genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  249  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70898417--70898644	39	5.7	40	82	7	216	24	19	30	25	1.98
70900741--70900837	50	1.9	50	93	0	167	24	15	24	35	1.94
70901054--70901085	16	2.0	16	93	0	55	40	0	12	46	1.42
70912201--70912268	34	2.0	35	94	2	120	36	17	22	23	1.94
70919494--70919698	40	5.2	39	77	12	163	26	24	21	27	1.99
70923689--70923737	24	2.0	24	100	0	98	48	0	24	26	1.51
70923783--70923851	35	2.0	35	97	0	129	34	14	26	24	1.94
70926312--70926350	16	2.4	16	91	0	60	46	20	23	10	1.81
70926566--70926675	29	3.9	28	85	2	130	25	16	30	27	1.96
70930743--70930785	16	2.7	16	92	0	68	48	18	23	9	1.76
70930743--70930785	8	5.4	8	82	0	50	48	18	23	9	1.76
70930894--70930929	18	1.9	19	88	5	56	22	22	38	16	1.93
70931009--70931120	29	3.9	29	91	0	152	25	16	32	25	1.97
70936375--70936596	47	4.7	46	74	18	167	28	18	29	23	1.98
70936372--70936553	94	1.9	93	87	3	267	28	18	29	23	1.97
70936375--70936586	94	2.3	94	84	4	259	28	17	29	24	1.97
70937629--70937670	22	1.9	22	85	9	59	16	38	28	16	1.91
70937877--70937920	21	2.1	21	100	0	88	29	4	31	34	1.78
70942085--70942167	42	2.0	41	92	2	139	42	13	10	33	1.79
70943625--70943797	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
70943625--70943794	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
70951176--70951348	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70951176--70951345	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
70955151--70955463	46	6.6	49	75	14	257	25	21	30	22	1.99
70960998--70961043	22	2.1	22	95	0	83	50	21	0	28	1.49
70963260--70963305	23	2.0	23	95	0	83	15	4	36	43	1.66
70963290--70963361	29	2.5	28	73	4	72	15	1	31	51	1.52
70963959--70964025	11	6.5	11	78	13	72	44	1	0	53	1.09
70963959--70964025	20	3.3	20	85	8	82	44	1	0	53	1.09
70963965--70964042	30	2.6	30	91	4	122	43	3	0	52	1.19
70963959--70964036	9	7.8	10	76	15	72	44	2	0	52	1.14
70965144--70965169	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
70966077--70966133	30	2.0	30	86	6	82	47	0	22	29	1.52
70966934--70966995	31	2.0	31	96	0	115	24	9	24	41	1.84
70968464--70968564	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
70970385--70970423	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
70973159--70973247	28	3.1	28	75	13	92	30	13	28	28	1.94
70973198--70973263	29	2.3	29	91	0	105	25	16	31	25	1.96
70973208--70973276	29	2.4	29	87	0	84	27	14	31	26	1.95
70973563--70973615	27	2.0	26	82	7	63	45	22	16	15	1.85
70980960--70981092	29	4.7	28	80	7	119	27	16	33	22	1.95
70980963--70981094	57	2.3	58	80	7	137	27	16	34	21	1.95
70983712--70983741	15	1.9	16	93	6	53	73	6	6	13	1.24
70985420--70985475	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70988127--70988185	29	2.0	29	90	6	93	45	1	13	38	1.54
70991370--70991590	94	2.3	93	81	4	246	28	19	27	23	1.99
70993150--70993321	46	3.7	45	81	10	195	29	20	26	23	1.99
70993150--70993465	47	6.7	46	76	12	209	29	19	27	23	1.98
70993191--70993465	47	5.9	47	76	10	224	28	18	29	23	1.98
71004016--71004087	30	2.4	30	92	0	117	20	36	23	19	1.95
71005429--71005481	26	2.0	26	100	0	106	39	18	7	33	1.79
71006907--71007022	54	2.1	55	79	7	130	23	19	31	25	1.98
71008406--71008480	38	2.0	38	84	5	98	64	8	26	1	1.30
71015906--71016040	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
71023997--71024131	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
71027495--71027529	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
71027949--71027996	22	2.1	22	85	11	62	45	2	22	29	1.64
71029710--71029770	30	2.0	30	100	0	122	32	22	19	24	1.97
71036379--71036455	35	2.4	34	89	10	117	38	16	11	32	1.85
71037138--71037189	22	2.4	22	90	0	77	19	34	32	13	1.90
71052172--71052269	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71063468--71063614	37	3.8	37	81	7	134	23	27	23	25	2.00
71063436--71063576	40	3.7	38	82	8	135	24	29	22	24	1.99
71065285--71065373	37	2.4	37	94	0	151	23	32	21	22	1.98
71065514--71065803	48	6.0	48	94	1	492	31	27	5	35	1.81
71065794--71065821	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71069449--71069734	40	7.2	40	89	1	412	25	26	21	25	2.00
71071011--71071113	37	2.8	37	90	0	152	23	32	21	23	1.98
71071253--71071542	48	6.0	48	94	1	492	31	27	5	34	1.81
71077455--71077550	44	2.2	42	81	7	113	27	16	27	29	1.97
71077930--71077997	34	2.0	34	97	2	129	20	14	22	42	1.88
71080126--71080262	27	5.1	27	90	4	197	37	21	23	16	1.93
71081674--71081773	24	4.2	24	89	0	146	25	41	2	32	1.67
71082947--71082997	26	1.9	27	84	11	70	25	15	21	37	1.93
71085631--71085701	29	2.4	28	83	4	79	30	32	14	22	1.93
71088411--71088467	2	28.5	2	92	0	87	50	3	0	45	1.18
71097207--71097238	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
71097842--71097942	40	2.5	40	93	0	166	20	16	29	32	1.95
71097842--71097960	40	3.0	40	87	0	112	22	19	27	30	1.98
71106010--71106096	38	2.2	38	95	4	156	21	19	29	28	1.98
71114596--71114805	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
71117653--71117823	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
71117645--71117814	46	3.7	46	79	13	213	28	29	21	20	1.98
71124568--71124628	14	5.2	12	76	23	51	62	1	0	36	1.05
71124570--71124627	3	19.0	3	82	10	73	63	1	0	34	1.04
71124568--71124628	23	2.7	23	89	7	97	62	1	0	36	1.05
71125081--71125137	22	2.6	22	86	2	71	59	0	40	0	0.97
71125253--71125286	15	2.3	15	89	0	50	14	0	2	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71128714--71128861	46	3.2	47	86	2	219	19	25	12	41	1.87
71128840--71128881	20	2.1	20	95	0	75	26	28	9	35	1.88
71128794--71128927	66	2.0	66	91	0	214	23	27	11	37	1.89
71128860--71129028	46	3.7	46	97	0	311	24	25	13	36	1.92
71128747--71128973	112	2.0	113	89	0	348	22	26	12	38	1.90
71128728--71129020	158	1.8	159	90	0	471	22	25	13	38	1.91
71132709--71132832	43	2.9	42	72	11	108	27	25	17	29	1.98
71135811--71135932	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
71135911--71136094	55	3.4	54	80	6	221	37	15	23	22	1.93
71135911--71136094	54	3.4	53	81	9	187	37	15	23	22	1.93
71135947--71136297	188	1.9	187	86	4	510	37	14	23	24	1.93
71136147--71136236	29	3.2	28	65	17	71	37	16	25	20	1.93
71136133--71136414	54	5.2	54	86	5	356	35	16	24	23	1.95
71136176--71136261	25	3.3	25	64	17	66	34	15	25	24	1.94
71136133--71136414	108	2.6	108	88	3	399	35	16	24	23	1.95
71140226--71140507	50	5.6	50	76	7	248	31	25	17	26	1.97
71140267--71140456	101	1.9	101	86	2	274	28	23	20	27	1.98
71143903--71144078	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71143900--71144070	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71145497--71145569	24	3.0	24	81	4	83	24	24	17	32	1.97
71145522--71145614	23	4.0	23	74	13	75	25	23	17	33	1.96
71145497--71145615	45	2.5	46	80	9	125	27	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71147063--71147194	29	4.6	29	86	0	156	29	15	31	23	1.96
71152159--71152218	30	2.0	30	100	0	120	40	10	23	26	1.86
71152892--71152937	20	2.3	20	92	0	74	34	17	26	21	1.95
71152892--71152938	10	4.7	10	83	0	58	34	17	27	21	1.95
71155933--71156028	35	2.7	35	80	6	122	43	27	7	21	1.79
71167450--71167621	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
71167443--71167618	46	3.8	47	80	12	220	28	29	21	20	1.98
71170001--71170089	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71170001--71170080	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71170012--71170089	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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