genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  246  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69835595--69835706	54	2.1	54	93	0	188	22	25	29	23	1.99
69837382--69837558	40	4.5	40	85	4	218	25	27	22	24	2.00
69837392--69837558	79	2.1	80	84	6	216	25	26	22	24	2.00
69840213--69840254	21	2.0	21	85	0	57	26	30	28	14	1.95
69843793--69843848	28	2.0	28	82	0	67	41	7	0	51	1.29
69853602--69853741	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
69855361--69855470	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
69860190--69860229	21	1.9	21	84	0	53	15	25	27	32	1.95
69876710--69876738	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
69877141--69877304	41	4.0	41	90	1	222	35	26	18	18	1.94
69892462--69892562	27	3.7	27	81	6	114	29	16	16	36	1.92
69892881--69892915	18	1.9	18	88	0	52	22	17	17	42	1.88
69896299--69896468	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
69904394--69904563	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
69908236--69908272	16	2.3	16	100	0	74	18	10	32	37	1.86
69909911--69909980	26	2.7	26	82	4	70	34	10	27	28	1.89
69916409--69916467	28	2.1	28	90	0	91	42	6	15	35	1.73
69921396--69921466	26	2.7	26	83	10	83	29	8	23	38	1.85
69923148--69923285	50	2.7	50	93	3	224	38	13	15	32	1.86
69923120--69923295	50	3.5	50	84	6	221	36	13	14	35	1.85
69931521--69931638	43	2.8	42	79	2	128	32	26	11	29	1.92
69931521--69931671	42	3.6	42	78	3	142	31	25	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69940761--69940907	42	3.5	43	82	4	156	33	23	12	30	1.92
69943124--69943196	38	1.9	38	91	0	119	32	12	17	36	1.87
69944689--69944761	29	2.6	29	86	2	103	28	30	15	26	1.96
69944985--69945027	16	2.7	16	81	0	50	9	18	18	53	1.70
69946098--69946144	16	2.9	16	96	0	85	8	6	36	48	1.59
69950100--69950178	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
69950818--69950855	2	19.0	2	88	0	58	44	2	2	50	1.30
69958199--69958277	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
69967843--69967916	31	2.4	31	86	0	103	28	24	17	29	1.97
69968135--69968218	25	3.3	25	89	1	132	26	21	27	25	1.99
69969275--69969312	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
69969630--69969866	42	5.6	42	91	5	345	24	18	32	25	1.97
69969630--69969866	84	2.8	84	92	4	381	24	18	32	25	1.97
69969941--69970021	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
69970266--69970311	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
69975949--69976183	9	25.6	9	75	9	143	38	0	12	48	1.48
69975949--69976182	18	12.7	18	76	8	177	38	0	12	48	1.47
69975925--69976146	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
69976287--69976342	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
69976517--69976584	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
69976672--69977583	372	2.5	372	98	0	1783	37	10	15	36	1.82
69983037--69983206	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69991133--69991302	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
69995052--69995096	22	2.0	22	91	0	72	42	11	2	44	1.52
69996142--69996184	23	1.9	23	85	4	61	48	4	0	46	1.22
70006591--70006624	7	4.9	7	100	0	68	26	14	0	58	1.36
70012626--70012665	21	1.9	21	84	0	53	50	27	0	22	1.50
70013666--70013701	16	2.2	17	90	5	56	19	0	19	61	1.35
70023626--70023695	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
70031554--70031623	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
70038527--70038579	28	1.9	27	81	11	63	33	5	3	56	1.41
70038739--70038772	10	3.4	10	91	0	50	44	11	0	44	1.40
70038839--70038880	22	1.9	22	90	0	66	21	0	21	57	1.41
70038986--70039025	21	1.9	21	84	0	53	27	0	25	47	1.52
70039331--70039420	40	2.2	40	80	7	103	23	26	24	25	2.00
70047008--70047045	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70048630--70048725	26	3.7	26	90	0	156	27	20	23	28	1.99
70049526--70049609	27	3.1	27	89	3	116	21	25	21	32	1.98
70049548--70049626	27	2.9	27	90	3	115	18	24	22	34	1.97
70049671--70050007	27	12.4	27	77	10	170	31	8	20	39	1.81
70049810--70049966	80	2.0	81	85	3	219	28	8	21	41	1.83
70049648--70050034	54	7.1	54	74	7	201	32	8	20	38	1.82
70049932--70050053	27	4.5	27	88	0	154	40	7	18	33	1.78
70049932--70050053	54	2.3	54	88	0	172	40	7	18	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70054849--70054970	29	4.2	29	84	1	156	30	30	13	26	1.93
70065491--70065654	40	4.1	40	87	6	208	25	28	24	21	1.99
70068589--70068804	43	5.0	45	81	7	236	30	25	17	26	1.97
70068589--70068804	86	2.5	86	83	0	279	30	25	17	26	1.97
70078132--70078298	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
70082209--70082343	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
70082213--70082344	58	2.3	58	83	0	174	23	31	15	29	1.96
70093047--70093110	27	2.4	27	84	5	76	25	31	15	28	1.96
70096116--70096372	44	5.8	44	85	6	360	24	21	29	24	1.99
70096128--70096372	89	2.8	88	92	1	393	25	21	28	24	1.99
70100147--70100225	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
70100101--70100406	47	6.4	47	93	3	497	33	7	31	27	1.85
70100101--70100406	96	3.2	96	93	3	496	33	7	31	27	1.85
70100101--70100406	143	2.1	143	94	1	533	33	7	31	27	1.85
70102257--70102570	40	7.9	40	93	2	510	21	20	30	27	1.98
70102815--70102867	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
70106657--70106871	16	13.6	16	61	23	64	33	6	31	29	1.83
70106607--70106957	47	7.4	47	93	3	571	33	7	31	28	1.85
70108011--70108040	11	2.7	11	89	0	51	90	0	10	0	0.47
70110354--70110418	27	2.4	27	84	0	94	36	16	20	26	1.93
70110354--70110446	27	3.5	25	78	11	87	37	16	19	26	1.92
70111180--70111219	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70120272--70120694	211	2.0	211	99	0	828	30	13	21	34	1.92
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70128254--70128316	22	2.5	26	73	21	71	38	3	19	39	1.67
70128266--70128318	23	2.3	23	93	3	90	35	3	20	39	1.71
70128325--70128350	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
70133311--70133392	23	3.4	24	88	9	123	28	23	19	29	1.98
70133449--70133525	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
70133445--70133527	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
70133445--70133516	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
70133564--70133611	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
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70144889--70145058	89	1.9	90	90	3	272	28	25	22	22	1.99
70149419--70149557	27	5.2	26	86	7	172	35	21	25	17	1.95
70157509--70157684	46	3.8	46	79	10	187	22	21	27	28	1.99
70157506--70157677	93	1.8	93	91	0	281	22	22	27	27	1.99
70159788--70159830	15	2.9	15	80	13	52	11	16	16	55	1.68
70162225--70162394	45	3.7	47	80	11	199	21	22	28	27	1.99
70164348--70164442	27	3.5	26	79	13	111	40	21	22	16	1.92
70164348--70164459	27	4.1	27	77	14	106	37	22	23	16	1.94
70164348--70164459	54	2.1	54	83	6	138	37	22	23	16	1.94
70166751--70166869	41	2.8	43	78	3	143	26	12	23	37	1.90
70170907--70170988	27	3.1	26	83	3	101	39	21	20	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70173858--70173927	32	2.2	32	82	5	79	22	0	24	52	1.47
70179750--70179922	27	6.4	27	87	2	240	29	24	6	38	1.82
70179750--70179922	81	2.1	81	91	2	276	29	24	6	38	1.82
70179926--70180076	27	5.7	26	77	9	110	41	23	7	27	1.82
70179947--70180075	27	4.8	27	80	6	120	40	23	8	27	1.83
70179926--70180076	54	2.8	51	81	4	149	41	23	7	27	1.82
70180060--70180370	27	11.3	27	83	6	347	35	20	19	23	1.96
70180040--70180196	54	2.9	53	87	5	165	35	21	19	22	1.96
70180068--70180335	143	1.9	143	90	1	430	35	20	20	23	1.96
70180112--70180285	89	2.0	89	96	0	321	35	21	21	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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