genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  262  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74945453--74945603	33	4.7	33	75	8	94	34	12	23	29	1.92
74948161--74948230	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74955972--74956041	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74963710--74963779	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74971535--74971604	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
74975349--74975403	26	2.1	27	82	3	67	78	5	3	12	1.06
74984481--74984688	40	5.2	40	87	0	274	24	22	28	25	1.99
74984878--74984943	24	2.8	24	86	4	80	36	0	27	36	1.57
74984902--74984951	24	2.1	24	100	0	100	38	0	20	42	1.52
74993302--74993388	37	2.3	36	92	5	138	26	32	19	21	1.97
74993457--74993756	49	6.1	49	98	0	555	29	27	10	34	1.89
74996533--74996635	41	2.5	42	81	10	108	23	25	23	28	2.00
74997377--74997802	40	10.8	40	94	2	675	27	23	19	28	1.99
74997377--74997802	119	3.6	119	92	2	673	27	23	19	28	1.99
74999681--74999767	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
74999835--75000122	49	6.1	49	89	8	465	30	27	8	33	1.86
74999921--75000047	39	3.0	39	78	21	157	32	27	7	33	1.84
74999871--75000122	88	2.8	89	90	7	384	30	26	8	33	1.86
74999960--75000122	48	3.4	49	98	0	303	30	26	9	33	1.88
75004120--75004323	40	5.1	40	89	2	279	26	28	22	22	1.99
75007678--75007719	22	1.9	22	100	0	84	33	14	23	28	1.94
75008888--75008948	21	3.0	21	90	2	97	22	26	39	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75010310--75010433	47	2.7	45	80	12	135	22	27	18	31	1.97
75010173--75010430	140	1.8	139	82	6	333	23	27	18	30	1.98
75012078--75012238	27	6.0	27	80	7	118	32	12	16	37	1.86
75012112--75012660	53	10.3	55	83	6	598	32	9	18	39	1.83
75012149--75012661	133	3.8	134	84	5	646	32	9	18	39	1.83
75012110--75012660	80	6.9	80	84	4	594	32	9	18	39	1.83
75012969--75013054	29	3.0	28	83	3	109	19	33	16	30	1.94
75012977--75013099	28	4.4	28	86	1	138	25	34	14	26	1.94
75015492--75015524	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
75018399--75018455	12	4.9	11	75	14	53	75	1	5	17	1.07
75018399--75018455	17	3.3	17	85	2	69	75	1	5	17	1.07
75023825--75023857	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
75024332--75024364	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
75023779--75024793	507	2.0	507	98	0	1940	33	18	13	34	1.90
75029287--75029339	17	3.3	17	68	21	51	28	3	3	64	1.28
75031879--75031920	21	2.0	21	85	0	57	61	4	7	26	1.42
75043709--75043875	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
75043709--75043875	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
75044700--75044745	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
75051707--75051873	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
75051707--75051873	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
75052698--75052743	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75058517--75058643	40	3.3	39	81	8	161	23	29	24	22	1.99
75058533--75058640	37	2.8	38	86	9	148	21	29	25	23	1.99
75063295--75063393	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
75067755--75067962	40	5.2	40	81	2	195	25	26	22	26	2.00
75076043--75076174	29	4.7	29	87	1	180	25	14	29	30	1.95
75082592--75082641	26	1.9	26	87	0	73	22	26	14	38	1.91
75097729--75097978	68	3.8	64	75	9	193	24	28	17	30	1.97
75098644--75098704	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75108523--75108576	25	2.2	25	100	0	108	7	24	14	53	1.66
75111493--75111532	20	2.0	20	85	0	53	65	0	30	5	1.14
75111589--75111643	28	2.0	27	82	10	67	50	3	41	3	1.37
75114352--75114534	79	2.3	82	83	7	225	24	27	23	25	2.00
75114343--75114534	40	4.8	40	78	7	176	23	28	23	25	2.00
75116937--75116989	13	4.1	13	75	0	52	39	16	5	37	1.73
75117317--75117399	33	2.5	33	80	1	96	48	12	13	26	1.77
75117627--75117651	11	2.3	11	100	0	50	56	0	16	28	1.41
75118490--75118547	29	2.0	29	96	0	107	63	8	13	13	1.51
75120420--75120529	27	4.1	26	80	8	112	40	20	23	16	1.91
75121944--75122014	24	3.0	24	91	0	115	25	39	1	33	1.65
75124609--75124665	28	2.0	28	100	0	114	28	26	14	31	1.94
75128281--75128392	27	4.2	26	82	7	125	38	22	23	16	1.93
75128281--75128392	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75129811--75129870	24	2.5	24	97	0	111	28	40	0	31	1.57
75138773--75138849	32	2.4	32	79	12	86	23	22	27	27	1.99
75146080--75146132	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
75148980--75149111	29	4.6	28	77	6	104	23	15	31	30	1.95
75155624--75155655	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
75155667--75155852	50	3.7	49	78	7	171	26	18	25	30	1.98
75159395--75159425	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
75166168--75166314	43	3.4	43	76	7	147	31	25	13	28	1.94
75171972--75172240	48	5.5	50	74	8	200	26	18	30	24	1.98
75172010--75172240	48	4.8	48	78	4	216	27	18	29	24	1.98
75172022--75172240	96	2.3	96	84	3	262	26	18	29	25	1.98
75175403--75175467	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
75183200--75183293	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
75183196--75183330	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
75190324--75190490	40	4.2	40	77	4	151	23	26	23	26	2.00
75190340--75190488	79	1.9	80	83	6	196	22	26	24	26	2.00
75195791--75195957	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
75196777--75196822	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
75203784--75203949	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
75204769--75204814	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
75206804--75206940	60	2.3	60	83	8	163	27	26	20	26	1.99
75209534--75209597	33	1.9	33	84	6	85	48	3	3	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75211729--75211865	60	2.3	60	84	6	170	25	26	21	27	1.99
75220879--75220936	21	2.8	21	80	15	66	25	27	31	15	1.96
75228916--75229027	46	2.5	44	84	7	136	24	26	18	30	1.98
75237786--75237827	22	1.9	22	85	9	59	28	33	11	26	1.92
75241793--75241827	18	1.9	18	88	0	52	48	14	11	25	1.77
75249911--75250061	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
75249911--75250060	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
75269258--75269358	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
75277220--75277320	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
75280545--75280638	6	15.3	6	68	16	59	47	12	19	20	1.81
75280574--75280638	25	2.6	25	85	0	85	44	12	21	21	1.85
75280883--75280929	22	2.1	22	84	7	60	29	19	29	21	1.97
75283013--75283405	27	14.6	27	85	3	461	28	22	8	40	1.83
75283357--75283418	27	2.3	27	88	0	88	33	20	6	38	1.79
75284644--75284691	25	1.9	25	91	0	78	33	27	14	25	1.94
75284730--75284786	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75284728--75284798	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
75284739--75284793	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
75284845--75285011	23	7.1	23	95	2	280	28	22	20	28	1.99
75284844--75285033	24	8.0	23	91	4	274	28	22	21	27	1.99
75284843--75285032	71	2.7	70	91	4	301	27	22	21	27	1.99
75285226--75285288	31	2.1	31	87	3	92	36	15	22	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75289005--75289214	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75290566--75290705	38	3.7	38	92	0	226	32	25	24	17	1.97
75291249--75291373	63	2.0	63	95	0	223	34	26	12	27	1.91
75291311--75291407	27	3.6	28	71	8	85	32	25	13	27	1.93
75293706--75293873	27	6.2	27	87	1	212	26	20	17	35	1.95
75296676--75296808	49	2.7	49	81	6	162	24	27	20	28	1.99
75300099--75300134	12	3.0	12	100	0	72	33	33	8	25	1.86
75304030--75304061	15	2.1	15	100	0	64	37	18	6	37	1.76
75313103--75313295	39	5.0	39	92	2	320	21	23	30	23	1.99
75313103--75313295	77	2.5	77	93	1	325	21	23	30	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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