genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.398.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  398  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115635377--115635402	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
115647206--115647295	39	2.3	38	88	3	135	35	33	17	13	1.89
115647698--115647735	17	2.2	18	90	4	60	13	44	23	18	1.85
115654817--115655005	29	6.6	29	91	1	299	26	15	32	25	1.95
115654818--115655007	86	2.2	87	90	0	283	27	15	32	24	1.95
115654817--115655063	115	2.1	116	81	5	286	25	15	33	25	1.95
115658538--115658636	45	2.2	46	83	5	121	27	23	18	31	1.97
115658561--115658642	23	3.6	22	91	3	128	29	23	17	30	1.97
115667755--115667831	31	2.5	31	84	0	100	18	25	29	25	1.98
115682138--115682165	13	2.2	13	100	0	56	21	14	10	53	1.70
115689904--115689935	10	3.1	10	91	8	55	0	9	0	90	0.45
115689904--115689935	11	3.0	11	95	4	57	0	9	0	90	0.45
115691025--115691076	26	2.0	26	88	3	79	50	1	7	40	1.42
115692035--115692075	21	2.0	20	95	4	73	68	26	0	4	1.10
115692031--115692082	23	2.3	22	86	3	68	63	28	0	7	1.22
115692037--115692105	21	3.2	21	83	8	68	59	28	1	10	1.39
115692261--115692287	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
115692591--115692775	44	4.2	44	71	8	142	26	22	18	32	1.97
115692571--115692736	88	1.9	88	84	2	226	25	21	19	33	1.97
115692721--115692834	59	1.9	59	96	0	210	30	20	18	30	1.96
115692780--115693580	44	18.3	43	71	12	458	26	22	19	31	1.98
115692780--115693607	175	4.7	175	78	8	840	26	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115692948--115693602	132	5.0	132	96	0	1199	26	22	19	31	1.98
115693856--115694394	42	12.4	42	74	12	312	20	21	22	35	1.96
115693888--115694217	131	2.5	132	91	1	522	19	21	22	36	1.95
115693888--115694394	87	5.8	86	75	8	366	19	22	22	35	1.96
115693803--115694406	303	2.0	305	84	5	794	20	22	21	35	1.96
115694458--115694584	66	1.9	66	98	0	245	36	11	18	33	1.88
115695686--115695734	8	6.0	8	78	21	57	0	0	14	85	0.59
115695731--115695766	6	6.0	6	100	0	72	0	33	16	50	1.46
115698548--115698594	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
115700994--115701160	39	4.1	40	66	23	91	59	5	4	29	1.40
115701411--115701496	3	28.3	3	73	19	65	65	1	3	30	1.17
115701411--115701493	12	6.8	12	76	16	73	65	1	3	30	1.17
115701416--115701496	18	4.4	18	79	13	76	65	1	3	29	1.17
115701411--115701497	27	3.4	27	71	19	78	65	1	3	29	1.16
115701826--115701917	22	4.2	22	76	14	82	58	30	1	9	1.37
115701822--115701872	21	2.3	23	86	10	79	62	29	0	7	1.23
115701828--115701895	21	3.2	20	83	12	66	58	29	1	10	1.40
115702050--115702076	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
115707036--115707075	20	2.0	20	100	0	80	45	20	20	15	1.86
115709259--115709319	27	2.1	29	88	8	90	40	1	8	49	1.42
115710617--115710763	39	3.8	39	85	0	204	40	10	12	36	1.78
115710617--115710767	78	1.9	78	91	0	248	39	9	13	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115714865--115714994	61	2.1	61	81	9	158	38	12	6	43	1.67
115715138--115715170	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
115719710--115719805	29	3.4	29	69	13	83	47	5	3	43	1.41
115719691--115719805	57	2.0	57	94	1	205	47	4	2	45	1.36
115721138--115721185	25	1.9	25	83	8	62	37	2	0	60	1.09
115724914--115724964	6	8.0	6	83	12	66	15	1	3	78	0.99
115724883--115724964	42	2.0	39	83	6	101	15	3	6	74	1.16
115732877--115732933	6	9.0	6	84	7	69	75	3	1	19	1.04
115733795--115733838	23	1.9	23	100	0	88	18	27	25	29	1.98
115734689--115734763	5	14.2	5	72	18	55	72	2	2	22	1.11
115734693--115734765	21	3.4	21	77	19	55	71	2	4	21	1.16
115737952--115737985	14	2.3	15	90	5	52	79	2	0	17	0.86
115737952--115737985	5	7.0	5	86	6	52	79	2	0	17	0.86
115740270--115740387	59	2.0	59	88	0	173	52	11	4	32	1.56
115745223--115745262	18	2.3	18	82	4	55	75	0	2	22	0.93
115753449--115753535	43	2.0	43	100	0	174	26	25	16	32	1.96
115762960--115763096	40	3.5	40	87	3	179	24	20	30	24	1.98
115765942--115765966	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
115772441--115772500	29	2.1	29	83	0	75	41	16	10	31	1.81
115773090--115773129	19	2.1	19	86	9	55	35	0	2	62	1.09
115774257--115774288	15	2.1	15	94	0	55	71	3	6	18	1.20
115774712--115774765	21	2.6	21	85	2	65	74	11	5	9	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115774743--115774782	13	3.1	13	77	0	53	77	12	5	5	1.09
115774730--115774782	26	2.1	25	86	6	72	75	13	5	5	1.16
115780215--115780262	22	2.2	22	92	0	78	41	8	14	35	1.76
115782997--115783172	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
115782994--115783165	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
115790563--115790738	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
115790560--115790731	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
115792370--115792401	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
115792670--115792713	7	6.4	7	92	2	72	38	0	0	61	0.96
115793611--115793677	33	2.0	33	100	0	134	26	14	19	38	1.91
115795417--115795442	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
115796503--115796538	15	2.2	18	80	19	51	58	0	13	27	1.36
115796505--115796538	17	2.1	17	89	10	54	58	0	14	26	1.36
115799041--115799068	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
115801756--115801810	29	1.9	28	92	3	92	30	25	20	23	1.98
115811390--115811494	46	2.2	50	84	6	137	37	15	22	24	1.93
115817257--115817281	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
115821161--115821189	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
115822218--115822249	6	5.3	6	96	0	55	84	0	12	3	0.74
115822198--115822249	18	2.9	17	82	8	59	80	0	11	7	0.89
115827636--115827662	11	2.5	11	100	0	54	22	7	0	70	1.12
115830190--115830335	55	2.6	56	82	8	161	47	6	17	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115830237--115830351	55	2.1	57	81	6	137	50	6	17	26	1.69
115832514--115832543	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
115832543--115832569	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
115841176--115841245	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
115841176--115841257	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
115845778--115846160	67	5.8	66	79	5	369	37	15	22	23	1.93
115845782--115846101	132	2.4	133	83	3	412	38	16	21	23	1.93
115849461--115849587	47	2.7	45	79	11	141	22	29	20	27	1.99
115851334--115851379	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
115851341--115851385	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
115854636--115854664	14	2.1	14	100	0	58	20	13	24	41	1.89
115859108--115859153	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
115859115--115859159	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
115861927--115862039	48	2.4	47	88	4	156	33	27	15	23	1.95
115871724--115871807	28	3.0	28	83	1	105	22	16	5	54	1.63
115871830--115871871	18	2.3	18	100	0	84	21	23	45	9	1.81
115872502--115872536	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
115875409--115875472	25	2.4	27	82	12	78	20	20	4	54	1.62
115875409--115875472	26	2.4	26	80	17	69	20	20	4	54	1.62
115875953--115876024	22	3.2	22	67	11	56	26	20	16	36	1.94
115875944--115876031	45	2.0	45	86	0	122	25	23	15	35	1.95
115880900--115880951	26	2.0	26	85	11	70	51	1	7	38	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115881228--115881282	19	2.9	20	75	17	55	61	0	1	36	1.06
115881661--115881726	13	5.1	13	77	3	71	31	7	24	36	1.83
115892720--115892885	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
115892720--115892890	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
115900204--115900369	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
115900204--115900374	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
115912187--115912354	20	8.4	19	75	10	133	40	3	1	54	1.25
115912187--115912354	10	16.9	9	70	17	86	40	3	1	54	1.25
115912196--115912334	58	2.3	60	79	11	153	39	3	1	55	1.26
115918724--115918781	29	2.0	29	100	0	116	41	6	10	41	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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