genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15387303--15387431	64	2.0	65	89	1	197	32	20	12	34	1.90
15387500--15387608	43	2.5	43	83	3	119	27	21	22	28	1.99
15387539--15387652	43	2.6	45	86	6	146	26	21	23	28	1.99
15387585--15387962	176	2.1	177	86	2	528	29	18	20	30	1.97
15387942--15388048	44	2.4	44	78	9	119	25	17	24	32	1.97
15387762--15388225	221	2.1	219	87	2	644	30	18	21	29	1.97
15388140--15388225	43	2.0	43	81	0	100	29	19	22	29	1.98
15387546--15388279	397	1.9	396	91	1	1211	29	18	21	29	1.97
15388117--15388486	131	2.8	131	86	1	508	28	20	20	30	1.98
15389877--15389919	9	4.7	9	82	5	50	39	2	2	55	1.25
15389886--15389944	21	3.0	20	77	5	57	32	5	8	54	1.53
15390192--15390306	27	4.3	27	70	11	78	32	8	3	55	1.47
15390371--15390408	13	2.9	13	92	0	67	23	5	0	71	1.07
15393249--15393459	64	3.2	64	63	18	158	29	25	18	26	1.98
15393215--15393500	137	2.1	136	96	0	527	31	24	18	24	1.98
15393748--15393800	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
15395282--15395417	26	5.2	26	94	0	236	37	24	4	33	1.75
15403124--15403170	24	2.0	24	87	8	69	59	6	8	25	1.50
15403208--15403261	25	2.2	24	83	3	63	57	1	9	31	1.41
15404059--15404151	36	2.6	36	94	0	168	27	22	27	21	1.99
15405119--15405199	42	1.9	42	87	0	117	27	23	19	29	1.98
15405325--15405579	85	2.9	85	86	3	339	20	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15405544--15406029	132	3.7	131	78	11	559	21	24	20	33	1.97
15405675--15405878	41	4.8	43	74	6	166	21	22	21	35	1.96
15405522--15406130	259	2.3	259	94	1	1060	21	23	21	33	1.97
15406027--15406273	128	1.9	130	86	4	356	19	21	23	35	1.96
15405382--15406399	43	23.6	43	67	11	350	21	23	21	34	1.97
15406456--15406580	61	2.0	64	87	7	186	34	13	19	32	1.91
15408215--15408261	14	3.4	14	85	8	69	0	14	0	85	0.61
15410881--15410909	6	5.0	6	95	4	51	48	17	17	17	1.82
15412946--15412992	24	2.0	24	87	8	69	59	6	8	25	1.50
15413030--15413083	25	2.2	24	83	3	63	57	1	9	31	1.41
15413554--15413591	20	1.9	20	84	10	51	57	5	13	23	1.56
15413880--15413972	36	2.6	36	98	0	177	26	22	29	21	1.99
15416003--15416036	17	2.0	17	100	0	68	23	23	23	29	1.99
15419821--15419884	17	3.6	17	77	10	65	65	0	0	34	0.93
15419830--15419872	17	2.5	17	92	7	70	65	0	0	34	0.93
15419824--15419905	25	3.2	24	76	8	65	62	2	0	35	1.09
15421517--15421600	3	26.3	3	73	15	55	26	5	4	63	1.38
15421832--15421873	22	1.9	23	85	9	61	21	21	4	52	1.65
15427906--15427981	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
15428084--15428224	27	5.2	27	89	7	198	15	24	23	36	1.94
15428212--15428271	30	2.0	30	96	0	111	25	23	15	36	1.93
15428316--15428355	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15435767--15435804	18	2.1	18	85	9	51	76	0	5	18	0.97
15456468--15456622	44	3.5	44	75	10	154	36	21	22	18	1.95
15457020--15457186	42	4.0	42	91	2	255	31	20	20	27	1.98
15459338--15459914	294	2.0	294	100	0	1154	26	14	7	51	1.69
15468040--15468139	40	2.5	41	80	9	116	34	7	11	48	1.66
15468049--15468127	20	4.0	20	81	4	99	35	7	11	45	1.69
15468807--15468916	26	4.2	26	94	2	168	34	5	22	37	1.78
15473060--15473109	21	2.4	20	77	9	55	32	4	10	54	1.52
15475970--15476080	41	2.8	40	83	5	125	26	21	24	27	1.99
15476140--15476364	113	2.0	115	85	3	312	32	19	21	26	1.97
15478049--15478082	18	1.9	17	94	5	59	20	5	29	44	1.75
15479873--15480125	134	1.9	133	98	0	488	19	9	18	51	1.74
15482113--15482152	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
15484083--15484308	9	24.6	9	76	7	143	46	13	1	38	1.51
15484083--15484308	18	12.3	18	75	9	161	46	13	1	38	1.51
15484111--15484332	114	1.9	114	85	3	304	46	13	1	38	1.51
15489953--15490009	21	2.8	20	76	7	60	29	19	49	1	1.58
15490243--15490322	31	2.5	33	77	8	92	15	2	18	63	1.41
15490375--15490770	86	4.6	86	90	0	587	25	26	23	25	2.00
15490375--15490776	43	9.3	43	78	4	398	25	25	22	26	2.00
15491505--15491553	10	4.9	10	82	9	64	69	4	8	18	1.30
15492176--15492210	6	5.8	6	87	12	54	0	14	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15492174--15492220	12	4.2	11	82	15	60	2	12	0	85	0.70
15492174--15492220	22	2.1	22	88	7	69	2	12	0	85	0.70
15492901--15492926	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15499557--15499591	17	2.1	17	88	0	52	28	25	28	17	1.97
15500896--15500932	17	2.2	17	90	0	56	62	0	5	32	1.18
15504084--15504686	263	2.3	263	77	7	596	35	17	18	28	1.93
15504074--15504722	132	4.9	132	76	7	400	35	16	18	29	1.93
15507564--15507906	132	2.6	132	90	1	508	28	23	17	30	1.97
15507801--15508087	87	3.3	86	85	5	364	29	23	19	27	1.98
15507853--15508132	88	3.2	88	89	3	379	27	24	21	27	1.99
15507975--15508130	45	3.5	45	78	3	208	23	27	21	28	1.99
15508028--15508406	132	2.9	132	92	1	643	29	24	19	27	1.98
15519973--15520593	131	4.7	131	76	5	403	34	17	18	29	1.94
15519967--15520606	132	4.9	132	77	5	456	35	17	18	29	1.94
15532758--15532799	22	1.9	22	90	0	66	26	11	23	38	1.90
15535003--15535061	10	5.9	10	84	7	84	67	1	10	20	1.28
15543300--15543405	53	2.0	53	92	3	178	30	13	29	27	1.94
15545846--15545912	32	2.1	32	97	0	125	38	10	19	31	1.85
15547852--15547888	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
15555113--15555164	25	2.1	25	85	0	68	13	11	1	73	1.19
15555160--15555196	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
15558071--15558095	7	3.6	7	100	0	50	16	24	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15558130--15558419	143	2.0	143	91	0	463	31	21	7	40	1.81
15561423--15561530	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
15568400--15568507	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
15572207--15572240	16	2.1	16	100	0	68	26	17	17	38	1.92
15572536--15572596	26	2.4	26	94	2	106	50	4	0	44	1.23
15572758--15572798	20	2.0	21	85	4	57	19	7	14	58	1.59
15573160--15573267	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
15576902--15576978	15	5.4	14	72	10	57	11	0	35	53	1.38
15576922--15576958	14	2.6	14	86	0	56	10	0	40	48	1.38
15579013--15579073	31	2.0	31	93	0	104	24	18	9	47	1.78
15584076--15584382	133	2.3	133	86	1	436	25	23	19	31	1.98
15594905--15594957	27	2.0	27	96	0	97	33	22	15	28	1.94
15596841--15596910	35	2.0	35	94	5	124	60	2	8	28	1.41
15598215--15598266	24	2.1	26	85	7	72	30	3	1	63	1.23
15598295--15598325	15	2.1	15	93	0	53	32	3	0	64	1.09
15603890--15603940	24	2.1	24	82	7	59	54	13	19	11	1.69
15611353--15611563	45	4.7	46	68	12	125	31	19	25	23	1.98
15611351--15611761	133	3.1	131	84	4	506	30	21	24	23	1.99
15611396--15611878	132	3.6	131	78	7	460	31	20	24	23	1.98
15613588--15613618	15	2.1	15	93	0	53	32	3	0	64	1.09
15617768--15617912	69	2.1	70	96	1	265	49	15	15	19	1.79
15617913--15617940	13	2.2	13	100	0	56	25	25	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15618553--15618623	35	2.0	37	86	5	101	25	1	5	67	1.20
15618848--15618901	21	2.5	20	80	16	56	25	3	0	70	1.04
15618861--15618902	11	3.7	11	81	12	50	26	2	0	71	0.98
15621184--15621267	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
15622708--15622782	27	2.8	26	87	2	96	36	21	10	32	1.88
15622883--15622997	27	4.3	26	81	7	131	18	22	22	36	1.95
15622883--15622997	54	2.1	54	85	3	151	18	22	22	36	1.95
15624505--15624578	11	7.4	10	68	26	50	60	4	1	33	1.24
15624507--15624567	19	3.2	18	76	17	61	62	3	1	32	1.21
15624545--15624578	11	3.1	11	91	8	52	64	2	0	32	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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