genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17770541--17770604	32	2.0	32	96	0	119	34	21	7	35	1.83
17770443--17770996	147	4.0	130	92	4	653	29	27	9	33	1.88
17770492--17770653	81	2.0	81	95	0	288	30	25	9	34	1.87
17770573--17771018	49	9.1	49	97	0	820	29	27	9	33	1.88
17776757--17776805	23	2.1	23	84	3	62	53	16	10	20	1.72
17790293--17790336	18	2.4	18	82	17	56	52	13	6	27	1.66
17791493--17791524	15	2.1	15	94	0	55	21	0	9	68	1.17
17793191--17793244	25	2.2	25	89	0	81	25	25	18	29	1.98
17796038--17796206	89	1.9	87	86	3	239	40	3	5	50	1.42
17800180--17800215	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
17802346--17802384	13	3.0	13	88	0	60	71	2	0	25	0.98
17820096--17820383	45	6.5	44	71	11	176	28	18	24	28	1.98
17820174--17820257	44	1.9	44	82	0	105	26	21	23	28	1.99
17820484--17820578	44	2.2	44	78	3	102	30	16	24	28	1.97
17821972--17822253	27	10.4	27	80	4	138	34	20	9	35	1.86
17821972--17822212	54	4.4	54	80	2	205	34	21	9	34	1.86
17822258--17822364	27	4.0	27	87	0	151	34	20	21	23	1.97
17822247--17822360	54	2.1	53	88	6	176	36	18	21	23	1.95
17822569--17822663	25	3.8	25	87	5	138	27	25	20	27	1.99
17834481--17834517	14	2.6	14	91	0	56	67	2	13	16	1.34
17834501--17834609	56	1.9	56	94	0	191	39	17	14	28	1.89
17834573--17835302	75	9.4	78	75	11	442	32	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17850265--17850335	31	2.3	31	92	7	119	32	4	11	52	1.56
17850265--17850345	31	2.6	31	88	9	105	32	4	11	51	1.58
17858554--17858756	56	3.6	56	80	4	221	26	27	17	29	1.97
17858641--17858742	28	3.6	27	71	17	82	26	27	15	30	1.96
17858912--17859020	53	2.1	53	89	0	164	27	20	13	38	1.90
17864945--17865000	11	5.0	11	86	4	76	0	23	0	76	0.78
17864952--17864997	6	8.0	6	85	9	60	0	21	0	78	0.76
17864952--17865000	17	2.9	17	96	0	89	0	22	0	77	0.77
17865225--17865263	20	2.0	20	85	10	53	28	15	12	43	1.83
17873382--17873410	7	4.3	7	91	8	51	0	13	0	86	0.58
17873382--17873409	13	2.2	13	100	0	56	0	14	0	85	0.59
17873382--17873420	20	2.0	20	89	0	60	0	12	5	82	0.83
17875759--17875792	11	3.1	11	86	0	50	32	52	14	0	1.42
17876963--17877035	32	2.3	32	85	4	103	15	39	26	19	1.90
17885783--17885816	18	2.0	17	88	11	52	17	26	17	38	1.92
17889327--17889370	13	3.3	13	81	12	54	15	15	15	52	1.75
17891316--17891349	14	2.3	15	90	5	52	26	2	8	61	1.40
17896944--17897016	34	2.2	33	83	11	87	27	5	2	64	1.29
17910634--17910692	22	2.9	21	82	7	59	35	1	11	50	1.49
17916125--17916246	12	10.5	12	66	19	71	61	1	4	32	1.25
17916124--17916191	27	2.5	27	85	2	91	60	2	2	33	1.27
17916150--17916229	30	2.6	30	83	15	85	60	2	3	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17918070--17918544	119	4.0	119	89	1	691	32	19	16	32	1.94
17930537--17930640	9	11.2	9	70	22	56	61	0	2	34	1.17
17930538--17930660	12	10.5	12	70	20	91	63	0	3	32	1.16
17930537--17930642	27	3.6	28	82	9	108	62	0	2	33	1.16
17930533--17930642	7	15.4	7	72	19	68	62	0	2	33	1.15
17930600--17930660	31	1.9	31	86	6	86	65	0	3	31	1.09
17930763--17930806	19	2.4	17	82	14	52	72	2	0	25	0.96
17932887--17933449	127	4.4	125	82	4	628	35	20	17	26	1.95
17932976--17933449	255	1.9	253	87	4	695	35	21	17	26	1.95
17935466--17935973	45	11.4	45	69	16	299	26	22	18	32	1.97
17935434--17936161	134	5.4	134	91	1	1043	27	22	18	31	1.97
17935468--17935970	89	5.6	88	68	18	254	26	22	18	32	1.97
17935540--17936148	45	13.6	43	67	18	166	27	21	19	31	1.97
17935445--17936041	89	6.7	88	67	19	244	27	21	18	31	1.97
17947478--17948041	127	4.5	124	79	6	553	36	20	17	26	1.94
17947568--17948041	255	1.9	254	86	4	677	36	20	16	26	1.94
17951545--17951569	5	5.0	5	100	0	50	0	0	20	80	0.72
17952642--17952717	38	2.0	38	97	0	143	40	7	22	28	1.82
17954047--17954076	12	2.6	12	94	5	53	13	16	6	63	1.50
17954753--17954786	11	3.0	11	91	4	50	76	20	0	2	0.92
17956282--17956727	220	2.0	220	88	0	669	30	21	23	24	1.98
17956773--17957204	45	9.6	45	77	9	384	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17956704--17956977	135	2.0	134	88	0	404	30	21	21	26	1.98
17956773--17957293	90	5.8	89	71	11	393	30	22	22	24	1.99
17956733--17957254	180	2.9	180	89	1	796	30	22	22	24	1.99
17965821--17965880	25	2.5	22	73	10	57	41	1	0	56	1.09
17966313--17966431	60	2.0	60	98	0	229	33	0	13	52	1.40
17966414--17966609	72	2.6	78	90	9	254	31	0	15	53	1.42
17966441--17966738	72	4.3	70	84	12	388	31	0	13	54	1.39
17966453--17966566	34	3.2	34	67	13	104	35	0	12	52	1.39
17966548--17966645	26	3.5	26	67	18	72	29	0	14	56	1.39
17966573--17966674	26	3.3	32	68	19	90	28	0	15	55	1.40
17966476--17966740	131	2.0	129	91	5	428	30	0	13	55	1.39
17966548--17966677	59	2.2	59	94	2	226	29	0	14	56	1.39
17966554--17966649	31	3.2	31	66	8	90	26	0	15	58	1.38
17969065--17969221	33	4.8	32	77	7	118	17	47	8	25	1.77
17969060--17969221	66	2.4	65	82	4	180	17	47	9	25	1.78
17983686--17983761	3	26.0	3	69	15	52	64	0	35	0	0.94
17983707--17983745	8	4.9	8	96	0	69	53	0	46	0	1.00
17983693--17983746	8	7.1	8	85	10	60	59	0	40	0	0.98
17983686--17983761	16	4.6	17	70	19	54	64	0	35	0	0.94
17983794--17983859	14	4.6	14	75	14	64	68	0	31	0	0.90
17983802--17983859	19	3.4	17	76	17	50	65	0	34	0	0.93
17984862--17985002	72	2.0	72	88	0	210	20	26	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17989140--17989176	17	2.1	17	90	10	56	0	27	0	72	0.84
17989138--17989176	15	2.6	15	80	15	53	0	30	0	69	0.89
17989705--17989765	4	14.0	4	75	14	50	47	1	3	47	1.28
17989705--17989745	18	2.3	19	83	12	59	48	0	2	48	1.14
17989705--17989765	26	2.5	24	82	12	72	47	1	3	47	1.28
17989705--17989750	18	2.6	18	86	6	58	47	0	4	47	1.21
17989704--17989765	27	2.4	26	86	5	81	48	1	3	46	1.28
17990272--17991090	236	3.5	236	91	2	1317	30	9	18	40	1.83
17991643--17991767	64	2.0	64	83	0	160	38	14	12	34	1.84
17996438--17996472	17	2.1	17	100	0	70	17	34	17	31	1.93
18000929--18000980	9	5.3	9	76	17	50	53	0	1	44	1.11
18000912--18001038	31	4.0	31	80	7	139	55	2	3	39	1.29
18000939--18000985	22	2.1	22	84	11	60	51	0	4	44	1.21
18003848--18003897	13	4.0	13	69	10	50	12	14	6	68	1.39
18006739--18006791	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
18006753--18006887	60	2.2	59	82	8	148	26	25	20	27	1.99
18006880--18006935	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
18008367--18008673	153	2.0	153	100	0	614	27	33	13	26	1.94
18009221--18009277	23	2.4	25	75	24	61	50	10	1	36	1.47
18009969--18010457	3	158.7	3	67	16	132	29	6	4	58	1.45
18009969--18010097	41	3.2	41	78	7	131	31	6	1	59	1.33
18010060--18010112	26	2.1	26	82	3	63	33	9	1	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18010175--18010225	14	3.6	14	84	10	61	37	0	1	60	1.08
18010196--18010223	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
18010526--18010559	17	2.0	17	88	0	50	32	14	2	50	1.58
18013978--18014017	19	2.1	19	100	0	80	50	10	15	25	1.74
18019496--18019547	25	2.1	25	96	0	95	38	15	19	26	1.91
18022598--18022807	63	3.3	62	75	3	186	28	25	16	29	1.97
18022582--18022808	126	1.8	126	83	0	303	28	25	16	30	1.96
18024391--18024495	45	2.3	45	86	3	149	25	20	20	32	1.98
18028460--18028492	13	2.4	14	85	10	50	54	15	9	21	1.68
18032006--18032504	46	10.8	46	89	1	678	41	14	23	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
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