genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.410.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  410  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119167339--119167378	13	3.1	13	100	0	80	40	37	0	22	1.54
119167395--119167445	4	12.8	4	100	0	102	25	0	23	50	1.49
119168385--119168492	55	2.0	55	86	0	153	50	12	8	27	1.69
119175152--119175181	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
119175845--119176460	213	2.9	212	88	6	912	39	5	4	49	1.48
119176434--119176476	20	2.1	21	86	4	61	46	0	2	51	1.13
119182987--119183041	24	2.4	24	85	11	71	52	0	5	41	1.24
119182996--119183065	33	2.1	33	89	0	104	51	2	5	40	1.40
119184626--119184681	19	2.9	19	79	10	51	39	12	5	42	1.65
119185816--119185861	18	2.6	18	96	0	83	26	28	4	41	1.74
119188175--119188248	32	2.3	32	81	4	87	58	0	5	36	1.21
119188262--119188348	24	3.7	24	74	18	83	55	4	10	29	1.54
119188439--119188486	25	1.9	25	82	0	60	47	2	16	33	1.58
119190073--119190910	44	18.6	44	73	10	512	28	22	18	30	1.97
119190152--119190916	89	8.5	89	75	10	617	28	21	18	30	1.97
119190339--119190467	51	2.6	50	82	4	152	33	20	17	29	1.95
119190075--119190733	133	4.9	133	75	10	482	29	22	18	29	1.97
119190567--119191115	227	2.3	229	83	6	640	28	20	19	32	1.97
119190869--119190966	51	1.9	51	85	0	133	24	20	22	32	1.98
119196449--119196505	26	2.2	26	83	3	69	54	1	7	36	1.38
119196458--119196509	26	2.0	26	92	0	86	57	0	3	38	1.17
119196463--119196516	26	2.2	26	86	6	76	61	0	3	35	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119196472--119196535	32	2.0	32	84	0	83	57	0	4	37	1.19
119196577--119196632	24	2.3	24	84	6	69	53	3	8	33	1.49
119196815--119196906	45	2.0	45	81	10	105	54	6	8	30	1.56
119197843--119197889	23	2.1	22	84	11	60	0	6	12	80	0.88
119199901--119199990	40	2.3	39	80	3	101	37	35	13	13	1.84
119211405--119211432	5	5.6	5	100	0	56	21	0	60	17	1.36
119211943--119211989	22	2.3	20	75	10	51	59	2	2	36	1.21
119212419--119212451	13	2.6	13	90	4	50	90	0	9	0	0.44
119213209--119213238	15	2.0	15	100	0	60	33	40	6	20	1.78
119213453--119213482	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
119216374--119216411	17	2.2	17	90	0	58	39	2	2	55	1.28
119217767--119217812	17	2.6	17	78	21	51	36	28	2	32	1.69
119219839--119219976	40	3.5	40	79	7	145	18	28	26	26	1.98
119219867--119220020	80	1.9	80	86	0	218	22	26	22	27	1.99
119219867--119220020	40	3.8	40	85	1	184	22	26	22	27	1.99
119223120--119223184	5	12.6	5	78	12	60	72	1	1	24	1.02
119226294--119226337	19	2.3	19	100	0	88	15	20	0	63	1.31
119229981--119230011	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
119235224--119235275	10	5.3	10	79	4	52	28	1	1	67	1.12
119237842--119237888	18	2.7	18	80	9	53	70	0	0	29	0.88
119237846--119237888	20	2.1	21	86	4	61	69	0	0	30	0.88
119239485--119239513	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119239865--119239917	24	2.2	24	82	3	61	45	15	9	30	1.77
119239874--119239922	24	2.0	24	92	0	80	38	16	12	32	1.86
119242674--119242846	43	4.0	43	80	6	190	32	24	15	27	1.95
119248669--119248709	18	2.2	19	86	4	57	58	0	19	21	1.39
119256095--119256139	22	2.0	22	91	0	72	20	31	24	24	1.98
119259485--119259606	42	2.9	43	76	9	117	24	18	26	31	1.97
119266334--119266393	30	2.0	30	93	0	102	25	5	15	55	1.60
119269639--119269805	35	4.6	35	83	8	183	31	11	23	32	1.90
119269639--119269809	75	2.4	75	83	7	203	32	11	23	32	1.91
119272889--119273143	78	3.3	76	83	4	314	40	13	17	27	1.88
119273954--119274102	73	2.0	73	98	0	289	33	24	10	32	1.88
119275225--119275289	11	5.9	11	79	0	67	70	4	7	16	1.28
119275223--119275302	22	3.6	22	75	6	72	68	6	6	18	1.32
119275801--119275833	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
119282595--119282644	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
119282587--119282644	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
119284326--119284390	30	2.2	30	83	5	78	29	46	18	6	1.73
119284444--119284486	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
119288454--119288486	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
119288764--119289027	138	1.9	138	91	0	429	18	24	15	41	1.89
119288747--119289037	46	6.4	46	87	1	372	18	23	15	42	1.88
119291700--119292215	126	4.1	126	89	1	784	27	20	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119291700--119292215	251	2.1	252	89	1	802	27	20	17	34	1.96
119292296--119292325	15	2.0	15	100	0	60	46	33	0	20	1.51
119294586--119294690	46	2.2	48	75	19	119	37	12	24	25	1.91
119294597--119294725	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
119302311--119302413	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
119316422--119316524	29	3.6	29	81	2	109	21	15	33	30	1.94
119318058--119319145	178	6.1	178	89	1	1565	29	21	18	30	1.97
119323293--119323334	19	2.2	19	83	8	50	47	14	19	19	1.82
119325405--119325476	18	4.2	18	68	20	64	63	5	1	29	1.25
119327197--119327262	31	2.1	31	83	5	80	36	10	10	42	1.74
119329092--119329120	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
119333439--119333483	20	2.2	20	92	7	74	33	0	2	64	1.06
119341553--119341600	18	2.5	21	83	12	59	31	0	2	66	1.03
119342815--119342871	17	3.3	17	71	11	53	73	8	7	10	1.24
119343236--119343267	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
119344672--119344712	17	2.4	18	84	15	61	75	0	7	17	1.02
119344673--119344712	16	2.5	16	88	11	64	77	0	7	15	0.98
119345828--119345864	9	3.5	11	85	14	51	37	0	0	62	0.96
119345828--119345868	11	3.9	11	78	12	50	39	0	0	60	0.96
119348613--119348647	16	2.2	16	89	0	52	34	0	0	65	0.93
119351760--119351784	12	2.1	12	100	0	50	68	0	24	8	1.16
119354552--119354641	23	4.0	23	87	5	114	36	22	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119357433--119357500	30	2.3	30	89	0	100	20	32	23	23	1.98
119358440--119358585	50	3.0	49	82	6	170	25	25	20	28	1.99
119362122--119362152	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
119366741--119366779	21	1.9	20	84	5	51	48	12	5	33	1.63
119366807--119366862	21	2.8	20	78	10	62	35	16	10	37	1.83
119376583--119376613	5	6.0	5	92	7	53	22	19	0	58	1.40
119376583--119376655	16	4.4	16	79	16	69	30	12	0	57	1.35
119376640--119376701	19	3.4	18	76	12	65	25	6	1	66	1.25
119376762--119376802	20	2.1	20	86	4	57	21	7	0	70	1.11
119376847--119376933	27	3.2	27	74	19	83	28	12	0	58	1.35
119376894--119377026	21	5.9	20	69	23	70	28	10	1	59	1.40
119376948--119377046	25	4.1	24	69	12	69	27	8	3	61	1.39
119382061--119382100	21	1.9	21	89	0	62	25	7	25	42	1.80
119385645--119385703	25	2.3	25	82	2	73	30	22	6	40	1.79
119385660--119385717	25	2.3	25	90	0	89	24	17	6	51	1.69
119388965--119389014	25	2.0	25	100	0	100	32	24	12	32	1.91
119390936--119390987	27	1.9	27	88	7	79	36	26	19	17	1.94
119393127--119393202	40	1.9	38	86	5	107	26	31	11	30	1.92
119393686--119393716	5	6.2	5	92	0	53	74	0	3	22	0.96
119394446--119394485	19	2.0	21	85	9	57	22	25	0	52	1.47
119398391--119398442	23	2.3	23	100	0	104	38	0	13	48	1.43
119398400--119398455	13	4.5	13	82	13	82	37	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119398400--119398478	36	2.2	36	95	0	140	39	1	12	46	1.50
119398935--119399033	47	2.1	47	88	0	144	25	15	31	28	1.95
119399406--119399471	28	2.3	29	87	7	91	12	0	9	78	0.95
119399405--119399471	29	2.4	28	82	9	82	13	0	8	77	0.98
119403190--119403228	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
119407960--119408002	17	2.5	17	96	0	77	13	25	39	20	1.90
119411650--119411860	64	3.2	64	62	20	142	30	25	17	26	1.97
119411776--119411840	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
119411616--119411902	137	2.1	137	97	0	538	31	24	18	24	1.98
119412159--119412215	26	2.2	25	87	3	78	31	14	17	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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