genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  206  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57349806--57349893	30	2.9	30	74	0	95	27	15	28	28	1.96
57352139--57352220	30	2.7	30	81	9	87	10	21	2	64	1.37
57352171--57352226	18	3.1	18	76	5	51	8	19	1	69	1.24
57352196--57352220	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
57352289--57352345	5	11.0	5	78	17	55	3	17	0	78	0.88
57354914--57355001	30	2.9	30	74	0	95	27	15	28	28	1.96
57356627--57356816	95	2.0	95	100	0	380	36	5	15	42	1.70
57357987--57358115	65	1.9	68	80	12	149	34	14	31	20	1.93
57359746--57359817	11	6.9	10	82	17	85	68	5	5	20	1.31
57359746--57359817	21	3.5	19	87	12	90	68	5	5	20	1.31
57359732--57359817	11	7.9	11	79	11	81	67	5	5	20	1.33
57361875--57361916	21	2.0	21	95	0	75	35	23	21	19	1.96
57363457--57363508	27	1.9	27	84	7	70	80	3	11	3	0.97
57363468--57363509	21	2.0	21	85	0	57	78	7	11	2	1.04
57363462--57363533	9	7.7	9	70	23	51	76	6	15	1	1.06
57367653--57367687	12	2.8	13	86	4	54	11	5	5	77	1.12
57370043--57370128	41	2.1	41	91	0	136	27	13	29	29	1.95
57373591--57373687	30	3.2	30	71	8	90	28	27	15	27	1.96
57374529--57374577	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
57375894--57375976	15	5.5	15	75	11	71	53	15	18	13	1.74
57378737--57378776	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
57380018--57380065	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57381780--57381827	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
57383661--57383921	92	2.8	90	80	5	254	23	29	19	27	1.98
57383661--57383921	46	5.7	46	77	8	226	23	29	19	27	1.98
57383660--57383921	94	2.8	92	82	3	278	23	29	19	27	1.98
57385406--57385636	50	4.6	49	78	9	200	27	18	24	30	1.98
57385723--57385774	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
57393159--57393210	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
57400086--57400385	46	6.6	44	73	13	205	25	29	18	26	1.98
57400119--57400379	93	2.8	92	80	2	285	24	29	18	27	1.98
57401542--57401717	42	4.0	42	81	12	178	29	25	14	30	1.95
57401612--57401717	49	2.2	48	93	3	176	31	25	13	30	1.93
57401817--57401903	31	2.8	31	89	0	129	26	26	19	27	1.99
57401879--57402007	50	2.5	51	91	2	206	27	21	16	34	1.95
57413175--57413209	13	2.7	13	86	0	52	48	8	2	40	1.49
57413485--57413561	39	2.0	39	92	0	127	44	11	12	31	1.79
57420412--57420583	67	2.7	64	75	9	179	28	16	29	25	1.97
57423501--57423673	46	3.7	46	74	13	174	23	20	26	28	1.99
57423498--57423668	93	1.8	93	91	0	279	23	21	27	28	1.99
57428461--57428557	30	3.2	30	76	2	106	28	25	15	29	1.96
57432674--57432844	46	3.7	45	75	15	179	22	20	27	29	1.99
57432671--57432839	92	1.8	92	94	0	302	22	20	28	28	1.99
57437336--57437511	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57437333--57437504	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57444818--57444993	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
57444815--57444986	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
57446492--57446577	27	3.3	27	76	19	85	74	1	20	3	1.03
57446494--57446578	14	6.5	13	74	21	63	74	1	21	3	1.04
57448078--57448226	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57448119--57448226	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57451567--57451699	43	3.1	43	78	8	164	26	15	27	31	1.95
57453871--57453995	29	4.3	29	84	5	173	27	13	28	30	1.94
57457096--57457191	42	2.3	42	90	0	156	16	21	35	26	1.95
57459785--57459891	28	3.8	28	80	6	119	28	12	30	28	1.93
57459785--57459891	56	1.9	56	86	3	153	28	12	30	28	1.93
57461155--57461187	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
57467467--57467497	9	3.4	9	90	0	53	29	22	35	12	1.91
57467577--57467690	28	4.1	28	81	6	115	29	13	28	28	1.94
57467577--57467684	56	1.9	56	84	3	146	28	13	29	27	1.95
57469794--57469929	46	3.0	46	85	1	184	25	32	8	33	1.86
57469903--57470144	47	5.1	47	88	4	340	26	29	10	33	1.90
57469903--57470144	98	2.5	96	87	2	344	26	29	10	33	1.90
57474349--57474531	67	2.8	64	77	8	192	30	16	29	22	1.96
57475616--57475640	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57485574--57485603	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57487074--57487360	47	6.1	47	89	0	414	32	11	28	27	1.91
57487073--57487351	141	2.0	141	94	0	495	32	11	28	27	1.91
57487242--57487317	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
57487096--57487416	94	3.4	91	81	10	283	33	11	27	27	1.91
57487565--57487709	37	3.9	37	92	0	236	23	19	32	24	1.97
57488976--57489407	40	10.8	40	89	0	648	27	21	25	25	2.00
57493400--57493688	47	6.1	47	90	0	434	32	11	29	27	1.91
57493399--57493688	141	2.1	141	94	0	508	32	11	28	27	1.91
57493568--57493643	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
57493422--57493743	94	3.4	91	84	7	333	32	11	28	27	1.91
57493892--57494036	37	3.9	37	92	0	236	22	18	33	25	1.97
57500665--57500700	18	2.1	18	89	5	56	47	0	8	44	1.33
57502237--57502424	96	2.0	96	92	0	313	33	19	22	24	1.97
57504160--57504312	43	3.7	42	75	15	140	29	14	26	29	1.95
57506889--57507230	24	14.0	24	92	2	497	26	20	22	30	1.98
57507279--57507339	20	3.0	20	90	0	104	34	21	11	32	1.89
57507382--57507429	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57508591--57508655	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
57508709--57508794	28	3.1	27	73	20	79	34	8	16	40	1.78
57508771--57508894	27	4.6	26	77	9	88	30	7	20	41	1.80
57508926--57509071	27	5.4	27	82	6	179	41	8	21	28	1.82
57512018--57512310	24	12.0	24	90	1	390	27	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57512359--57512425	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
57512359--57512414	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
57513671--57513735	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
57513789--57513886	27	3.6	27	75	13	74	32	9	17	40	1.81
57513854--57513975	27	4.5	27	76	8	106	30	6	19	43	1.76
57514007--57514171	27	6.1	27	84	5	181	41	7	20	30	1.81
57514013--57514171	54	2.9	54	83	3	212	40	7	20	30	1.80
57517128--57517443	49	6.5	48	87	3	411	25	19	22	31	1.98
57517128--57517443	25	13.0	24	89	3	411	25	19	22	31	1.98
57517492--57517538	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
57517575--57517622	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57518784--57518848	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
57518902--57518987	27	3.1	27	76	20	88	36	8	15	40	1.77
57518966--57519088	27	4.6	27	77	6	115	28	6	21	43	1.77
57518962--57519121	81	2.0	81	82	4	198	29	10	19	41	1.84
57519120--57519292	27	6.4	27	83	2	186	41	6	21	29	1.79
57519124--57519284	81	2.0	81	85	4	218	41	6	21	30	1.78
57524236--57524402	40	4.2	40	79	2	149	22	27	23	26	2.00
57526303--57526490	49	3.8	49	82	2	250	28	26	18	26	1.98
57526308--57526495	100	1.9	100	96	0	349	28	26	19	25	1.99
57530128--57530165	19	2.0	20	84	5	51	57	21	2	18	1.52
57531031--57531068	18	2.1	18	85	9	51	23	39	23	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57534608--57534661	27	2.0	27	89	3	83	46	14	11	27	1.79
57535708--57535748	21	2.0	21	85	9	57	65	0	29	4	1.13
57535713--57535745	15	2.1	16	88	5	50	66	0	30	3	1.06
57540172--57540352	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
57540174--57540344	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
57543304--57543372	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
57543295--57543382	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
57545758--57545938	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
57545760--57545930	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
57552222--57552436	39	5.5	40	87	5	289	22	23	29	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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