genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  125  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32480205--32480235	15	2.1	15	100	0	62	38	16	6	38	1.74
32483605--32483707	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
32485013--32485049	19	2.1	18	85	14	51	8	16	0	75	1.02
32485910--32485944	18	2.0	17	94	5	61	17	2	5	74	1.14
32488741--32488788	6	7.8	6	83	4	60	79	2	2	16	0.93
32494429--32494485	2	28.5	2	96	0	105	50	49	0	0	1.00
32494485--32494900	4	105.5	4	83	2	457	0	58	0	41	1.00
32494485--32494900	26	15.7	28	83	10	404	0	58	0	41	1.00
32497602--32497804	68	3.0	69	84	3	252	29	10	21	38	1.87
32503291--32503339	16	2.9	17	77	19	57	18	8	46	26	1.76
32509761--32509973	108	2.0	108	91	0	345	44	16	10	28	1.81
32514264--32514311	21	2.3	20	83	13	62	47	2	8	41	1.45
32515907--32515940	6	5.7	6	92	0	59	14	29	0	55	1.40
32522557--32522587	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
32525945--32526074	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
32525945--32526108	40	4.1	40	77	4	136	21	27	25	25	2.00
32530052--32530090	21	1.9	21	89	5	62	25	17	17	38	1.92
32535571--32535605	8	4.4	8	96	0	61	0	34	2	62	1.10
32538518--32538630	39	2.8	39	77	10	122	25	23	29	22	1.99
32538483--32538671	40	4.8	40	77	6	152	24	24	28	23	2.00
32551944--32552085	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
32551982--32552111	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32555025--32555278	53	4.8	53	82	8	261	36	17	24	21	1.95
32563437--32563542	52	2.0	52	98	0	203	30	19	14	35	1.91
32563827--32563868	21	2.0	21	95	0	75	54	0	21	23	1.44
32564551--32564638	43	2.0	43	100	0	176	35	0	6	57	1.25
32572729--32572755	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
32583455--32583497	3	14.3	3	95	0	77	32	0	2	65	1.06
32588150--32588718	286	2.0	287	89	1	874	38	13	11	36	1.81
32593387--32593465	39	2.0	39	100	0	158	36	12	12	37	1.82
32596735--32596852	27	4.4	27	83	0	137	30	14	29	25	1.95
32596747--32596793	14	3.4	14	72	16	53	34	8	31	25	1.86
32596820--32596893	27	2.7	27	76	0	67	31	21	29	17	1.96
32617880--32617921	17	2.5	17	88	0	57	64	0	35	0	0.94
32618545--32618573	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
32622929--32622980	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
32631352--32631477	63	2.0	63	96	0	234	45	5	14	34	1.68
32633824--32633898	22	3.2	22	78	14	69	26	0	2	70	1.00
32633824--32633898	26	3.2	24	81	10	75	26	0	2	70	1.00
32636804--32636846	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
32637049--32637094	18	2.6	18	96	0	83	34	26	13	26	1.92
32639606--32639635	11	2.6	12	94	5	53	36	0	20	43	1.52
32650555--32650762	103	2.0	103	100	0	416	32	16	16	35	1.91
32652014--32652044	12	2.6	12	94	0	53	48	9	19	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32656985--32657030	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
32661380--32661503	64	1.9	64	91	0	203	31	17	13	37	1.89
32661670--32662259	43	13.6	42	71	12	272	36	20	21	22	1.95
32661577--32662307	87	8.4	87	75	9	576	35	20	22	22	1.96
32667666--32667724	28	2.1	28	100	0	118	27	3	16	52	1.60
32694246--32694414	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
32697758--32697795	20	1.9	20	94	0	67	21	0	5	73	1.02
32699912--32699979	21	3.2	21	72	0	64	48	19	17	14	1.81
32699960--32700027	21	3.2	21	70	4	66	50	17	16	16	1.79
32700013--32700051	20	1.9	20	84	5	51	35	17	20	25	1.95
32713463--32713501	21	1.9	19	85	10	51	25	2	5	66	1.25
32713776--32713806	7	4.3	7	95	4	53	54	0	0	45	0.99
32716229--32716283	4	13.8	4	88	0	83	21	25	1	50	1.58
32725675--32725966	45	6.6	45	91	3	423	25	29	21	23	1.99
32736307--32736333	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
32740404--32740545	43	3.3	44	86	5	193	32	25	13	28	1.93
32745053--32745145	46	2.0	46	95	0	168	43	16	11	29	1.83
32747183--32747207	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
32753210--32754068	443	1.9	441	90	1	1362	35	16	18	28	1.93
32755976--32756015	21	1.9	21	89	0	62	12	5	40	42	1.64
32758206--32758233	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
32758583--32758875	43	6.8	43	90	2	464	24	19	32	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32758583--32758875	130	2.3	129	90	2	464	24	19	32	24	1.98
32758949--32759015	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
32759275--32759320	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
32763527--32763594	24	2.8	24	89	8	111	44	7	20	27	1.78
32768291--32768319	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
32768360--32768412	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
32768577--32768609	12	2.8	12	95	0	57	45	9	0	45	1.35
32769100--32769212	40	2.8	40	84	9	133	30	19	23	26	1.98
32769593--32769621	12	2.4	12	100	0	58	48	31	13	6	1.69
32770683--32770734	3	17.3	3	91	0	86	61	0	3	34	1.14
32770733--32770776	3	14.7	3	90	0	70	34	4	0	61	1.16
32776735--32776783	25	2.0	25	87	0	71	51	20	12	16	1.76
32785191--32785221	13	2.4	13	100	0	62	93	0	6	0	0.35
32785234--32785273	20	2.0	20	90	0	62	52	10	5	32	1.56
32788691--32788715	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
32793118--32793190	36	2.0	36	97	0	137	34	20	16	28	1.94
32795883--32796192	46	6.6	48	78	11	234	26	20	29	24	1.99
32795928--32796239	138	2.2	138	81	9	328	27	19	29	24	1.98
32800544--32800630	46	1.9	44	81	9	104	25	28	18	27	1.98
32806422--32806782	46	7.7	48	78	11	313	26	18	29	24	1.98
32806463--32806783	96	3.4	98	78	12	332	26	18	30	24	1.98
32812186--32812276	46	2.0	46	93	0	155	28	30	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32812293--32812414	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	34	1.93
32812247--32812489	47	5.2	47	90	1	362	25	27	12	34	1.92
32812338--32812462	22	5.4	22	66	26	80	24	28	13	34	1.93
32816343--32816453	57	1.9	57	85	0	150	29	26	18	25	1.98
32816461--32816772	40	7.8	40	92	1	484	26	29	22	22	1.99
32825315--32825517	54	3.7	55	80	7	209	23	24	16	35	1.94
32825494--32825612	47	2.5	47	90	0	184	26	23	10	38	1.88
32825750--32825834	44	1.9	44	83	4	109	24	23	12	38	1.90
32828409--32828469	21	2.9	22	83	7	74	67	4	0	27	1.11
32831438--32831580	43	3.3	42	81	11	148	31	23	20	24	1.98
32831427--32831577	42	3.5	42	80	11	164	29	25	21	24	1.99
32838413--32838488	33	2.3	33	100	0	152	36	21	2	39	1.67
32839184--32839286	43	2.4	44	78	4	102	33	23	19	24	1.97
32839184--32839298	44	2.6	42	76	9	106	31	22	20	26	1.98
32852568--32852596	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
32852956--32852981	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
32854224--32854307	43	2.0	43	84	9	111	29	28	15	26	1.96
32855358--32855390	15	2.2	15	89	10	50	60	12	0	27	1.32
32856483--32856560	41	1.9	40	84	2	102	51	14	5	29	1.63
32857214--32857249	18	1.9	19	94	5	65	22	36	19	22	1.95
32859894--32859926	14	2.4	14	90	5	50	48	0	3	48	1.17
32861164--32861422	63	4.0	63	80	5	259	24	4	16	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32861295--32861343	9	5.3	9	80	9	55	28	2	14	55	1.51
32861294--32861415	38	3.3	35	73	15	97	27	3	13	54	1.55
32861275--32861417	71	1.9	72	80	8	162	26	4	15	53	1.60
32861317--32861417	38	2.9	34	78	10	105	26	3	14	54	1.58
32862429--32862485	21	2.6	21	80	5	60	21	26	33	19	1.97
32868660--32868712	27	2.0	27	92	0	88	24	7	41	26	1.81
32869848--32869893	23	2.0	23	100	0	92	21	17	17	43	1.88
32872060--32872112	21	2.5	21	87	0	70	18	26	35	18	1.95
32872075--32872116	21	2.0	21	95	0	75	14	21	42	21	1.88
32878332--32878373	21	2.0	21	95	0	75	64	11	0	23	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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