genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  295  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85327542--85327946	133	3.0	133	83	0	497	30	20	21	27	1.98
85331823--85331852	8	3.6	8	91	8	51	90	0	0	10	0.47
85331823--85331853	9	3.6	9	95	4	55	90	0	0	9	0.46
85339247--85339321	24	3.0	23	71	21	62	58	13	0	28	1.35
85339238--85339339	50	2.0	50	84	3	134	55	12	2	28	1.51
85339317--85339361	21	2.1	21	100	0	90	48	13	8	28	1.72
85341363--85341467	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
85343063--85343170	26	4.2	26	93	0	189	36	25	6	32	1.81
85343552--85343604	25	2.1	25	93	6	90	33	13	9	43	1.76
85345287--85345317	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
85345478--85345537	26	2.3	26	85	8	86	43	8	18	30	1.79
85346412--85346442	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
85348364--85348420	26	2.2	24	80	17	62	52	17	8	21	1.71
85358476--85358510	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
85359371--85359415	22	2.1	22	91	4	74	53	0	8	37	1.32
85361146--85361319	35	5.0	35	87	2	226	30	14	21	33	1.94
85363938--85364128	56	3.4	56	91	0	301	27	14	25	32	1.94
85363938--85364157	56	3.9	54	81	8	210	27	14	25	32	1.95
85363938--85364157	112	2.0	112	86	1	307	27	14	25	32	1.95
85367415--85367482	22	3.0	22	81	10	84	41	19	23	16	1.90
85368655--85368701	2	26.5	2	76	23	52	53	0	0	46	1.00
85368655--85368701	9	5.3	10	78	21	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85368658--85368700	5	8.0	5	82	12	50	55	0	0	44	0.99
85379569--85379770	39	5.2	39	92	0	323	23	31	21	23	1.98
85384574--85385002	47	9.1	47	90	0	669	32	11	29	26	1.92
85384601--85384676	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
85384573--85385002	141	3.0	141	97	0	788	32	11	29	26	1.92
85384742--85384817	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
85385210--85385388	37	4.8	37	93	0	286	24	17	33	24	1.96
85391982--85392039	30	1.9	30	82	6	73	22	29	29	18	1.98
85393932--85393982	24	2.0	26	85	11	70	13	11	17	56	1.66
85396549--85396609	20	3.0	21	78	9	81	37	9	11	40	1.75
85396648--85396691	20	2.2	20	95	0	79	45	4	11	38	1.61
85396719--85396767	20	2.4	21	80	10	66	42	12	14	30	1.82
85396848--85396906	20	2.9	21	77	5	59	42	3	3	50	1.35
85398442--85398606	88	1.9	88	87	5	244	33	10	30	25	1.89
85401598--85401636	2	19.5	2	89	0	60	51	43	2	2	1.29
85404152--85404184	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
85411693--85411747	23	2.4	23	96	0	101	43	14	5	36	1.69
85416948--85417119	46	3.7	46	78	12	181	29	20	28	21	1.98
85416942--85417242	92	3.2	90	78	11	272	27	19	28	23	1.99
85422162--85422219	23	2.5	23	82	0	71	22	13	10	53	1.70
85424922--85424960	19	2.0	20	85	5	53	23	5	12	58	1.54
85429802--85429878	26	2.9	26	74	11	75	41	12	14	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85438216--85438406	47	4.1	47	90	0	292	33	9	29	27	1.89
85438380--85438516	46	3.0	46	87	0	193	34	8	30	26	1.87
85444596--85444623	9	3.1	9	100	0	56	21	35	10	32	1.88
85455424--85455546	33	3.8	33	80	7	126	30	24	13	31	1.93
85459190--85459247	13	4.4	13	82	8	55	32	22	1	43	1.64
85461514--85461577	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
85461770--85461913	24	6.0	24	83	8	179	25	21	22	29	1.99
85461792--85461911	23	5.1	23	87	3	177	26	20	23	29	1.99
85461770--85461913	47	3.0	47	87	4	209	25	21	22	29	1.99
85461962--85462022	20	3.0	20	90	0	104	36	18	11	34	1.86
85463270--85463337	27	2.5	27	90	4	102	22	25	19	33	1.97
85463366--85463629	27	9.8	27	79	5	257	32	9	19	39	1.84
85463451--85463952	27	18.8	27	84	4	266	34	8	21	34	1.85
85463807--85463973	27	6.3	27	80	6	146	30	9	20	38	1.85
85463808--85463973	53	3.1	54	81	8	198	30	9	20	39	1.85
85466750--85466812	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
85467004--85467146	24	6.0	24	84	7	186	25	21	22	30	1.99
85467004--85467146	46	3.0	47	87	6	209	25	21	22	30	1.99
85467195--85467255	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
85467195--85467250	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
85467298--85467345	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
85468492--85468556	27	2.4	27	89	5	96	21	24	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85468673--85469152	27	17.8	27	84	3	286	34	8	21	35	1.85
85468645--85468866	54	4.1	54	87	3	277	31	9	21	38	1.84
85469007--85469173	53	3.1	54	81	7	198	30	9	20	38	1.85
85473076--85473169	6	15.3	6	75	16	86	47	14	18	19	1.82
85473085--85473169	25	3.4	25	83	4	111	48	14	18	18	1.81
85473571--85473848	27	10.3	28	81	6	290	25	19	18	36	1.95
85473575--85473839	81	3.3	80	87	3	363	24	20	18	35	1.95
85473828--85474226	27	14.8	26	80	5	332	31	9	20	38	1.84
85473940--85474226	27	10.6	27	88	0	403	30	8	20	40	1.83
85476172--85476275	31	3.4	31	89	0	127	50	13	17	19	1.78
85476196--85476275	6	13.0	6	73	15	56	51	16	15	17	1.77
85476675--85476951	27	10.3	27	87	0	347	23	20	19	36	1.95
85476996--85477330	27	12.4	27	86	0	386	30	8	20	40	1.82
85478732--85478776	23	2.0	23	81	0	54	28	20	24	26	1.99
85482820--85483115	151	2.0	150	98	0	574	38	27	9	25	1.86
85489048--85489279	40	5.8	40	83	4	272	22	25	28	23	2.00
85491592--85492019	49	8.7	49	94	2	671	30	10	30	28	1.90
85491592--85492019	149	2.9	148	92	2	702	30	10	30	28	1.90
85492134--85492204	37	1.9	37	97	0	133	26	12	33	26	1.92
85494064--85494364	40	7.6	40	85	5	281	23	20	29	26	1.99
85494607--85494797	29	6.6	29	95	0	319	27	16	31	25	1.96
85498272--85498701	49	8.7	49	94	1	671	30	10	30	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85498272--85498701	198	2.2	198	91	1	697	30	10	30	29	1.90
85498814--85498884	37	1.9	37	97	0	133	25	18	30	25	1.98
85510687--85510711	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
85512298--85512389	48	1.9	48	84	0	121	25	17	29	28	1.97
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85516560--85516739	33	5.5	33	79	7	188	31	11	22	35	1.89
85516623--85516758	65	2.1	65	80	2	148	33	13	22	31	1.92
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85519989--85520078	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
85519989--85520103	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
85521157--85521190	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
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85527853--85527942	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
85527863--85527953	27	3.2	28	82	4	94	23	26	18	31	1.97
85527853--85527967	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
85531080--85531127	26	2.0	23	84	15	62	41	14	4	39	1.65
85531219--85531253	17	2.1	17	100	0	70	42	11	0	45	1.40
85531329--85531383	23	2.5	22	76	5	58	52	1	1	43	1.22
85531321--85531389	31	2.3	30	82	5	84	52	1	1	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85531513--85531552	18	2.2	18	100	0	80	32	10	20	37	1.85
85531606--85531788	25	7.4	25	79	10	216	33	18	26	20	1.96
85531604--85531790	50	3.8	49	91	4	281	33	18	26	21	1.96
85531564--85531788	75	3.1	72	77	11	246	34	18	26	20	1.95
85536993--85537219	25	9.4	25	78	11	251	34	19	26	19	1.96
85536952--85537219	47	5.7	47	83	8	332	35	19	26	19	1.95
85536952--85537222	95	2.9	95	94	3	460	34	19	26	19	1.96
85540044--85540118	20	3.8	21	73	19	72	12	28	22	37	1.90
85540026--85540108	39	2.1	39	93	0	139	10	26	24	38	1.88
85540038--85540125	39	2.3	39	87	0	122	10	28	23	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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