genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  160  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43931314--43931366	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
43931329--43931512	54	3.4	54	82	3	217	32	9	16	42	1.80
43931302--43931540	81	2.9	82	77	6	232	31	9	18	40	1.83
43931329--43931540	27	7.8	27	80	4	192	31	8	17	41	1.81
43931304--43931621	54	5.9	54	76	4	212	30	10	18	40	1.84
43931414--43931570	27	5.8	27	83	0	134	29	8	19	42	1.81
43931607--43931682	27	2.9	27	80	2	82	32	19	14	32	1.92
43933703--43933784	33	2.8	27	85	12	92	25	26	25	21	2.00
43933666--43933771	33	3.2	33	89	0	149	30	25	18	25	1.98
43933703--43933794	28	3.1	27	80	10	85	28	25	25	21	1.99
43934035--43934128	27	3.5	26	78	5	98	24	20	17	38	1.93
43934157--43934404	53	4.6	53	79	6	207	31	7	19	41	1.79
43934143--43934417	27	10.3	27	75	8	150	30	8	18	42	1.80
43934320--43934391	25	2.8	25	80	4	81	25	5	26	43	1.76
43934431--43934494	27	2.4	27	89	0	101	32	21	15	29	1.95
43934431--43934506	27	2.8	26	86	4	98	32	23	15	27	1.95
43937409--43937458	26	1.9	27	84	8	68	26	16	20	38	1.92
43940404--43940607	40	5.2	40	91	4	326	27	26	21	23	1.99
43940404--43940607	78	2.6	80	92	3	335	27	26	21	23	1.99
43942023--43942050	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
43948518--43948721	40	5.2	40	92	3	335	27	26	22	23	1.99
43950141--43950168	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43955091--43955139	12	4.1	11	82	15	53	20	4	2	73	1.10
43962755--43962921	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
43962755--43962921	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
43968129--43968163	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
43969232--43969349	29	4.1	29	79	4	116	27	29	12	30	1.93
43973742--43973794	28	1.9	27	88	3	79	24	30	15	30	1.95
43973748--43973816	28	2.4	28	80	7	77	26	33	13	27	1.93
43994384--43994446	32	2.0	32	90	0	99	26	22	15	34	1.94
44000116--44000141	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
44002190--44002411	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
44002370--44002520	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
44002407--44002536	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
44002369--44002536	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
44004083--44004188	40	2.7	40	88	2	160	31	17	22	28	1.97
44004080--44004224	40	3.6	39	83	7	159	28	20	24	26	1.99
44004070--44004252	40	4.6	40	80	9	144	27	20	25	26	1.99
44004067--44004252	80	2.3	80	77	9	191	26	20	25	26	1.99
44012121--44012306	40	4.7	40	84	5	209	25	21	26	26	2.00
44014178--44014418	49	4.8	50	80	2	252	24	18	27	29	1.98
44018019--44018081	24	2.6	24	95	5	110	20	15	28	34	1.94
44018963--44018996	16	2.1	17	88	5	52	52	2	11	32	1.53
44020538--44020568	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44020535--44020574	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
44020568--44020607	20	2.0	20	100	0	80	45	10	0	45	1.37
44020825--44021032	55	3.9	52	79	7	211	23	24	17	35	1.95
44021369--44021427	30	2.0	30	83	6	75	30	25	6	37	1.82
44024806--44024881	37	2.1	37	100	0	152	32	21	13	32	1.91
44027891--44028076	56	3.3	56	90	0	273	28	16	22	32	1.95
44029786--44029863	37	2.1	37	100	0	156	20	32	19	28	1.97
44029966--44030088	49	2.5	49	95	0	219	29	33	10	26	1.90
44033945--44033977	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
44034788--44034842	28	1.9	29	82	10	69	27	14	7	50	1.69
44035023--44035222	44	4.6	44	75	9	178	33	24	17	25	1.96
44056920--44057037	27	4.4	27	82	2	121	42	19	15	22	1.89
44061699--44061874	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44061696--44061866	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
44064822--44064901	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
44064813--44064900	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
44067279--44067454	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
44067276--44067446	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
44072186--44072358	27	6.4	27	89	0	247	34	19	20	25	1.96
44073104--44073163	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
44074380--44074487	27	4.0	26	81	7	117	39	22	23	14	1.91
44075905--44075951	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44082186--44082292	27	3.9	28	82	9	123	38	22	23	15	1.93
44082185--44082292	54	2.0	54	85	3	146	38	22	23	15	1.92
44083712--44083758	24	2.0	24	86	0	67	23	36	2	38	1.67
44090211--44090386	46	3.8	46	76	11	180	20	19	30	29	1.97
44090207--44090379	93	1.9	93	91	0	283	20	20	30	28	1.98
44093318--44093397	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
44093309--44093396	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
44095775--44095949	46	3.8	46	79	11	205	19	21	30	28	1.98
44098810--44099036	27	8.4	27	90	0	319	35	17	20	26	1.95
44099767--44099825	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
44101311--44101513	40	5.3	40	77	13	178	29	25	20	25	1.99
44101442--44101532	40	2.3	40	96	0	164	25	24	20	29	1.99
44101449--44101566	40	3.0	40	87	5	132	25	26	22	26	2.00
44109056--44109095	18	2.1	20	86	9	57	35	2	25	37	1.69
44109149--44109484	47	7.1	47	90	2	519	29	12	31	26	1.92
44109171--44109484	145	2.2	143	93	2	533	29	12	30	26	1.93
44109317--44109439	24	5.2	24	61	24	64	28	13	32	26	1.93
44109458--44109548	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
44109694--44109802	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
44113507--44113748	40	6.1	39	82	7	251	26	26	21	26	1.99
44124670--44124846	93	1.9	92	81	5	214	29	20	27	23	1.99
44124677--44124890	48	4.5	47	73	13	138	30	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44127812--44128030	40	5.6	40	89	3	320	23	20	29	26	1.99
44127812--44128030	79	2.8	80	88	4	320	23	20	29	26	1.99
44129444--44129482	21	1.9	21	89	5	62	15	35	28	20	1.93
44131468--44131569	43	2.4	43	80	3	116	29	16	22	31	1.96
44131959--44132129	75	2.3	75	87	4	247	23	32	20	22	1.98
44133772--44133951	59	3.1	59	89	3	281	30	31	17	21	1.96
44139448--44139603	35	4.4	36	75	4	122	41	17	10	30	1.83
44144997--44145148	67	2.2	69	80	10	179	32	16	28	21	1.95
44149557--44149761	64	3.1	64	76	10	200	31	17	28	22	1.96
44154898--44154961	28	2.3	28	94	0	110	21	15	34	28	1.94
44155278--44155697	27	15.7	27	82	6	435	38	19	9	32	1.84
44155662--44155736	27	2.8	27	83	4	80	40	16	14	29	1.88
44157579--44157758	35	5.1	35	75	2	146	40	18	11	30	1.86
44161068--44161116	21	2.3	22	83	16	59	24	18	38	18	1.93
44174284--44174408	26	4.7	26	84	5	162	39	18	9	32	1.83
44174291--44174408	27	4.5	26	86	7	166	39	16	9	33	1.81
44174291--44174447	53	3.0	52	85	6	165	38	19	9	32	1.84
44174427--44174677	27	9.4	26	83	6	279	34	19	19	25	1.96
44174427--44174677	53	4.7	54	85	3	319	34	19	19	25	1.96
44174427--44174677	80	3.1	80	82	6	294	34	19	19	25	1.96
44174756--44174825	27	2.6	26	84	8	88	21	21	22	34	1.97
44174778--44174885	27	4.0	27	77	3	76	18	21	23	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44174808--44174885	27	2.9	27	79	5	79	16	19	24	39	1.91
44175002--44175091	33	3.0	28	74	14	81	23	23	26	26	2.00
44175025--44175090	33	2.0	33	90	0	105	25	21	27	25	1.99
44180537--44180712	46	3.8	46	76	10	178	20	22	28	27	1.99
44180533--44180705	93	1.9	93	90	0	274	20	23	29	26	1.99
44183618--44183661	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
44186041--44186214	45	3.8	47	79	14	193	21	21	28	28	1.99
44186046--44186219	46	3.8	45	81	12	219	21	21	28	28	1.98
44190910--44191134	48	4.7	48	91	1	335	24	16	31	28	1.97
44197319--44197448	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444