genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  237  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67044587--67044762	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
67044583--67044754	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
67054270--67054313	22	2.0	22	100	0	88	50	13	13	22	1.77
67055492--67055618	27	4.9	27	73	11	106	40	14	15	28	1.87
67055549--67055590	21	2.0	21	90	0	66	38	4	19	38	1.73
67066148--67066322	46	3.8	45	78	13	196	29	29	20	21	1.98
67066156--67066325	92	1.8	93	92	1	288	28	29	20	21	1.98
67069927--67070082	39	4.0	40	90	1	210	23	20	32	24	1.98
67069937--67070120	79	2.3	78	80	7	194	23	20	30	25	1.98
67077794--67077949	39	4.0	40	90	1	210	23	20	31	24	1.98
67077804--67077987	78	2.3	78	80	7	194	23	20	30	25	1.99
67082593--67082763	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
67082585--67082760	46	3.8	46	79	10	205	29	28	20	21	1.98
67088101--67088161	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67091866--67091934	27	2.6	27	88	4	104	30	11	27	30	1.92
67091888--67091946	27	2.2	27	81	6	66	32	13	22	32	1.92
67100360--67100609	27	9.3	27	82	0	266	25	17	20	36	1.94
67100566--67100825	27	9.7	27	76	5	204	28	8	22	39	1.84
67100631--67100825	80	2.4	81	86	0	257	29	8	21	40	1.83
67104708--67104732	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
67115671--67115730	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
67115725--67115756	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67116494--67116742	27	9.3	27	87	0	293	24	19	19	36	1.95
67116523--67116728	107	1.9	107	92	0	349	25	19	18	36	1.95
67116765--67116982	27	8.2	27	82	5	239	27	8	22	41	1.82
67116738--67116982	53	4.6	53	80	3	260	29	8	22	40	1.83
67116765--67116982	80	2.7	78	81	8	244	27	8	22	41	1.82
67124922--67125052	29	4.6	29	93	2	203	25	32	16	25	1.96
67126385--67126410	11	2.4	11	100	0	52	42	26	7	23	1.81
67134689--67134733	22	2.0	22	83	8	56	44	8	20	26	1.80
67135942--67136062	29	4.2	28	72	10	93	26	12	28	32	1.92
67139143--67139182	5	8.6	5	94	5	59	20	0	0	80	0.72
67142162--67142267	29	3.7	29	91	3	153	26	16	31	26	1.96
67154178--67154203	11	2.4	11	100	0	52	38	26	7	26	1.83
67154219--67154275	27	2.2	26	81	6	69	26	17	22	33	1.96
67154230--67154295	28	2.4	28	89	2	98	24	19	21	34	1.96
67156826--67156861	18	2.0	18	94	0	63	44	19	11	25	1.83
67161862--67162032	46	3.7	46	75	17	185	21	21	27	29	1.98
67161859--67162027	91	1.8	93	92	5	290	21	21	28	28	1.98
67170818--67170947	24	5.4	24	92	2	199	30	21	21	26	1.98
67170818--67170940	47	2.6	47	93	1	201	30	21	20	27	1.98
67171930--67172102	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
67171927--67172097	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
67174579--67174644	28	2.4	28	92	2	107	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67175860--67175901	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
67176612--67176796	40	4.7	40	81	7	209	24	22	26	26	2.00
67176613--67176796	79	2.3	81	82	7	225	25	22	26	26	2.00
67176695--67176810	40	2.9	40	82	6	112	26	21	26	25	1.99
67176613--67176829	79	2.7	79	79	7	174	26	21	26	26	1.99
67183465--67183572	56	1.9	56	87	7	157	32	24	16	26	1.96
67185710--67185769	27	2.2	27	85	5	77	25	16	25	33	1.96
67186815--67186856	16	2.6	16	100	0	84	52	0	35	11	1.38
67189973--67190132	46	3.5	46	69	17	132	30	28	18	22	1.97
67192364--67192514	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
67192401--67192530	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
67203514--67203665	40	3.8	40	78	8	132	23	22	28	26	1.99
67205224--67205248	12	2.1	12	100	0	50	32	52	16	0	1.44
67211278--67211432	79	2.0	79	87	5	224	25	30	20	23	1.98
67211278--67211432	39	3.9	40	87	0	206	25	30	20	23	1.98
67221935--67222101	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
67221951--67222101	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
67222927--67222972	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
67224492--67224650	43	3.7	43	76	9	155	29	25	20	24	1.99
67225221--67225276	29	2.0	28	82	10	69	26	25	25	23	2.00
67236166--67236203	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
67237831--67237899	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67244172--67244209	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
67245837--67245905	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
67260696--67260803	27	4.0	27	83	10	132	37	21	24	16	1.93
67260696--67260803	54	2.0	53	89	1	162	37	21	24	16	1.93
67262214--67262284	24	3.0	24	85	4	90	23	38	4	33	1.75
67265964--67265998	14	2.5	14	95	0	61	45	20	14	20	1.85
67268571--67268680	27	4.1	27	87	5	152	37	22	24	15	1.93
67270095--67270195	24	4.2	24	96	0	166	23	40	1	33	1.66
67270727--67270874	29	5.4	27	88	2	181	39	21	15	22	1.91
67275844--67275944	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
67283794--67283894	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
67288902--67289051	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
67288926--67289109	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
67291479--67291684	27	7.6	27	88	2	279	33	14	16	35	1.89
67291687--67291754	27	2.5	27	80	2	64	33	25	19	22	1.97
67291714--67291769	27	2.1	27	86	6	78	35	23	23	17	1.95
67292085--67292127	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
67294559--67294584	8	3.2	8	100	0	52	26	38	0	34	1.57
67296928--67296955	12	2.3	12	100	0	56	46	0	14	39	1.44
67303984--67304180	55	3.7	53	80	2	178	37	19	23	19	1.94
67309604--67309735	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
67318165--67318205	21	2.0	20	85	4	55	24	19	36	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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67334541--67334616	33	2.4	31	84	4	89	63	19	2	14	1.42
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67340379--67340506	57	2.2	57	84	0	166	31	0	21	46	1.57
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67347593--67347717	54	2.3	53	77	10	128	29	24	9	36	1.87
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67347741--67347890	53	2.8	54	79	7	164	42	21	7	29	1.80
67347846--67347953	27	3.9	27	77	11	103	42	18	7	31	1.78
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67348870--67348925	24	2.2	26	84	6	71	32	23	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67348882--67348935	25	2.2	25	90	6	83	25	29	20	24	1.99
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67363481--67363674	39	4.9	39	92	0	289	22	20	31	24	1.98
67363498--67363712	78	2.7	78	86	5	245	23	21	31	23	1.98
67365436--67365520	27	3.1	27	85	6	118	20	16	21	42	1.89
67365512--67365693	27	6.7	27	90	0	274	37	15	14	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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