genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.337.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  337  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97342081--97342125	5	8.6	5	88	11	56	17	0	0	82	0.68
97342081--97342120	11	3.6	11	87	12	64	17	0	0	82	0.67
97342081--97342126	22	2.1	21	96	4	83	17	0	0	82	0.67
97348205--97348307	37	2.8	37	90	0	170	25	32	20	22	1.98
97348448--97349015	48	11.9	48	97	0	1030	30	29	7	33	1.84
97352316--97352664	40	9.0	40	89	6	524	27	30	21	20	1.98
97353949--97354050	37	2.8	37	89	1	161	25	32	19	22	1.97
97354192--97354646	48	9.8	48	87	7	683	30	29	6	33	1.82
97354406--97354475	33	2.1	34	97	2	133	32	28	4	34	1.77
97354359--97354523	81	2.0	82	94	2	289	32	27	5	34	1.80
97354312--97354571	128	2.0	129	95	2	470	31	28	5	33	1.81
97361945--97361975	15	2.1	15	100	0	62	35	0	0	64	0.94
97366680--97366796	59	2.0	59	98	0	225	26	13	11	48	1.76
97370283--97370424	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
97370322--97370450	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
97378290--97378456	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
97380479--97380646	46	3.6	45	73	9	133	22	30	17	29	1.96
97383718--97383964	55	4.7	53	78	8	229	35	17	24	22	1.95
97383725--97383925	108	1.8	110	85	4	282	33	16	25	23	1.96
97384165--97384195	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
97385704--97385817	26	4.4	26	80	0	111	23	17	24	34	1.96
97388242--97388306	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97388544--97388612	33	2.1	33	100	0	138	23	8	27	40	1.84
97396275--97396339	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
97399250--97399392	39	3.6	39	86	0	178	22	31	23	23	1.98
97406677--97406781	40	2.7	40	83	1	104	24	32	20	21	1.98
97417496--97417609	43	2.7	42	82	6	131	30	24	16	28	1.97
97421215--97421318	29	3.6	29	84	2	129	26	25	17	30	1.97
97430152--97430220	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97436480--97436517	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97440008--97440111	29	3.6	29	84	2	138	26	25	17	29	1.97
97442336--97442422	41	2.1	41	87	4	122	21	27	16	34	1.95
97443326--97443351	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
97445977--97446045	33	2.1	33	97	0	129	31	17	21	28	1.96
97459002--97459072	15	4.7	15	79	6	81	11	15	15	57	1.65
97465794--97465829	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
97465969--97466089	63	1.9	63	91	0	197	31	22	19	27	1.97
97469283--97469470	40	4.7	40	93	0	324	23	27	23	25	2.00
97469260--97469470	80	2.7	80	89	2	329	23	27	22	26	2.00
97479738--97479762	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
97479796--97479927	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
97479795--97479927	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
97487493--97487517	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
97487551--97487682	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97487550--97487682	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
97495299--97495430	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
97495298--97495430	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
97503398--97503466	27	2.6	27	93	4	113	18	10	26	44	1.81
97505092--97505129	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
97511394--97511462	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
97514906--97515088	40	4.7	39	82	11	223	24	22	27	26	2.00
97514907--97515086	77	2.3	80	83	8	235	24	22	27	25	2.00
97523038--97523220	39	4.6	41	82	9	204	24	22	27	25	2.00
97523073--97523239	79	2.1	79	81	6	196	26	21	27	24	1.99
97528551--97528681	55	2.4	55	80	2	138	28	31	23	16	1.96
97530558--97530616	6	10.0	6	87	8	86	16	1	0	81	0.78
97532506--97532544	13	3.0	13	100	0	78	15	30	38	15	1.88
97533749--97533793	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
97536791--97536820	12	2.5	12	94	0	51	26	16	30	26	1.97
97537111--97537161	27	1.9	26	91	0	75	27	15	21	35	1.94
97544068--97544193	47	2.7	45	83	11	157	29	19	28	22	1.98
97544071--97544432	49	7.6	49	76	9	259	28	20	28	23	1.99
97544112--97544435	142	2.3	142	80	7	372	28	20	28	22	1.99
97548197--97548411	94	2.3	91	80	5	227	24	20	29	25	1.99
97555545--97555861	48	6.7	47	70	13	136	26	20	31	22	1.98
97555737--97555862	49	2.6	48	83	7	148	26	22	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97564958--97564996	21	1.9	20	84	5	51	25	28	33	12	1.93
97566501--97566649	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
97566542--97566649	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
97569452--97569711	46	5.6	47	77	8	173	25	28	17	28	1.98
97569548--97569717	94	1.8	92	85	7	236	25	29	17	27	1.98
97572638--97572779	27	5.3	26	75	10	126	30	10	19	39	1.85
97572636--97572779	54	2.7	51	82	4	153	31	10	18	39	1.85
97575041--97575118	31	2.5	31	91	2	131	26	24	17	30	1.97
97575142--97575233	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
97575381--97575450	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
97576357--97576554	27	7.3	27	74	7	114	31	7	19	41	1.79
97576533--97576879	27	12.9	27	86	1	408	40	7	22	29	1.81
97576533--97576889	81	4.4	81	89	0	453	40	7	22	29	1.80
97576884--97576973	27	3.3	26	86	6	101	33	11	17	37	1.85
97576857--97576978	54	2.2	54	78	7	131	34	9	18	37	1.83
97576533--97576930	81	4.9	81	82	4	365	39	7	22	30	1.82
97576884--97576988	27	3.9	27	79	9	90	35	10	17	37	1.84
97582741--97582825	22	3.4	25	79	12	95	18	29	22	29	1.98
97582713--97582799	25	3.7	23	80	13	88	22	29	18	28	1.97
97588816--97588849	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
97590882--97590955	37	2.0	37	91	0	121	63	8	6	21	1.45
97593365--97593436	22	3.3	22	71	21	78	55	18	2	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97593348--97593441	44	2.2	44	98	1	181	54	14	5	25	1.62
97601762--97601821	30	2.0	30	83	6	77	38	3	26	31	1.73
97602343--97602397	27	2.0	27	96	0	101	36	5	20	38	1.75
97602472--97602668	100	2.0	101	92	4	335	26	18	25	29	1.98
97602486--97602673	49	3.8	49	80	6	236	27	18	25	29	1.98
97606562--97606589	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
97608804--97608979	6	29.3	6	94	1	300	49	16	1	32	1.53
97611987--97612151	46	3.6	46	91	0	267	24	26	18	30	1.97
97613474--97613521	18	2.5	19	90	6	71	27	29	0	43	1.55
97631516--97631551	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
97631736--97631779	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
97636266--97636306	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
97641700--97641908	41	5.1	40	83	6	190	39	23	19	17	1.92
97641731--97641908	82	2.2	82	84	5	227	38	24	20	16	1.92
97642072--97642153	21	3.8	21	72	15	76	28	1	24	46	1.60
97642222--97642326	7	14.7	7	71	13	63	20	0	40	39	1.52
97643612--97643642	15	2.1	15	93	0	53	6	25	12	54	1.62
97644858--97644903	23	2.0	23	83	8	58	30	0	21	47	1.51
97644901--97644941	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
97645303--97645748	23	19.4	23	76	9	369	34	6	23	36	1.80
97645319--97645746	92	4.7	90	83	6	475	33	6	22	36	1.80
97645601--97645655	24	2.3	23	84	3	65	41	5	16	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97647643--97647689	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
97648005--97648029	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
97651026--97651089	20	3.1	20	82	13	76	9	17	0	73	1.08
97651310--97651361	27	1.9	27	85	14	72	65	1	30	1	1.14
97653460--97653735	137	2.0	137	99	0	543	31	24	19	25	1.98
97653983--97654035	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
97655520--97655603	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
97663449--97663536	42	2.1	42	97	0	167	32	14	20	31	1.93
97666700--97666747	23	2.1	23	84	0	60	45	0	8	45	1.33
97669345--97669382	13	2.7	14	84	12	51	13	10	13	63	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444