--61792885	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61793710--61793755	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61794945--61794991	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
61796409--61796520	27	4.1	27	79	7	120	16	23	22	38	1.93
61796409--61796520	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	38	1.93
61804714--61804877	71	2.3	71	98	0	319	18	27	18	35	1.94
61804714--61804911	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	33	1.95
61816657--61816758	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
61822139--61822315	40	4.5	40	89	4	236	23	23	28	24	1.99
61824456--61824519	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
61824711--61824828	24	5.0	24	87	7	161	27	22	21	28	1.99
61824711--61824828	46	2.5	48	86	8	161	27	22	21	28	1.99
61824879--61824938	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
61824879--61824933	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
61827356--61827433	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
61827536--61827658	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
61830761--61830859	41	2.4	41	80	11	114	24	24	25	26	2.00
61831343--61831650	29	10.7	29	96	0	555	24	33	16	25	1.96
61833639--61833716	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61833819--61833941	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
61843180--61843309	40	3.2	40	84	4	152	32	20	19	27	1.97
61843180--61843311	44	3.1	44	80	8	164	32	20	18	28	1.96
61854920--61855106	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
61854920--61855073	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
61854924--61855106	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
61854924--61855141	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
61862655--61862841	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
61862655--61862808	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
61862659--61862841	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
61862659--61862876	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
61875259--61875302	21	2.2	20	83	4	52	9	27	34	29	1.87
61879117--61879200	27	3.1	27	87	0	123	42	15	13	28	1.84
61891619--61891690	27	2.6	27	84	6	92	41	16	20	20	1.90
61892949--61893011	31	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
61893202--61893344	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
61893202--61893343	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
61893201--61893344	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
61893393--61893453	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
61893393--61893448	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
61893496--61893543	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61901050--61901113	31	2.1	31	91	2	103	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61901305--61901447	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
61901305--61901446	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
61901304--61901447	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
61901496--61901556	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
61901599--61901646	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61913955--61913998	15	2.9	15	80	16	54	43	2	15	38	1.60
61915472--61915501	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
61919333--61919486	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
61919333--61919486	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
61919333--61919436	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
61927196--61927349	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
61927196--61927349	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
61927196--61927299	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
61929210--61929347	61	2.3	61	82	2	161	35	15	23	26	1.94
61935371--61935435	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
61943288--61943345	29	2.0	29	100	0	116	31	13	27	27	1.94
61943290--61943361	29	2.5	29	90	0	108	29	16	29	25	1.97
61952380--61952443	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
61952635--61952753	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
61952635--61952753	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
61952804--61952863	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
61952804--61952858	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61952906--61952953	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
61964764--61964855	25	3.7	25	74	11	80	30	26	13	30	1.93
61967628--61967678	25	2.0	25	100	0	102	39	19	15	25	1.91
61969778--61969963	40	4.6	40	77	9	171	24	16	27	32	1.96
61969778--61969919	40	3.5	39	84	4	176	21	17	29	31	1.96
61975610--61975697	6	14.3	6	73	17	74	48	15	17	18	1.81
61975630--61975697	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
61975619--61975694	25	3.7	19	70	23	57	48	15	18	17	1.81
61976470--61976780	27	11.6	27	87	0	399	27	20	18	34	1.96
61976471--61977025	54	10.1	54	83	8	663	26	21	18	34	1.96
61976471--61977025	81	6.7	81	83	7	663	26	21	18	34	1.96
61976743--61976818	37	2.1	37	89	0	116	25	23	13	38	1.91
61976780--61977018	27	8.9	27	91	0	379	24	21	19	34	1.96
61977090--61977387	80	3.6	81	82	9	289	33	8	18	40	1.80
61977070--61977327	27	9.6	27	83	3	265	32	7	18	40	1.79
61977292--61977366	38	1.9	39	86	2	107	38	8	12	41	1.72
61977330--61977387	27	2.1	27	87	0	80	32	10	15	41	1.81
61977330--61977394	27	2.4	27	81	0	67	33	10	16	38	1.84
61980227--61980302	38	2.0	38	100	0	152	50	34	2	13	1.55
61982434--61982689	40	6.5	40	91	4	369	25	27	22	25	2.00
61982467--61982693	40	5.7	40	92	3	379	25	27	22	24	2.00
61982467--61982693	79	2.9	79	93	2	377	25	27	22	24	2.00
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61982467--61982693	119	1.9	119	91	3	377	25	27	22	24	2.00
61985114--61985369	40	6.5	40	91	2	378	25	28	23	22	1.99
61988887--61989062	46	3.8	46	81	10	223	19	21	30	28	1.98
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61997307--61997483	79	2.2	80	87	5	245	24	27	23	24	2.00
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62020993--62021050	26	2.4	23	76	20	64	46	3	0	50	1.18
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62038665--62038716	25	2.1	25	100	0	104	34	15	11	38	1.83
62040117--62040146	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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62045697--62045726	10	2.9	10	95	5	51	10	30	20	40	1.85
62049815--62049985	46	3.7	45	77	9	173	28	19	29	22	1.98
62049815--62050080	47	5.7	45	74	16	161	28	18	28	23	1.98
62049863--62050080	47	4.7	47	77	11	200	27	18	29	23	1.98
62049815--62050072	140	1.8	140	86	3	376	29	18	28	23	1.98
62055134--62055341	53	3.9	54	79	5	190	23	23	17	35	1.95
62055145--62055333	55	3.5	54	79	7	188	22	22	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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