Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  45  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11053004--11053055
22
2.4
22
80
3
70
26
1
23
48
1.62
11053075--11053107
7
4.7
7
100
0
66
12
0
45
42
1.41
11053075--11053115
21
2.0
21
90
9
66
14
2
43
39
1.59
11053234--11053296
19
3.3
19
93
2
99
68
4
4
22
1.28
11053321--11053372
15
3.5
15
78
5
61
21
0
32
46
1.52
11054008--11054078
35
2.0
35
84
10
92
23
15
11
49
1.77
11055166--11055201
18
2.0
18
100
0
72
27
11
22
38
1.88
11057093--11057194
23
4.4
23
87
2
143
38
3
18
39
1.69
11057093--11057196
46
2.3
46
91
3
165
37
3
18
40
1.69
11057675--11057817
42
3.4
42
83
0
169
20
15
30
32
1.94
11073570--11073630
22
2.9
21
80
9
70
59
4
3
32
1.35
11073577--11073653
22
3.4
22
79
16
70
57
6
3
32
1.43
11073577--11073655
25
3.5
22
74
15
72
56
6
3
32
1.42
11073663--11073687
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
11073747--11073793
23
2.1
22
84
7
60
53
6
4
36
1.46
11073792--11073826
3
11.7
3
100
0
70
34
31
0
34
1.58
11073825--11073875
3
17.0
3
100
0
102
66
0
0
33
0.92
11074065--11074122
2
30.5
2
77
16
61
50
1
3
44
1.29
11074209--11074252
9
4.8
9
88
8
54
56
4
0
38
1.20
11074353--11074416
23
2.7
25
74
13
64
56
6
4
32
1.45
11074473--11074540
3
22.3
3
86
8
93
64
2
0
32
1.08
11075164--11075198
18
1.9
18
88
11
54
77
0
11
11
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11076226--11076260
14
2.6
13
90
4
52
62
8
17
11
1.52
11076286--11076560
75
3.7
74
81
9
321
32
20
17
30
1.95
11078301--11078413
28
3.9
27
72
18
77
26
27
20
25
1.99
11078315--11078449
60
2.2
59
84
8
166
25
26
20
26
1.99
11079092--11079116
8
3.1
8
100
0
50
0
24
24
52
1.48
11080624--11080667
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
11082582--11082694
28
3.9
27
72
18
77
26
27
20
25
1.99
11082596--11082730
60
2.2
59
84
8
166
25
26
20
26
1.99
11084906--11084949
19
2.4
18
85
7
54
40
9
0
50
1.34
11091395--11091554
26
6.2
26
97
2
270
33
5
25
35
1.79
11091395--11091554
51
3.1
51
95
1
284
33
5
25
35
1.79
11093054--11093106
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
11095256--11095439
26
7.0
26
90
3
278
32
5
24
36
1.80
11095266--11095426
81
2.0
81
97
0
304
31
5
24
38
1.78
11096608--11096652
22
2.0
22
86
0
63
48
6
17
26
1.72
11100251--11100317
23
2.9
23
97
0
125
58
10
8
22
1.59
11100519--11100567
14
3.3
14
88
11
71
57
6
0
36
1.24
11100637--11100683
22
2.1
22
84
7
60
61
6
2
29
1.32
11100821--11100868
21
2.3
20
86
10
62
64
4
0
31
1.12
11100836--11100880
3
15.0
3
100
0
90
66
0
0
33
0.92
11101103--11101133
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
11101220--11101263
9
4.8
9
88
8
54
56
4
0
38
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11101328--11101390
21
2.8
23
80
11
76
50
3
11
34
1.54
11101336--11101431
23
4.3
22
78
12
81
54
4
8
33
1.50
11101476--11101544
21
3.2
21
78
15
70
57
5
1
34
1.31
11102131--11102159
10
2.9
10
100
0
58
20
0
0
79
0.74
11104019--11104081
30
2.1
30
91
5
101
58
11
4
25
1.51
11109433--11109496
22
2.9
22
68
9
58
31
6
1
60
1.30
11109546--11109595
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
11110866--11111013
47
3.0
49
82
7
201
33
25
16
24
1.96
11113374--11113550
50
3.5
50
91
0
264
35
14
22
27
1.93
11113528--11113736
31
6.7
31
84
6
271
28
19
25
26
1.99
11113526--11113736
62
3.4
62
87
3
318
28
19
26
26
1.99
11113525--11113736
93
2.3
93
86
4
302
28
19
25
25
1.99
11113758--11113927
47
3.6
48
86
6
195
28
15
27
29
1.96
11117897--11117938
21
2.0
22
85
4
59
61
16
4
16
1.50
11119170--11119304
73
1.9
70
90
3
180
28
5
2
63
1.30
11121417--11121472
19
2.9
19
81
2
58
33
28
16
21
1.95
11121761--11121826
26
2.5
26
78
9
71
27
13
25
33
1.94
11122750--11122792
21
2.0
21
90
0
68
69
0
20
9
1.15
11123501--11123533
2
16.5
2
93
0
57
51
0
0
48
1.00
11125501--11125542
16
2.6
16
84
0
57
14
2
2
80
0.90
11125501--11125544
22
2.0
22
86
0
61
13
2
4
79
0.98
11125585--11125633
23
2.1
22
85
14
64
16
4
6
73
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11125845--11125891
20
2.3
20
82
13
60
21
8
2
68
1.27
11127797--11127859
17
3.6
16
76
21
63
33
3
1
61
1.21
11127796--11127859
20
3.4
19
79
14
71
34
3
1
60
1.22
11127988--11128057
5
13.8
5
74
14
54
40
2
1
55
1.23
11127986--11128078
14
6.1
14
72
14
51
40
5
1
52
1.31
11130414--11130465
3
17.3
3
95
0
95
34
0
0
65
0.93
11133104--11133211
26
4.2
26
97
0
207
36
26
6
30
1.82
11140196--11140277
26
3.2
26
94
0
137
40
25
3
30
1.73
11140609--11140645
3
12.3
3
94
0
65
32
0
0
67
0.91
11141179--11141209
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
11151484--11151523
17
2.4
17
82
0
53
45
0
25
30
1.54
11152303--11152329
8
3.4
8
100
0
54
11
0
22
66
1.22
11158667--11158708
18
2.4
17
88
11
59
19
2
21
57
1.52
11158674--11158709
18
1.9
19
94
5
65
16
2
27
52
1.57
11161913--11161963
18
2.7
19
79
11
61
54
5
1
37
1.36
11164079--11164515
233
1.9
233
83
7
548
43
8
11
37
1.70
11165082--11165133
20
2.6
20
96
0
95
15
30
34
19
1.93
11165589--11165620
15
2.0
17
88
11
50
43
31
0
25
1.55
11167756--11167819
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
11168012--11168222
23
9.0
24
91
5
335
28
21
21
27
1.99
11168012--11168222
47
4.5
47
93
4
347
28
21
21
27
1.99
11168012--11168222
70
3.0
72
91
6
335
28
21
21
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11168281--11168337
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
11168269--11168339
20
3.5
20
94
0
124
32
21
11
35
1.89
11168274--11168328
11
5.4
11
70
16
55
30
20
12
36
1.90
11168376--11168423
25
1.9
25
91
0
78
25
14
25
35
1.94
11169582--11169658
27
2.9
27
79
12
88
22
18
20
38
1.93
11169677--11169914
27
8.7
27
79
1
197
31
8
19
40
1.82
11169704--11169982
27
10.3
27
79
5
152
34
8
20
37
1.82
11169676--11169928
81
3.1
80
75
6
231
31
8
20
39
1.83
11169907--11170223
27
11.7
27
87
2
386
39
7
23
29
1.83
11175977--11176141
47
3.5
46
75
4
161
35
14
22
27
1.93
11176645--11176686
12
3.5
12
100
0
84
66
7
9
16
1.42
11177569--11177616
20
2.5
20
86
3
62
62
2
8
27
1.35
11177643--11177674
15
2.1
15
100
0
64
46
12
0
40
1.42
11178238--11178276
10
3.5
11
82
10
53
0
12
0
87
0.55
11178291--11178488
99
2.0
100
86
1
281
31
27
13
27
1.94
11189524--11189574
25
2.0
25
92
0
84
25
17
25
31
1.97
11189624--11189674
21
2.4
21
90
0
75
31
19
11
37
1.88
11189711--11189759
25
2.0
25
91
0
80
28
10
20
40
1.85
11190726--11190768
22
2.0
22
95
0
77
51
0
34
13
1.42
11192345--11192381
18
2.1
18
100
0
74
29
37
10
21
1.88
11197410--11197460
25
2.1
25
85
3
68
27
17
23
31
1.97
11197509--11197559
21
2.4
21
90
0
75
31
19
11
37
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11199250--11199289
19
2.0
20
90
4
64
52
15
0
32
1.43
11203277--11203327
25
2.0
25
92
0
84
17
29
9
43
1.81
11206700--11206785
31
2.7
31
89
3
118
56
22
8
12
1.62
11209783--11210461
345
2.0
346
97
0
1297
33
19
14
32
1.92
11211149--11211174
12
2.2
12
100
0
52
30
26
7
34
1.85
11212893--11212997
9
11.9
9
74
6
81
34
1
18
45
1.60
11213337--11213472
26
5.2
26
92
1
220
33
4
22
38
1.74
11215096--11215179
27
3.1
26
86
8
114
15
23
22
38
1.92
11216393--11216459
29
2.3
28
85
7
89
53
0
1
44
1.09
11216425--11216519
39
2.4
39
96
0
172
52
4
1
42
1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444