genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  157  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42882961--42883181	77	2.8	79	86	7	306	24	27	22	25	2.00
42882959--42883181	117	1.9	119	84	7	303	25	27	22	25	2.00
42882940--42883181	40	6.1	40	86	6	291	24	27	22	25	2.00
42891142--42891362	77	2.8	79	86	7	306	24	27	22	25	2.00
42891121--42891362	40	6.1	40	86	6	291	24	27	22	25	2.00
42893390--42893464	37	2.0	37	94	0	132	33	18	20	28	1.96
42896432--42896485	27	2.0	27	92	0	90	27	24	11	37	1.89
42901354--42901488	40	3.4	38	82	7	162	24	25	22	28	1.99
42901387--42901495	40	2.7	40	88	0	173	25	24	22	27	2.00
42904277--42904429	42	3.6	42	81	0	171	27	23	16	32	1.96
42904271--42904449	84	2.1	84	79	2	198	29	24	16	29	1.97
42907266--42907332	33	2.0	33	100	0	134	35	23	2	37	1.71
42907277--42907333	18	3.3	18	66	14	57	35	26	1	36	1.67
42908112--42908149	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
42909987--42910023	18	2.1	18	94	0	65	37	21	13	27	1.91
42917100--42917186	39	2.2	39	89	4	131	28	25	21	24	1.99
42920729--42920829	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
42923262--42923493	49	4.7	50	81	3	254	26	18	25	30	1.98
42923262--42923492	100	2.3	97	82	3	264	25	18	25	30	1.98
42927997--42928109	38	2.9	38	84	2	127	23	23	26	25	2.00
42928025--42928120	38	2.5	38	82	1	111	23	19	27	29	1.99
42928113--42928396	43	6.6	43	94	0	505	10	25	33	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42932623--42932790	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
42940649--42940816	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
42943934--42944117	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
42943974--42944162	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
42952029--42952212	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
42952069--42952257	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
42954270--42954322	28	1.9	28	88	3	81	24	22	20	32	1.98
42958323--42958375	28	1.9	28	88	3	81	24	24	20	30	1.99
42958476--42958519	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
42971456--42971522	33	2.0	33	97	0	125	28	5	28	37	1.80
42973739--42973860	42	2.9	42	82	0	145	30	25	13	31	1.93
42975818--42975879	11	5.6	11	77	21	67	37	46	1	14	1.54
42975806--42975878	22	3.3	23	86	9	91	36	49	1	12	1.49
42975806--42975888	22	3.8	22	84	7	89	37	50	1	10	1.45
42978624--42978663	13	3.1	13	92	0	71	27	7	25	40	1.82
42988401--42989174	47	16.3	47	96	1	1395	29	27	8	33	1.86
42988476--42988551	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
42988401--42989174	96	8.1	94	96	2	1395	29	27	8	33	1.86
42988717--42988793	22	3.4	22	65	10	64	28	27	10	33	1.90
42988955--42989077	22	5.3	22	62	11	66	29	27	9	33	1.89
42991865--42992083	107	2.0	107	82	1	260	26	27	23	22	2.00
42996092--42996133	22	1.9	22	85	0	57	61	11	9	16	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43001082--43001145	30	2.2	29	91	2	101	28	17	20	34	1.95
43009069--43009180	27	4.1	27	75	12	104	36	20	24	18	1.95
43010567--43010636	23	3.0	24	91	4	115	25	38	1	34	1.65
43017357--43017468	27	4.2	26	79	7	116	38	21	22	17	1.93
43017348--43017468	54	2.2	54	79	2	145	36	21	23	18	1.95
43018884--43018954	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
43020978--43021036	20	3.0	20	73	7	59	13	27	20	38	1.90
43024223--43024447	40	5.6	40	84	6	294	23	21	28	27	1.99
43024223--43024447	83	2.8	80	87	5	303	23	21	28	27	1.99
43032146--43032330	79	2.3	82	85	7	247	26	25	22	25	2.00
43032127--43032330	40	5.1	40	80	8	229	25	25	22	25	2.00
43033040--43033075	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
43040237--43040284	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
43040321--43040387	20	3.3	20	87	0	98	32	13	22	31	1.92
43040436--43040518	24	3.5	24	96	0	148	30	25	21	22	1.99
43040436--43040555	48	2.5	48	83	5	136	30	24	21	24	1.99
43040744--43040807	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
43042003--43042066	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
43042296--43042426	24	5.5	24	97	0	226	23	20	25	30	1.99
43042475--43042539	20	3.2	20	91	0	103	30	23	13	32	1.93
43050103--43050165	31	2.0	31	90	0	99	25	20	15	38	1.92
43050358--43050547	24	8.0	24	92	3	271	25	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43050598--43050662	20	3.2	20	91	0	103	30	23	13	32	1.93
43050699--43050746	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
43054963--43055026	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
43055219--43055385	24	7.0	24	91	3	232	25	21	23	28	1.99
43055436--43055500	20	3.2	20	91	0	103	30	23	13	32	1.93
43059779--43059837	31	1.9	30	83	10	75	28	20	3	47	1.66
43060500--43060539	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
43063081--43063111	14	2.2	14	94	0	53	19	16	12	51	1.76
43068178--43068236	31	1.9	30	83	10	75	28	20	3	47	1.66
43071479--43071509	14	2.2	14	94	0	53	19	16	12	51	1.76
43076586--43076644	31	1.9	30	83	10	75	28	20	3	47	1.66
43079897--43079927	14	2.2	14	94	0	53	19	16	12	51	1.76
43084301--43084411	20	5.6	20	68	4	71	38	18	27	14	1.90
43084302--43084409	40	2.7	39	84	7	137	37	18	28	14	1.91
43087241--43087289	25	2.0	25	100	0	98	22	12	16	48	1.79
43092513--43092581	36	1.9	36	90	0	111	36	11	18	33	1.87
43099409--43099475	33	2.1	33	83	10	86	20	29	29	19	1.97
43103216--43103258	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
43106243--43106275	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
43106888--43107140	39	6.5	39	90	1	373	28	18	24	27	1.98
43114698--43114949	39	6.5	39	89	3	359	28	18	24	28	1.98
43114698--43114949	77	3.3	77	88	3	373	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43114698--43114949	116	2.2	116	89	2	382	28	18	24	28	1.98
43122055--43122307	68	3.9	64	78	10	235	30	16	28	24	1.96
43126036--43126084	24	1.9	26	84	12	66	48	10	6	34	1.62
43127683--43127733	26	2.0	26	96	0	93	27	21	15	35	1.94
43130658--43130758	28	3.5	28	85	6	105	29	13	26	29	1.94
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43135714--43135796	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
43136955--43137008	21	2.8	20	81	10	58	5	14	1	77	1.03
43143574--43143705	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
43143623--43143705	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
43149537--43149608	29	2.5	29	86	6	103	29	15	26	29	1.96
43163782--43163817	15	2.4	15	95	0	63	13	19	25	41	1.88
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43191478--43191531	23	2.4	23	75	9	58	35	14	20	29	1.93
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43204668--43204737	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
43208509--43208609	28	3.6	29	85	4	125	23	14	30	30	1.95
43209483--43209524	18	2.3	18	87	0	57	30	2	4	61	1.29
43210876--43210982	43	2.5	43	80	3	117	33	24	16	25	1.96
43214015--43214162	51	2.9	51	90	2	226	29	23	12	33	1.92
43225105--43225151	15	3.1	15	87	0	67	14	0	34	51	1.43
43225104--43225154	7	7.0	7	78	8	57	15	0	37	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43227906--43228113	40	5.2	40	91	1	321	24	23	26	26	2.00
43229656--43229704	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
43230527--43230693	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
43235067--43235185	60	2.0	60	94	0	211	20	4	25	50	1.66
43238642--43238861	40	5.6	40	91	2	338	22	20	30	25	1.99
43246692--43246825	39	3.4	40	89	6	220	23	20	29	26	1.99
43246805--43246846	21	2.0	21	95	0	75	23	21	23	30	1.99
43246767--43246886	61	2.0	59	90	3	186	22	20	28	29	1.98
43246827--43246930	40	2.6	40	80	4	122	23	21	30	25	1.99
43248923--43248956	17	2.0	17	88	0	50	20	2	2	73	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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