genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  8  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2385125--2385174	4	12.5	4	95	0	73	26	6	24	44	1.76
2386924--2387002	29	2.7	30	75	15	83	55	2	2	39	1.27
2388320--2388352	11	3.1	11	86	8	50	36	0	0	63	0.95
2396540--2397132	145	4.1	144	80	4	518	25	13	21	39	1.90
2396540--2397132	285	2.0	286	81	6	667	25	13	21	39	1.90
2398464--2398752	148	1.9	150	88	2	440	25	17	15	41	1.88
2402993--2403023	16	1.9	16	100	0	62	58	6	6	29	1.48
2406706--2406778	29	2.5	30	81	2	85	38	15	13	32	1.86
2407020--2407258	120	2.0	120	97	0	451	37	29	9	24	1.86
2422175--2422486	103	3.0	103	90	0	473	36	11	21	31	1.88
2424047--2424106	25	2.3	27	82	8	79	30	1	6	61	1.31
2428654--2428759	51	2.1	51	98	0	203	32	22	12	33	1.91
2431853--2431923	31	2.3	30	78	7	79	26	19	21	32	1.97
2431942--2432064	47	2.6	47	85	3	158	26	11	30	31	1.91
2435474--2435499	12	2.2	12	100	0	52	30	15	7	46	1.74
2436453--2436509	23	2.5	23	97	0	96	35	0	3	61	1.13
2437361--2437829	202	2.3	199	84	6	557	38	24	14	22	1.92
2439493--2439540	20	2.3	20	79	10	53	43	0	4	52	1.20
2439795--2439836	20	2.1	20	86	8	59	66	14	0	19	1.25
2440194--2440229	19	1.9	18	88	5	54	50	0	5	44	1.25
2446803--2446832	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
2448120--2448159	13	3.0	13	85	3	53	42	12	35	10	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452850--2452929	31	2.6	31	78	5	83	31	7	16	45	1.75
2458119--2458178	31	1.9	31	90	6	95	50	6	8	35	1.59
2459398--2459437	2	20.0	2	89	0	53	50	7	0	42	1.30
2459852--2459899	17	2.7	18	80	6	53	31	0	4	64	1.12
2465333--2465366	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
2468861--2468895	17	2.1	17	89	10	54	71	0	0	28	0.86
2475477--2475504	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2480460--2480487	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2480534--2480560	13	2.1	13	100	0	54	55	0	14	29	1.40
2491346--2491404	18	3.6	18	68	25	58	3	22	28	45	1.68
2491347--2491405	30	2.0	30	100	0	118	3	23	27	45	1.68
2493097--2493131	17	2.1	17	89	10	54	77	5	5	11	1.12
2495841--2496091	131	1.9	131	91	0	412	31	17	17	33	1.93
2497960--2497999	19	2.1	19	90	0	62	17	17	17	47	1.83
2500641--2500704	33	2.0	33	82	14	82	71	1	20	6	1.15
2501963--2502351	44	8.8	44	93	0	625	24	15	32	27	1.96
2502575--2502609	17	2.1	17	89	10	54	77	5	5	11	1.12
2505323--2505572	131	1.9	131	88	0	374	32	17	17	33	1.93
2505369--2505672	131	2.4	130	82	7	352	29	17	17	34	1.93
2511012--2511036	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2513500--2513592	26	3.6	26	79	1	89	34	38	11	15	1.84
2514518--2514657	70	2.0	70	100	0	280	34	7	18	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515503--2515564	20	3.4	18	75	16	56	27	3	1	67	1.15
2515505--2515567	17	3.4	18	77	12	56	28	3	1	66	1.16
2516843--2516899	30	1.9	30	88	0	87	12	28	36	22	1.90
2521549--2521716	40	4.2	40	74	3	124	22	26	24	27	2.00
2528192--2528228	14	2.6	14	100	0	74	40	29	8	21	1.82
2528410--2528466	29	2.0	29	89	0	87	29	21	10	38	1.87
2529562--2529676	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
2529562--2529676	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
2535417--2535499	40	2.1	40	84	4	105	36	19	19	25	1.95
2536482--2536549	34	2.0	34	91	0	109	45	5	22	26	1.75
2539363--2539388	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
2539363--2539404	19	2.2	19	87	8	59	2	7	2	88	0.69
2539548--2539759	118	1.8	117	93	3	372	28	31	17	22	1.97
2540624--2540688	16	4.0	15	79	18	69	80	0	3	16	0.85
2540625--2540692	20	3.0	23	79	16	88	80	0	4	14	0.85
2550398--2550423	12	2.2	12	100	0	52	23	19	23	34	1.96
2550813--2550865	27	2.0	27	81	7	63	37	30	7	24	1.83
2552013--2552047	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
2557120--2557187	31	2.2	30	82	7	75	30	4	13	51	1.60
2570283--2570314	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2570630--2570670	21	2.0	21	90	9	66	56	7	12	24	1.61
2574538--2574579	19	2.2	19	83	8	50	61	11	2	23	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588215--2588267	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
2589746--2589852	25	4.2	25	93	2	178	37	23	5	33	1.78
2589746--2589852	51	2.1	50	92	1	178	37	23	5	33	1.78
2594007--2594055	25	1.9	26	83	4	64	24	14	22	38	1.91
2595541--2595650	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
2614614--2614639	9	2.9	9	100	0	52	23	42	11	23	1.86
2614848--2614904	29	2.0	29	85	0	78	29	19	12	38	1.88
2622729--2622853	47	2.7	47	83	0	142	32	30	15	21	1.94
2628111--2628169	31	1.9	30	89	3	91	30	11	11	45	1.77
2630788--2630876	40	2.2	39	82	9	99	14	6	5	73	1.23
2630854--2630882	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
2630978--2631024	24	1.9	25	86	4	69	44	0	0	55	0.99
2631078--2631127	12	3.7	13	76	23	50	48	0	0	52	1.00
2631166--2631229	24	2.8	21	80	20	67	62	4	0	32	1.16
2631294--2631351	20	2.9	20	80	19	68	58	0	0	41	0.98
2631308--2631400	13	7.9	13	71	25	66	58	0	1	40	1.05
2631312--2631408	33	2.9	35	89	9	148	58	0	1	40	1.05
2631465--2631502	4	9.5	4	88	11	60	78	0	0	21	0.74
2631465--2631508	21	2.1	21	91	8	72	77	0	2	20	0.88
2632265--2632317	21	2.4	21	84	6	61	35	3	7	52	1.48
2632284--2632323	21	1.9	21	100	0	80	27	2	5	65	1.27
2637559--2637595	17	2.1	18	85	14	51	13	32	5	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641146--2641199	24	2.2	25	78	15	60	59	7	5	27	1.47
2641678--2641760	35	2.5	33	86	9	123	3	8	12	75	1.14
2642515--2642888	74	4.9	74	85	5	462	30	21	17	30	1.96
2642516--2642888	151	2.5	151	87	5	504	30	21	17	30	1.96
2642966--2643107	72	2.0	73	95	1	259	33	16	16	33	1.92
2643031--2643180	83	1.8	81	85	7	214	33	18	16	31	1.94
2643157--2643262	54	1.9	55	84	5	144	38	18	14	28	1.90
2643242--2643275	13	2.5	13	90	4	50	58	5	11	23	1.55
2643113--2643600	140	3.5	140	96	1	879	37	20	17	25	1.93
2643533--2643698	72	2.3	71	87	4	235	42	21	14	22	1.88
2649430--2649465	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
2651497--2651550	24	2.2	25	78	15	60	59	7	5	27	1.47
2652032--2652114	36	2.4	34	86	11	125	3	7	10	78	1.07
2660526--2660570	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2661922--2661969	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
2661913--2661983	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
2672241--2672288	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
2672232--2672302	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
2673692--2673735	20	2.2	20	88	8	63	56	13	6	22	1.61
2676207--2676231	11	2.3	11	100	0	50	32	8	8	52	1.60
2679496--2679606	18	6.2	18	89	0	168	28	20	16	34	1.94
2689805--2689866	19	2.9	22	79	16	85	16	0	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689805--2689867	15	4.0	15	84	15	83	17	0	0	82	0.67
2689962--2690052	42	2.1	42	84	6	112	32	35	12	19	1.89
2704382--2704422	16	2.5	16	85	14	57	63	0	2	34	1.08
2704301--2704452	75	2.0	76	80	11	170	47	2	3	46	1.32
2709173--2709289	3	39.0	3	100	0	234	0	33	0	66	0.92
2711548--2711582	16	2.2	16	100	0	70	28	14	17	40	1.88
2715211--2715251	20	2.0	20	100	0	82	39	12	24	24	1.89
2718514--2718544	16	1.9	16	93	0	53	12	9	19	58	1.62
2719919--2720009	45	2.0	45	100	0	182	41	13	6	38	1.70
2725428--2725499	30	2.4	30	83	0	90	51	6	1	40	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444