genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  38  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9379179--9379344	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
9379151--9379559	221	1.9	211	83	6	532	26	15	20	37	1.93
9379409--9379714	75	4.0	75	85	4	371	29	17	20	32	1.96
9379636--9379808	94	1.8	94	85	2	240	28	20	19	31	1.97
9379562--9379868	171	1.8	168	87	3	454	29	18	20	30	1.96
9379730--9379933	79	2.6	77	82	1	246	31	17	19	31	1.95
9379888--9380049	88	1.8	88	86	2	236	25	17	20	35	1.95
9379487--9380304	255	3.3	241	82	8	861	28	16	19	35	1.94
9380078--9380137	30	2.0	30	90	6	95	20	6	28	45	1.76
9380977--9381009	7	4.7	7	96	0	57	90	0	9	0	0.44
9384808--9384846	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
9386622--9386650	15	1.9	15	100	0	58	79	0	6	13	0.93
9388633--9388881	77	3.2	76	80	5	250	47	10	10	31	1.71
9388627--9389334	79	8.9	80	82	6	574	49	11	9	30	1.70
9389197--9389319	40	3.1	40	62	11	90	52	12	8	26	1.66
9392524--9392574	27	1.9	26	84	11	68	41	15	1	41	1.58
9400737--9400810	28	2.7	27	72	15	71	29	8	2	59	1.40
9401046--9401109	26	2.5	25	80	7	74	29	0	3	67	1.06
9401023--9401124	24	4.4	23	74	16	95	31	1	3	62	1.24
9405362--9405395	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
9407117--9407181	28	2.3	28	87	10	89	33	1	0	64	1.03
9407878--9407916	2	19.5	2	83	0	51	53	5	0	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9412023--9412130	26	4.2	26	92	0	189	34	25	8	32	1.86
9417357--9417466	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
9418925--9418973	25	1.9	26	83	4	64	38	22	14	24	1.91
9422677--9422786	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
9423524--9423630	42	2.5	43	75	3	117	28	16	24	29	1.97
9425334--9425423	35	2.6	35	81	0	99	34	17	12	35	1.87
9426266--9426327	30	2.1	30	93	0	106	27	1	11	59	1.41
9427687--9427711	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
9427846--9427875	15	1.9	16	93	6	53	40	10	10	40	1.72
9430859--9430954	30	3.3	29	78	12	90	35	1	6	57	1.31
9430863--9430955	38	2.4	39	75	13	95	35	1	5	58	1.28
9431463--9431497	12	2.9	12	86	0	52	5	14	14	65	1.44
9431460--9431514	24	2.3	24	74	0	56	10	10	10	67	1.43
9434859--9435017	27	5.9	26	81	7	140	34	22	24	18	1.96
9434901--9435017	54	2.2	54	93	0	198	34	24	24	16	1.95
9436638--9436745	26	4.2	26	97	0	198	36	25	7	31	1.83
9437486--9437546	3	20.3	3	93	6	106	68	0	0	31	0.89
9437545--9437582	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
9437644--9437690	24	2.0	24	100	0	94	59	0	17	23	1.37
9437820--9437947	4	31.0	4	69	9	60	65	3	10	21	1.36
9440647--9440700	23	2.6	20	78	18	65	33	9	20	37	1.84
9440647--9440711	22	3.0	21	75	14	62	30	7	20	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9440641--9440964	169	1.9	169	92	1	551	29	13	19	38	1.89
9444976--9445008	16	2.2	15	89	10	50	0	9	18	72	1.10
9447810--9447859	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
9452214--9452319	54	1.9	55	84	5	144	49	3	4	42	1.42
9453045--9453075	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
9453568--9453599	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
9453569--9453599	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
9458018--9458049	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
9458019--9458049	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
9459636--9459669	17	2.0	17	100	0	68	52	5	5	35	1.50
9459902--9459936	16	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
9462429--9462477	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
9463643--9463689	23	2.0	23	84	8	60	29	10	4	55	1.53
9464125--9464171	12	4.4	11	75	24	55	51	0	0	48	1.00
9464614--9464658	23	2.0	23	83	12	58	35	2	2	60	1.22
9465239--9465275	15	2.5	15	95	4	67	29	0	8	62	1.24
9465818--9465922	25	4.2	25	86	7	151	54	1	1	41	1.22
9465818--9465914	49	2.0	49	93	4	169	53	2	1	43	1.19
9465945--9466013	31	2.2	31	84	5	86	49	7	4	39	1.50
9465963--9466039	31	2.6	29	76	13	77	49	9	2	38	1.48
9468469--9468502	18	1.9	18	88	5	52	70	2	8	17	1.25
9468507--9468535	12	2.4	12	100	0	58	55	13	0	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9469079--9469144	12	5.4	12	74	5	53	4	13	1	80	0.94
9470983--9471047	18	3.3	18	73	19	58	60	6	7	26	1.48
9471117--9471156	19	2.0	19	85	9	53	57	2	7	32	1.40
9471228--9471289	13	5.2	13	78	21	73	54	4	1	38	1.31
9471234--9471289	24	2.4	23	88	11	87	55	3	1	39	1.28
9471238--9471304	23	3.2	20	74	13	64	58	2	1	37	1.23
9471277--9471327	22	2.4	22	83	3	59	56	3	1	37	1.29
9471231--9471326	43	2.3	43	80	8	101	56	3	2	38	1.27
9471231--9471333	41	2.4	43	78	13	106	55	3	2	37	1.33
9471485--9471517	16	2.0	17	94	5	59	63	0	6	30	1.18
9472108--9472149	18	2.3	18	80	8	50	21	2	0	76	0.90
9472807--9472960	45	3.4	45	88	0	209	27	22	16	33	1.96
9473075--9473578	43	11.5	44	67	9	246	19	24	21	35	1.96
9473066--9473588	89	6.0	87	86	3	667	19	23	21	35	1.96
9473065--9473587	87	6.0	89	86	3	679	19	23	21	34	1.96
9473065--9473584	264	2.0	262	86	3	733	19	24	21	35	1.96
9485729--9485788	19	3.1	18	72	21	57	58	5	8	28	1.48
9485857--9485895	18	2.1	18	85	9	51	56	2	7	33	1.41
9485967--9486029	11	5.9	11	77	17	53	53	6	1	38	1.36
9485953--9486024	35	2.1	34	87	10	103	52	5	4	37	1.44
9485970--9486063	40	2.3	43	83	7	115	56	4	2	37	1.31
9490023--9490075	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9491561--9491670	26	4.2	26	97	0	193	36	25	5	32	1.79
9492313--9492434	23	5.1	23	87	11	158	54	3	0	42	1.17
9492315--9492442	25	5.2	24	92	5	197	55	3	0	40	1.21
9493148--9493175	12	2.3	12	100	0	56	67	10	0	21	1.20
9495672--9495877	112	1.8	113	84	3	281	32	22	10	34	1.88
9497216--9497272	27	2.1	27	93	6	98	33	17	10	38	1.84
9503475--9503521	21	2.2	21	88	0	67	29	17	27	25	1.97
9503671--9503717	21	2.2	21	88	0	67	29	17	27	25	1.97
9503473--9503866	196	2.0	196	99	0	779	31	18	28	21	1.97
9507685--9507768	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
9509240--9509291	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
9509539--9509825	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
9513611--9513694	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
9515474--9515760	137	2.1	137	98	0	547	24	19	25	31	1.98
9516669--9516751	43	1.9	43	100	0	166	37	21	2	38	1.67
9517486--9517530	22	2.0	22	100	0	90	40	4	15	40	1.67
9517816--9517852	15	2.4	16	95	4	67	51	10	0	37	1.37
9520798--9520895	32	3.0	32	90	1	151	35	12	12	39	1.80
9526105--9526137	17	1.9	17	93	0	57	45	0	15	39	1.46
9533066--9533154	46	1.9	46	86	4	126	29	20	14	35	1.92
9538625--9538676	27	1.9	27	100	0	104	36	1	11	50	1.50
9539510--9539654	60	2.4	61	77	6	154	39	14	5	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9541945--9541971	10	2.7	10	100	0	54	18	0	0	81	0.69
9547022--9547088	25	2.8	24	84	8	91	52	7	7	32	1.58
9547059--9547122	32	2.0	31	82	8	76	57	4	6	31	1.44
9547183--9547397	23	8.8	23	77	14	177	57	5	4	33	1.41
9547293--9547397	11	8.9	10	70	26	57	61	4	2	30	1.31
9547508--9547546	18	2.2	18	90	0	60	61	0	2	35	1.10
9547581--9547625	19	2.5	19	82	7	58	66	0	0	33	0.92
9547586--9547642	25	2.3	25	85	8	73	61	1	3	33	1.23
9549249--9549404	44	3.5	42	77	10	143	26	25	18	28	1.98
9549342--9549436	44	2.1	45	92	1	156	26	26	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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