genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19622732--19622823	44	2.1	44	89	0	139	35	23	19	20	1.95
19623612--19623637	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
19624073--19624124	22	2.3	23	90	6	79	50	3	0	46	1.20
19624231--19624296	3	22.3	3	79	14	75	62	3	0	34	1.11
19624873--19624921	8	7.0	7	90	9	50	75	0	2	22	0.90
19624871--19624918	12	3.6	13	79	20	55	77	0	2	20	0.88
19624871--19624920	20	2.5	19	81	15	57	78	0	2	20	0.86
19629010--19629073	21	2.9	22	79	6	76	40	25	18	15	1.90
19629010--19629075	23	3.0	23	80	6	91	40	24	19	15	1.90
19629447--19629504	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
19630775--19630801	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
19630824--19630852	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
19633449--19633478	14	2.1	14	100	0	60	6	36	26	30	1.82
19634092--19634149	10	5.8	10	84	8	73	65	1	10	22	1.32
19634092--19634149	30	1.9	30	86	6	82	65	1	10	22	1.32
19637300--19637346	25	2.0	23	87	8	67	48	0	0	51	1.00
19643114--19643143	11	2.6	11	94	5	51	40	0	6	53	1.27
19643779--19643827	21	2.3	21	78	0	53	10	36	20	32	1.86
19647343--19647428	44	2.0	44	100	0	172	45	16	13	24	1.84
19655645--19655697	16	2.9	18	72	16	56	37	5	13	43	1.67
19656486--19656523	20	1.9	19	89	5	58	39	0	2	57	1.12
19658108--19658205	48	2.0	48	98	0	187	23	6	21	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19663106--19663276	90	1.9	90	81	4	211	35	14	23	26	1.94
19665928--19666000	26	2.8	26	85	4	85	32	20	10	35	1.88
19666141--19666174	6	5.7	6	92	0	59	17	26	0	55	1.42
19666141--19666175	18	1.9	18	100	0	70	17	25	0	57	1.40
19670812--19670853	21	2.0	21	95	0	75	30	4	21	42	1.73
19671478--19671512	17	2.1	17	100	0	70	28	5	25	40	1.78
19675049--19675101	20	2.5	22	79	17	67	47	5	13	33	1.66
19681050--19681165	34	3.4	34	80	3	137	40	39	6	13	1.70
19684218--19684254	6	6.2	6	100	0	74	83	0	16	0	0.64
19684983--19685007	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
19687667--19687699	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
19689405--19689617	46	4.6	46	88	1	302	42	14	24	18	1.88
19689415--19689617	92	2.2	92	93	0	343	42	14	24	18	1.88
19694271--19694309	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
19696528--19696693	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
19696528--19696698	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
19704015--19704180	74	2.3	75	83	9	204	32	11	22	33	1.90
19704015--19704178	35	4.6	35	83	10	172	31	11	23	33	1.90
19707471--19707513	15	2.9	15	89	0	59	51	0	13	34	1.42
19707634--19708036	3	134.7	3	65	20	109	61	2	7	28	1.34
19707644--19708035	17	22.6	17	67	24	86	61	2	7	28	1.35
19707636--19707732	26	3.7	26	78	13	92	58	1	6	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19707770--19707892	57	2.1	58	82	7	144	65	3	7	24	1.34
19710731--19710973	55	4.4	55	77	11	253	36	18	17	27	1.93
19710609--19710973	167	2.2	163	83	4	437	35	18	18	27	1.95
19711415--19711478	30	2.1	30	97	0	119	35	18	7	37	1.80
19711494--19711527	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19712154--19712223	29	2.3	31	83	9	83	30	11	5	52	1.60
19713897--19713941	4	10.5	4	81	13	54	24	2	0	73	0.95
19713898--19713954	22	2.5	23	78	16	73	28	1	0	70	0.98
19713897--19713952	18	3.2	17	87	7	76	26	1	0	71	0.96
19713995--19714048	21	2.6	21	85	11	67	37	1	1	59	1.19
19714106--19714138	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
19714362--19714395	16	2.1	16	88	0	50	17	2	0	79	0.86
19714603--19714660	18	3.3	17	80	7	62	74	0	3	22	0.97
19714703--19714773	22	3.1	23	80	8	83	57	0	1	40	1.07
19714803--19714844	21	2.0	21	85	4	57	76	4	0	19	0.96
19715070--19715144	32	2.3	34	73	17	79	49	2	2	45	1.30
19715122--19715241	31	3.9	31	78	18	110	59	0	1	39	1.08
19715090--19715168	21	3.8	21	69	17	56	56	1	2	39	1.21
19715201--19715248	22	2.1	23	92	3	80	60	0	2	37	1.09
19715201--19715258	23	2.6	23	86	8	66	58	1	1	37	1.18
19715253--19715301	24	2.1	24	88	7	75	53	0	0	46	1.00
19715305--19715333	13	2.1	14	93	6	51	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19717257--19717287	16	2.0	16	93	6	55	25	19	9	45	1.81
19718958--19719022	30	2.1	32	85	8	89	64	3	0	32	1.09
19723639--19723755	51	2.3	52	83	5	157	21	14	27	36	1.92
19725236--19725297	6	10.5	6	83	8	56	3	16	0	80	0.83
19725595--19725624	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19736019--19736064	15	3.1	15	76	14	51	76	4	15	4	1.11
19736029--19736055	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
19736019--19736079	29	2.0	32	84	9	83	72	6	16	4	1.24
19741736--19741786	18	2.8	18	80	11	59	33	15	15	35	1.90
19741778--19741828	24	2.1	24	82	7	59	29	21	9	39	1.85
19743645--19743690	13	3.3	13	77	16	56	52	2	17	28	1.56
19743650--19743694	13	3.0	16	75	18	60	51	4	22	22	1.66
19750885--19750960	31	2.4	31	82	6	91	60	3	0	35	1.15
19750891--19750950	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
19754857--19754893	19	2.0	20	89	10	60	59	0	2	37	1.12
19755055--19755106	24	2.1	25	86	10	72	34	1	7	55	1.39
19755312--19755355	22	2.0	22	100	0	88	45	0	13	40	1.44
19755513--19755578	21	3.0	22	80	13	73	36	1	4	57	1.28
19755478--19755581	51	2.0	52	81	5	122	37	2	4	54	1.36
19755931--19755989	14	4.4	14	81	8	52	57	1	3	37	1.25
19755923--19755989	27	2.5	28	85	4	84	55	2	2	38	1.31
19755952--19755990	13	2.9	13	85	7	51	56	2	5	35	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19761006--19761082	26	3.0	25	75	9	75	55	1	6	36	1.34
19763082--19763270	99	1.9	99	85	0	261	25	24	22	26	2.00
19775782--19775864	26	3.3	23	76	14	76	57	2	6	33	1.36
19781202--19781251	20	2.5	20	87	9	66	30	2	2	66	1.14
19783345--19783498	39	4.0	40	88	6	210	29	20	2	47	1.63
19783347--19783496	76	1.9	77	86	5	214	29	19	2	48	1.62
19784101--19784157	22	2.5	23	85	2	71	35	31	3	29	1.75
19784604--19784628	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
19784611--19785090	44	11.0	44	75	11	398	26	25	17	30	1.97
19784610--19785153	88	6.2	87	74	11	416	25	24	18	31	1.97
19784618--19785090	133	3.6	132	91	2	722	26	25	17	30	1.97
19785188--19785970	204	3.8	203	91	3	1216	29	22	18	29	1.97
19785206--19785970	407	1.9	406	90	3	1243	29	22	18	29	1.97
19793901--19793930	14	2.2	13	94	5	51	6	36	0	56	1.26
19798356--19798470	40	2.9	40	87	7	171	30	19	2	47	1.62
19798486--19798527	22	1.9	22	85	0	57	45	9	2	42	1.49
19799077--19799133	22	2.5	23	85	2	71	35	29	5	29	1.79
19801295--19801386	25	3.6	25	74	9	80	18	27	20	33	1.96
19801381--19801526	25	5.8	25	72	10	93	18	26	22	32	1.97
19803108--19803193	37	2.3	37	95	0	154	41	8	9	40	1.67
19806214--19806480	84	3.2	84	80	10	307	31	10	11	46	1.73
19806617--19806915	88	3.4	87	78	6	270	42	12	11	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19806515--19806915	85	4.7	86	77	8	302	42	11	11	33	1.78
19809423--19809467	22	2.0	22	95	0	81	37	11	11	40	1.76
19810098--19810139	19	2.2	20	86	4	59	33	14	11	40	1.82
19813758--19813811	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
19814055--19814287	49	4.7	50	82	2	281	26	19	26	27	1.99
19814057--19814287	100	2.3	98	85	2	291	25	19	26	28	1.99
19814055--19814333	150	1.9	150	87	3	409	26	19	25	27	1.99
19817718--19817874	51	3.1	51	86	2	201	36	26	9	27	1.87
19817978--19818120	33	4.3	33	77	7	121	22	45	4	27	1.71
19819015--19819078	28	2.2	29	81	10	78	60	6	1	31	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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