genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  266  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76386535--76386590	21	2.6	21	83	8	60	12	32	17	37	1.88
76386544--76386590	21	2.1	23	88	7	71	10	34	17	38	1.84
76386553--76386620	21	3.2	21	80	0	64	16	36	22	25	1.94
76386878--76386907	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
76395583--76395738	42	3.7	42	78	5	172	26	26	17	28	1.97
76398315--76398382	34	2.0	34	97	0	127	41	16	2	39	1.63
76412139--76412486	115	3.0	115	92	0	606	37	27	9	26	1.86
76416215--76416344	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
76416231--76416382	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
76416231--76416380	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
76424228--76424357	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
76424244--76424395	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
76424244--76424393	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
76427507--76427710	40	5.2	40	84	3	243	26	26	21	25	1.99
76435592--76435796	39	5.2	40	82	5	213	25	26	21	25	1.99
76437368--76437584	109	2.0	105	94	5	382	40	18	8	32	1.80
76448180--76448328	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
76448221--76448328	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
76455465--76455613	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
76455506--76455613	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
76457326--76457510	40	4.6	40	80	3	183	22	27	24	25	2.00
76457326--76457510	80	2.3	81	83	4	214	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76460404--76460469	4	17.5	4	75	17	61	0	24	0	75	0.80
76460404--76460458	18	3.1	18	81	2	58	0	23	0	76	0.79
76460425--76460487	25	2.5	25	82	10	74	0	26	0	73	0.84
76463890--76463968	29	2.7	29	76	11	79	17	25	15	41	1.88
76470237--76470288	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76470952--76471109	27	5.9	27	79	5	151	32	6	21	39	1.80
76477116--76477153	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
76477187--76477237	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
76477932--76478023	27	3.5	26	79	11	89	31	9	20	38	1.85
76481054--76481096	16	2.7	16	81	0	50	11	18	13	55	1.68
76481043--76481088	24	1.9	24	90	0	74	17	19	10	52	1.74
76483158--76483294	39	3.5	40	90	5	208	24	21	28	25	1.99
76490150--76490219	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
76490150--76490231	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
76495939--76496146	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
76495940--76496146	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
76501462--76501531	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
76501462--76501543	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
76505645--76505780	40	3.4	40	90	3	204	25	22	27	24	2.00
76517513--76517717	109	1.9	109	84	3	279	39	17	22	20	1.93
76521193--76521296	31	3.3	31	71	10	111	34	0	21	43	1.59
76521174--76521302	64	2.0	64	100	0	258	33	1	21	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76524771--76524841	36	2.0	36	100	0	142	35	8	28	28	1.86
76526942--76527101	41	3.9	41	78	12	177	21	23	28	26	1.99
76534943--76535102	41	3.9	41	76	12	168	22	22	28	26	1.99
76538267--76538416	40	3.8	40	83	4	153	22	28	22	26	1.99
76538313--76538416	39	2.6	40	86	4	140	23	28	23	25	1.99
76552780--76552851	28	2.5	29	86	4	92	27	13	27	30	1.94
76555120--76555150	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
76555225--76555271	26	1.9	23	83	12	58	38	0	2	59	1.09
76558104--76558271	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
76566175--76566304	40	3.2	40	82	4	165	24	29	24	21	1.99
76576599--76576663	20	3.3	19	75	10	60	38	15	32	13	1.87
76577832--76577892	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
76580112--76580294	91	2.0	91	97	0	348	35	8	18	38	1.80
76586177--76586201	12	2.1	12	100	0	50	44	40	8	8	1.63
76588499--76588558	11	6.0	10	75	21	63	41	0	0	58	0.98
76588499--76588557	31	1.9	30	83	10	75	42	0	0	57	0.98
76588501--76588558	19	2.9	19	80	16	73	41	0	0	58	0.98
76597316--76597481	40	4.2	40	95	0	296	22	29	25	22	1.99
76597290--76597481	80	2.4	78	90	5	296	22	28	25	23	1.99
76606156--76606321	40	4.2	40	96	0	296	25	30	23	20	1.98
76606129--76606321	80	2.4	79	90	4	298	24	30	23	21	1.99
76609961--76610015	26	2.1	26	86	0	74	36	12	9	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76612386--76612655	30	9.1	30	71	12	189	39	12	23	24	1.89
76612386--76612655	89	3.0	89	89	3	391	39	12	23	24	1.89
76612386--76612658	60	4.6	60	77	7	218	39	12	23	23	1.89
76619192--76619256	22	3.0	22	77	8	69	30	23	24	21	1.99
76619393--76619511	41	2.9	41	85	0	166	27	27	20	24	1.99
76619748--76620117	27	13.7	27	79	3	298	30	11	19	37	1.88
76623100--76623151	22	2.4	22	83	6	61	30	23	25	21	1.99
76623261--76623324	22	2.9	21	73	13	58	31	23	25	20	1.98
76623062--76623408	161	2.1	161	98	1	667	32	19	21	26	1.97
76623469--76623548	41	2.0	41	92	0	133	27	28	21	22	1.99
76623827--76624174	27	12.9	27	76	10	120	29	10	19	40	1.85
76623817--76624183	54	6.8	54	74	7	210	29	10	19	40	1.84
76623898--76624109	81	2.6	81	80	7	225	29	9	21	39	1.85
76624607--76624995	27	14.4	27	77	4	239	30	10	20	39	1.86
76624629--76624751	55	2.3	54	78	2	129	31	11	17	39	1.85
76623754--76626217	821	3.0	821	96	0	4489	29	19	18	33	1.95
76625450--76625718	27	9.9	27	71	13	113	29	11	19	39	1.87
76625544--76625718	81	2.2	80	80	6	183	28	10	20	40	1.86
76625544--76625723	54	3.3	54	81	3	193	29	11	20	38	1.88
76625701--76625806	27	4.0	26	85	6	131	33	10	16	39	1.83
76625566--76625748	54	3.4	54	81	4	183	28	10	21	38	1.87
76625732--76625816	27	3.2	26	86	6	116	31	10	15	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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76629488--76629725	54	4.4	54	75	7	173	31	9	18	40	1.83
76629463--76629738	81	3.4	81	74	3	223	31	10	17	39	1.84
76629678--76629764	27	3.2	27	86	0	111	29	11	20	37	1.88
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76633617--76633670	27	2.0	26	89	3	81	31	14	18	35	1.91
76633452--76633663	54	3.9	54	79	4	153	27	9	20	41	1.84
76633619--76633678	27	2.2	26	82	8	75	31	13	18	36	1.89
76633717--76633779	27	2.3	27	94	5	110	30	20	14	34	1.92
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76640675--76640746	24	3.0	24	82	8	83	33	31	13	20	1.92
76643309--76643836	48	11.0	48	91	0	858	34	6	28	30	1.82
76643319--76643836	96	5.4	96	98	0	964	34	6	28	30	1.82
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76651009--76651063	27	2.1	27	86	3	76	16	12	21	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76651321--76651418	29	3.4	28	75	12	92	24	33	14	27	1.94
76651323--76651436	59	2.0	57	81	6	131	26	31	13	28	1.93
76651509--76651545	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
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76653328--76653726	50	7.9	50	76	2	341	30	26	16	26	1.97
76655736--76655792	25	2.3	25	90	3	98	54	17	5	22	1.63
76655804--76655833	15	1.9	16	93	6	53	60	30	0	10	1.30
76657053--76657229	43	4.1	42	75	13	155	30	28	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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