genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  291  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84106772--84106819	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
84108057--84108403	27	12.9	27	88	3	385	40	7	21	29	1.81
84108057--84108403	81	4.3	81	84	4	430	40	7	21	29	1.81
84108410--84108474	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
84108095--84108457	81	4.5	81	82	5	286	39	8	22	29	1.84
84108453--84108584	27	4.9	27	93	0	210	31	7	20	40	1.80
84108399--84108584	81	2.3	82	84	3	225	30	8	21	39	1.83
84112412--84112558	43	3.4	42	83	3	186	31	25	15	27	1.96
84122722--84122746	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
84128673--84128712	13	3.1	13	85	0	53	20	42	22	15	1.88
84128751--84128878	55	2.3	55	84	5	152	14	26	28	31	1.95
84128792--84128900	55	2.0	54	82	3	130	16	30	27	25	1.97
84132896--84132962	22	3.0	23	80	8	77	17	22	16	43	1.88
84134143--84134969	75	11.1	74	80	3	751	23	22	16	37	1.94
84134165--84134969	150	5.4	150	83	2	893	22	22	17	37	1.94
84135945--84135984	14	2.9	14	88	3	55	52	0	0	47	1.00
84135940--84136000	18	3.8	15	72	21	52	49	0	1	49	1.10
84135958--84136006	18	2.7	18	72	12	55	48	0	0	51	1.00
84136185--84136265	12	5.6	14	71	23	53	51	1	0	46	1.08
84136408--84136474	26	2.4	27	74	13	66	47	1	2	47	1.26
84142599--84142857	129	2.0	129	89	0	394	30	12	11	44	1.78
84147472--84147525	27	2.0	27	100	0	108	25	7	25	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84148488--84148673	101	1.8	101	86	2	266	30	18	17	33	1.94
84153688--84153725	20	1.9	20	94	0	67	31	13	7	47	1.71
84154026--84154052	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
84158746--84158777	6	5.3	6	100	0	64	81	0	0	18	0.70
84159926--84159977	22	2.4	22	90	0	77	21	9	21	48	1.78
84161589--84161615	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
84165880--84166138	76	3.4	75	77	6	245	34	23	19	22	1.96
84165881--84166099	40	5.7	39	69	11	128	34	22	20	22	1.97
84168237--84168297	27	2.3	27	88	0	86	34	26	14	24	1.94
84173249--84173348	38	2.6	39	87	1	121	40	23	25	12	1.88
84185846--84186056	46	4.5	47	74	12	157	22	28	19	29	1.98
84188810--84188861	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
84189510--84189627	27	4.4	27	83	0	146	26	19	17	36	1.94
84196941--84197042	28	3.6	28	93	0	159	36	10	23	29	1.89
84205708--84205802	27	3.6	25	82	13	109	40	21	22	16	1.92
84205708--84205820	27	4.1	28	76	6	99	38	21	23	17	1.94
84205708--84205820	55	2.1	54	83	5	138	38	21	23	17	1.94
84206251--84206285	8	4.4	8	88	0	52	5	22	17	54	1.64
84213570--84213679	27	4.0	26	85	9	130	37	22	22	17	1.94
84213570--84213679	55	2.0	54	85	5	150	37	22	22	17	1.94
84216962--84216998	15	2.5	15	95	0	65	37	37	18	5	1.74
84217985--84218039	29	1.9	29	88	3	85	32	27	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84219902--84219959	30	1.9	30	89	6	91	15	27	34	22	1.94
84221831--84221872	6	7.2	6	83	5	59	78	0	2	19	0.86
84223410--84223446	19	1.9	19	88	0	56	54	2	18	24	1.57
84229195--84229443	40	6.2	40	83	2	288	23	26	22	28	1.99
84229195--84229401	80	2.6	80	94	1	353	22	28	22	27	1.99
84229210--84229441	120	1.9	120	85	6	319	22	26	22	28	1.99
84237362--84237386	13	1.9	13	100	0	50	24	32	16	28	1.96
84237372--84237545	40	4.4	40	80	5	176	23	25	21	29	1.99
84240972--84241012	17	2.4	17	92	8	66	78	0	2	19	0.87
84240972--84241012	6	7.2	6	78	10	50	78	0	2	19	0.87
84242549--84242585	19	1.9	19	88	0	56	54	2	18	24	1.57
84248329--84248497	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84256516--84256565	20	2.4	21	93	3	84	14	26	24	36	1.93
84264128--84264265	55	2.5	54	77	1	150	37	20	21	20	1.94
84264122--84264328	53	3.8	54	78	1	218	38	17	23	20	1.93
84268618--84268879	94	2.8	93	83	8	314	27	18	30	23	1.98
84268615--84268879	46	5.6	47	74	9	216	27	19	30	23	1.98
84272159--84272372	30	7.1	29	77	10	189	48	14	17	19	1.82
84272180--84272347	91	1.8	91	97	0	318	48	14	16	20	1.80
84272180--84272347	6	27.8	6	77	14	168	48	14	16	20	1.80
84272504--84272605	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
84272763--84272827	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84273252--84273834	27	22.3	27	84	6	720	25	20	19	33	1.97
84273496--84273534	19	2.1	19	95	4	71	28	23	20	28	1.99
84273676--84273715	19	2.1	19	95	0	71	30	25	17	27	1.97
84273649--84273796	46	3.0	46	81	14	188	27	22	19	31	1.98
84273595--84273796	100	2.0	100	95	0	359	27	21	19	31	1.97
84273765--84274021	27	9.6	27	74	8	143	26	12	22	38	1.89
84273693--84273888	81	2.4	81	83	6	220	25	17	21	35	1.95
84273856--84274021	54	3.1	53	77	4	165	29	9	21	39	1.85
84273819--84274021	81	2.5	81	82	7	220	28	9	22	39	1.85
84274025--84274172	27	5.5	27	91	3	226	39	6	24	29	1.81
84275537--84275666	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
84275553--84275702	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	1.99
84281620--84281826	53	3.8	54	74	6	179	39	18	22	19	1.93
84285266--84285299	15	2.1	17	89	10	54	0	23	0	76	0.79
84289430--84289486	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
84289428--84289490	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
84289544--84289650	24	4.4	24	93	6	180	31	19	21	27	1.97
84289857--84289920	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
84296646--84296847	43	4.7	43	78	4	174	30	23	15	29	1.96
84296645--84296855	86	2.4	85	78	3	224	32	23	15	28	1.95
84297795--84297868	37	2.1	35	87	7	105	33	32	10	22	1.89
84300587--84300625	20	2.0	20	94	0	69	25	15	2	56	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84301528--84301566	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
84302647--84302830	64	2.8	64	76	8	176	23	29	16	29	1.97
84303565--84303625	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
84305725--84305854	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
84309400--84309458	27	2.2	27	81	6	66	40	0	11	47	1.40
84309405--84309487	36	2.4	34	87	4	121	38	1	12	48	1.48
84309511--84309588	35	2.2	35	90	0	120	42	8	5	43	1.58
84310653--84310690	19	2.0	19	85	10	51	44	0	2	52	1.14
84311097--84311250	40	4.0	40	78	7	138	31	16	20	31	1.95
84311098--84311206	39	2.9	38	82	8	123	33	14	20	32	1.93
84311288--84311394	40	2.7	40	78	8	101	27	20	25	27	1.99
84311747--84311825	21	3.8	21	80	9	81	18	0	37	43	1.51
84311751--84311827	14	5.5	14	73	11	68	19	0	38	41	1.52
84312646--84312799	84	1.8	84	82	0	200	37	15	15	31	1.89
84312646--84312825	84	2.1	84	80	0	198	38	15	16	30	1.89
84317492--84317556	22	3.0	22	72	12	64	33	20	33	12	1.89
84320666--84320715	26	1.9	26	95	0	91	46	14	12	28	1.79
84338563--84338608	22	2.1	22	95	0	83	23	34	8	32	1.86
84338516--84338657	69	2.0	71	91	2	234	27	33	8	30	1.87
84338585--84338868	49	5.9	49	91	4	463	29	30	9	31	1.88
84338741--84338812	22	3.3	22	64	24	62	27	31	11	29	1.91
84338587--84338868	141	2.0	143	91	4	460	29	30	9	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84341777--84341871	40	2.3	42	77	10	99	25	24	23	27	2.00
84342612--84342772	40	4.1	40	94	0	270	24	29	21	24	1.99
84344840--84344908	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
84345980--84346004	12	2.1	12	100	0	50	68	0	32	0	0.90
84346205--84346834	314	2.0	314	96	2	1169	30	31	12	26	1.92
84348912--84348980	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
84350609--84350646	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
84356915--84356983	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
84360099--84360144	22	2.1	22	91	0	74	23	34	6	34	1.81
84360052--84360193	69	2.0	71	89	2	216	26	33	8	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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