genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5750212--5750632	229	1.8	227	84	8	575	36	10	6	47	1.63
5752160--5752200	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
5753381--5753487	25	4.2	25	92	5	171	34	3	24	37	1.73
5754966--5755018	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
5755266--5755552	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
5758078--5758159	26	3.2	26	94	0	146	39	26	3	30	1.74
5758503--5758549	15	3.3	15	86	13	57	53	14	0	31	1.42
5758670--5758730	21	3.1	20	78	17	65	54	1	0	44	1.10
5758797--5758849	19	2.8	20	77	16	58	66	1	9	22	1.31
5758863--5758901	18	2.1	19	85	4	53	53	7	12	25	1.65
5759319--5759365	16	3.1	16	81	6	53	42	0	57	0	0.98
5759500--5759546	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
5767051--5767130	21	3.9	21	70	8	65	13	11	3	71	1.27
5767065--5767144	40	2.0	40	97	0	151	12	16	5	66	1.41
5770791--5770872	26	3.2	26	98	0	155	36	26	6	30	1.81
5772394--5772440	24	2.0	24	91	0	76	48	2	8	40	1.45
5773096--5773128	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
5773186--5773228	16	2.6	17	82	14	54	46	0	6	46	1.30
5774004--5774030	12	2.2	12	100	0	54	22	14	29	33	1.94
5774047--5774143	46	2.1	47	96	1	178	50	10	7	31	1.64
5774167--5774222	20	2.7	21	75	10	53	39	3	0	57	1.16
5776058--5776193	26	5.2	26	94	0	227	36	5	22	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5777980--5778264	135	2.1	137	95	1	511	24	17	25	32	1.97
5779509--5779539	12	2.6	12	89	0	53	9	22	54	12	1.67
5784417--5784550	26	5.2	26	93	2	218	36	5	21	36	1.76
5784419--5784550	51	2.6	51	90	6	212	37	5	21	36	1.76
5786337--5786624	136	2.1	138	94	3	501	24	18	24	31	1.97
5788334--5788412	37	2.1	38	97	2	151	44	10	5	40	1.60
5788597--5788638	16	2.6	17	77	11	52	42	4	7	45	1.52
5788805--5788837	12	2.8	12	86	4	50	39	6	0	54	1.25
5789188--5789221	17	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
5798393--5798500	26	4.2	26	91	0	171	32	7	24	36	1.83
5799943--5800017	26	2.8	26	85	4	87	36	22	10	30	1.88
5800119--5800231	27	4.2	27	83	7	122	17	23	22	36	1.95
5800118--5800231	54	2.1	54	86	3	158	17	23	21	36	1.94
5801210--5801252	16	2.6	17	82	14	54	46	0	6	46	1.30
5801926--5801967	22	1.9	22	95	0	75	19	19	28	33	1.96
5804373--5804415	11	4.0	11	78	6	52	23	44	4	27	1.73
5809026--5809068	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
5809025--5809067	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
5811178--5811227	9	5.7	9	77	11	50	38	4	0	58	1.17
5813666--5813714	25	2.0	25	84	8	64	75	2	10	12	1.13
5813984--5814026	16	2.6	17	82	14	54	46	0	6	46	1.30
5814433--5814472	18	2.3	18	87	12	57	42	0	5	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5818407--5818450	19	2.3	20	80	7	56	59	0	0	40	0.98
5824545--5824612	33	2.1	33	100	0	136	51	2	5	39	1.41
5824549--5824604	16	3.3	18	65	14	55	51	3	5	39	1.42
5827710--5827748	17	2.2	18	86	4	53	23	7	25	43	1.80
5829964--5829999	16	2.2	16	90	0	54	27	5	11	55	1.57
5833016--5833040	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
5834048--5834081	18	1.9	18	94	5	61	55	0	11	32	1.36
5834795--5834844	10	5.0	10	76	13	50	66	4	8	22	1.35
5835434--5835481	22	2.1	24	84	7	64	33	2	4	60	1.27
5835433--5835484	23	2.2	25	80	13	65	32	1	3	61	1.25
5835572--5835628	8	6.5	8	78	21	53	36	0	0	63	0.95
5835572--5835628	17	3.2	17	79	13	62	36	0	0	63	0.95
5835581--5835637	28	2.0	30	86	10	84	40	0	0	59	0.97
5835571--5835657	36	2.3	38	86	7	117	35	0	0	64	0.94
5835586--5835648	19	3.5	19	76	12	69	39	0	0	60	0.97
5837152--5837207	28	2.0	29	96	3	105	32	10	3	53	1.53
5841860--5841913	26	2.1	25	86	3	72	33	9	5	51	1.57
5842971--5843021	17	3.1	16	83	8	59	3	15	3	76	1.08
5842983--5843021	16	2.4	16	88	12	62	0	15	5	79	0.90
5845516--5845568	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
5848886--5848986	32	3.2	32	67	18	93	46	14	7	30	1.73
5848887--5849008	63	1.9	63	90	3	192	45	13	8	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5849425--5849483	21	2.8	23	78	17	65	22	16	37	23	1.94
5853072--5853107	11	3.3	11	92	7	56	77	0	0	22	0.76
5853094--5853150	30	1.9	29	89	10	89	77	0	10	12	1.00
5856854--5856916	27	2.3	27	78	5	74	49	9	0	41	1.35
5856860--5856912	27	1.9	27	88	3	79	43	11	0	45	1.40
5857553--5857598	23	2.0	23	100	0	92	26	17	13	43	1.85
5862587--5862650	28	2.3	28	89	5	94	59	6	0	34	1.23
5867608--5867647	9	4.1	10	84	15	57	32	0	0	67	0.91
5868180--5868220	18	2.2	19	95	4	75	60	0	9	29	1.28
5875762--5875802	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
5882430--5882543	3	36.3	3	68	20	56	33	4	1	60	1.27
5882423--5882473	19	2.6	20	87	9	70	33	0	0	66	0.92
5882423--5882667	20	13.1	18	66	19	69	31	5	2	60	1.32
5882423--5882541	30	3.8	30	75	11	114	31	4	1	62	1.24
5882559--5882609	24	2.3	23	81	15	63	39	3	0	56	1.18
5882936--5883001	15	3.9	17	69	25	50	33	1	1	63	1.13
5885913--5886020	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
5891538--5891589	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
5893056--5893137	26	3.2	26	89	0	128	37	21	7	32	1.81
5893285--5893312	10	2.8	10	100	0	56	35	21	0	42	1.53
5897801--5897853	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
5901818--5902259	46	10.0	46	87	8	630	22	24	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5902088--5902247	38	4.0	38	86	12	239	22	25	17	34	1.96
5902042--5902259	84	2.6	84	98	0	418	23	25	16	34	1.95
5904719--5904780	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
5904736--5904886	54	2.8	54	85	2	151	29	8	19	41	1.81
5904734--5904886	81	1.9	81	86	5	220	30	8	19	41	1.81
5904763--5904886	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
5904763--5904888	54	2.3	54	90	0	180	30	7	19	42	1.78
5908169--5908227	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
5908848--5908909	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
5908865--5909015	54	2.8	54	85	2	151	29	8	19	41	1.81
5908863--5909015	81	1.9	81	86	5	220	30	8	19	41	1.81
5908892--5909015	27	4.6	27	84	2	160	30	6	20	42	1.77
5908892--5909017	54	2.3	54	90	0	180	30	7	19	42	1.78
5911058--5911089	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
5926871--5926976	26	4.2	26	89	8	157	35	23	5	34	1.79
5926870--5926967	49	2.0	48	94	2	169	35	24	6	33	1.80
5926880--5926977	25	4.1	22	76	15	88	36	24	5	33	1.78
5932607--5932715	26	4.2	26	96	1	193	35	23	5	34	1.78
5933972--5934218	72	3.4	72	91	2	399	30	17	23	29	1.97
5934106--5934343	126	1.9	124	90	1	377	29	16	21	32	1.95
5934236--5934374	71	2.0	71	86	0	197	29	15	23	31	1.95
5934222--5934534	160	2.0	158	90	1	500	28	15	21	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5934401--5934566	71	2.3	71	94	0	287	31	15	22	30	1.95
5935126--5935157	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
5943322--5943355	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
5945978--5946413	83	5.2	83	94	0	728	27	20	19	32	1.97
5946338--5946741	119	3.4	119	93	1	666	30	18	17	33	1.94
5958662--5958722	24	2.6	23	79	7	68	54	1	0	44	1.10
5958892--5958928	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
5959137--5959196	26	2.4	25	75	22	63	55	3	13	28	1.54
5961028--5961145	60	1.9	61	81	10	143	41	0	11	46	1.45
5961430--5961459	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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