genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21481050--21481489	138	3.2	138	79	5	451	33	18	17	30	1.94
21480884--21481300	182	2.3	182	75	8	409	32	17	20	29	1.95
21480818--21481443	320	2.0	320	88	1	950	32	17	19	30	1.95
21481733--21481759	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
21483158--21483189	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
21484430--21484463	17	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
21492479--21492573	40	2.4	39	80	7	111	29	15	30	24	1.96
21493106--21493235	67	2.0	62	84	10	163	50	5	3	41	1.41
21496835--21496937	46	2.3	46	82	9	117	27	12	26	33	1.92
21496868--21496967	46	2.2	46	81	3	112	30	12	22	36	1.90
21497191--21497239	24	2.0	24	96	0	89	40	8	18	32	1.80
21498860--21498948	39	2.2	39	84	4	106	32	14	31	21	1.93
21500509--21500633	19	6.9	18	76	17	91	37	10	15	36	1.81
21500516--21500633	35	3.3	35	93	3	191	38	11	14	36	1.81
21501881--21502003	26	4.8	26	87	3	178	29	22	21	26	1.99
21501881--21502003	51	2.4	51	91	1	201	29	22	21	26	1.99
21502053--21502147	20	4.8	20	93	5	151	34	18	9	36	1.84
21502053--21502128	11	7.5	11	71	16	74	32	19	10	36	1.86
21502065--21502117	9	5.4	9	75	16	52	35	20	7	35	1.81
21507489--21507694	27	7.6	27	86	1	144	34	22	8	34	1.84
21507500--21507657	54	2.9	54	85	0	208	30	21	8	39	1.84
21507608--21507926	54	5.9	54	75	5	243	40	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21507487--21507671	81	2.3	81	75	0	199	33	21	8	36	1.84
21507622--21507857	27	8.8	27	78	5	219	40	22	8	28	1.83
21507610--21507880	27	10.0	27	74	11	122	39	22	8	28	1.83
21507622--21507884	81	3.3	81	85	7	324	40	21	8	28	1.83
21507893--21507944	27	1.9	27	88	7	79	38	9	15	36	1.80
21508011--21508111	27	3.7	27	93	2	159	31	20	25	21	1.98
21508443--21508490	20	2.4	20	100	0	96	25	18	35	20	1.95
21508939--21509113	26	6.8	26	86	0	237	27	22	22	27	1.99
21508939--21509113	52	3.4	52	92	1	291	27	22	22	27	1.99
21509258--21509349	42	2.2	42	88	0	130	30	13	21	34	1.91
21509372--21509445	29	2.5	29	86	4	103	32	17	20	29	1.95
21511712--21511830	27	4.4	27	89	0	157	27	21	9	42	1.83
21511821--21512064	27	9.1	26	77	6	114	40	20	8	30	1.82
21511859--21512151	27	10.8	27	78	4	241	38	18	10	32	1.84
21511859--21512040	81	2.3	81	92	0	303	40	19	8	31	1.82
21511859--21512064	81	2.5	80	88	5	299	40	18	9	31	1.82
21512182--21512273	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
21513073--21513246	26	6.8	26	84	5	230	27	21	22	28	1.99
21513073--21513246	52	3.4	52	92	3	284	27	21	22	28	1.99
21513391--21513482	42	2.2	42	88	0	130	29	15	20	34	1.93
21513506--21513584	31	2.5	31	89	0	104	31	13	24	30	1.94
21517782--21517919	51	2.7	51	93	2	235	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517788--21517932	25	5.7	26	85	2	188	28	22	22	26	1.99
21517982--21518038	20	3.0	20	85	10	66	33	19	7	40	1.78
21517997--21518038	18	2.2	20	87	12	61	35	19	7	38	1.79
21520468--21520492	13	1.9	13	100	0	50	16	8	20	56	1.65
21523676--21523701	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21525180--21525228	19	2.6	19	93	3	82	85	0	8	6	0.73
21525180--21525237	18	3.2	18	88	9	82	86	0	8	5	0.71
21525180--21525244	9	7.4	9	79	6	71	86	0	9	4	0.71
21526180--21526306	43	3.0	41	74	17	116	32	22	22	22	1.98
21526433--21527356	207	4.5	207	92	0	1499	29	18	23	28	1.97
21526433--21527356	415	2.2	414	92	0	1535	29	18	23	28	1.97
21527731--21527880	18	8.4	19	87	10	147	38	12	12	36	1.82
21527747--21527882	35	3.8	37	88	6	208	38	12	13	36	1.82
21527739--21527882	53	2.7	54	93	3	245	38	11	13	36	1.82
21527747--21527882	18	7.6	18	90	5	204	38	12	13	36	1.82
21554428--21554478	21	2.5	20	83	3	57	35	9	21	33	1.86
21558117--21558198	43	1.9	43	92	0	137	34	8	28	29	1.87
21568584--21568622	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
21569652--21569749	41	2.6	38	84	10	114	21	23	22	32	1.98
21571356--21571433	35	2.3	35	97	2	149	35	17	14	32	1.90
21580479--21580652	43	4.1	43	83	1	215	33	24	18	24	1.97
21580476--21580633	85	1.9	85	87	0	235	31	24	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21580945--21580992	21	2.3	21	100	0	96	0	58	18	22	1.39
21582953--21583063	27	4.1	26	81	7	114	37	21	22	18	1.94
21584482--21584528	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
21588047--21588074	12	2.3	12	100	0	56	10	50	14	25	1.75
21589396--21589502	27	3.9	27	82	9	128	37	21	23	17	1.94
21589395--21589499	54	1.9	54	86	3	149	38	20	22	18	1.94
21596064--21597306	464	2.6	470	97	2	2304	41	11	10	36	1.76
21601688--21601719	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
21601655--21601700	23	1.9	24	86	8	67	45	0	0	54	0.99
21602687--21602895	41	5.1	40	88	2	249	21	22	20	35	1.96
21602687--21602895	81	2.6	80	85	4	249	21	22	20	35	1.96
21604819--21604865	24	2.0	24	86	0	67	34	2	38	25	1.68
21606277--21606381	27	3.9	27	79	9	117	18	22	21	37	1.94
21614108--21614214	27	3.9	27	79	9	119	16	22	24	36	1.94
21621648--21621709	19	3.2	19	88	4	88	38	9	14	37	1.79
21628155--21628215	23	2.7	22	82	2	77	47	1	0	50	1.10
21629536--21629597	21	3.0	21	75	0	70	17	24	24	33	1.96
21630286--21630389	26	4.2	26	85	8	153	33	7	22	36	1.83
21630286--21630389	48	2.1	49	89	7	156	33	7	22	36	1.83
21631823--21631897	26	2.8	26	87	4	78	36	22	10	30	1.88
21631834--21631897	26	2.4	27	89	5	94	32	25	12	29	1.92
21632002--21632167	27	6.2	26	81	8	190	18	23	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21632002--21632167	54	3.1	54	89	3	246	18	23	22	36	1.95
21637401--21637455	26	2.2	25	96	3	101	30	7	27	34	1.84
21639049--21639215	27	6.2	26	81	7	190	16	23	23	36	1.94
21639049--21639215	54	3.1	54	90	1	255	16	23	23	36	1.94
21639049--21639215	81	2.1	81	84	6	214	16	23	23	36	1.94
21643521--21643549	14	2.1	14	100	0	58	17	13	6	62	1.52
21647195--21647291	44	2.2	45	83	1	115	29	22	19	27	1.98
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21672066--21672127	25	2.4	25	78	2	70	38	16	1	43	1.57
21673091--21673135	21	2.1	21	95	0	81	40	6	20	33	1.78
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21677975--21678021	13	3.5	13	83	11	51	87	2	8	2	0.71
21685958--21686103	40	3.7	40	83	3	186	31	24	15	28	1.95
21689286--21689320	18	2.0	18	94	5	63	22	40	14	22	1.90
21689430--21689459	12	2.5	12	94	0	51	23	46	20	10	1.80
21689799--21689829	14	2.3	14	94	5	55	80	0	6	12	0.89
21692413--21692466	16	3.5	16	69	16	51	50	1	5	42	1.36
21693941--21693983	18	2.4	18	92	0	68	41	9	11	37	1.74
21694010--21694065	29	1.9	29	100	0	112	41	7	12	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21704510--21704569	14	4.5	15	71	26	62	53	0	0	46	1.00
21704524--21704579	23	2.4	23	88	5	78	51	0	1	46	1.11
21704498--21704569	36	1.9	37	86	8	101	51	0	0	48	1.00
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21726511--21726549	2	19.5	2	94	0	69	46	2	0	51	1.14
21740704--21740753	25	2.1	23	82	10	57	76	2	10	12	1.11
21741344--21741384	2	20.5	2	94	0	73	51	2	0	46	1.14
21749867--21749933	34	2.0	34	100	0	134	13	50	17	17	1.77
21752277--21752434	74	2.1	74	97	0	298	24	22	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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