genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  147  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39573168--39573654	69	7.1	69	78	5	351	19	23	18	38	1.93
39573234--39573654	138	3.0	138	76	1	448	19	23	19	38	1.94
39573179--39573654	207	2.3	207	80	2	481	19	23	18	38	1.94
39581824--39581884	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
39595631--39595835	64	3.2	62	77	14	184	22	29	16	31	1.96
39598476--39598624	42	3.5	42	80	6	151	23	18	28	30	1.97
39602302--39602336	16	2.1	17	94	5	63	48	5	0	45	1.26
39602727--39602795	35	2.0	35	97	0	129	36	20	14	28	1.92
39612939--39612987	21	2.4	21	82	3	64	59	2	0	38	1.09
39612940--39613041	21	5.4	20	69	19	58	62	2	2	31	1.25
39613304--39613383	29	2.7	29	86	9	99	35	3	1	60	1.23
39613304--39613371	19	3.4	21	78	13	72	35	2	1	60	1.21
39613571--39613798	90	2.5	89	83	6	255	35	9	18	36	1.83
39613607--39613821	90	2.4	87	80	11	202	33	7	18	40	1.80
39613894--39614075	89	2.1	88	81	8	210	34	17	12	36	1.87
39613913--39614075	89	1.8	89	83	7	215	31	18	12	38	1.88
39614267--39614362	39	2.5	39	80	11	99	61	1	7	30	1.30
39614542--39614591	19	2.6	19	77	0	64	28	4	0	68	1.08
39614551--39614682	9	14.7	9	67	15	58	31	4	1	62	1.24
39614541--39614603	17	3.5	17	77	10	54	31	4	1	61	1.26
39615289--39615395	43	2.5	43	92	0	169	30	26	13	29	1.93
39616680--39616843	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39616680--39616877	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
39621980--39622048	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
39621971--39622058	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
39624439--39624614	46	3.8	46	79	10	214	20	20	29	29	1.98
39624435--39624606	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
39626830--39627852	337	3.0	337	87	1	1449	34	11	25	28	1.91
39629108--39629271	81	2.0	81	98	0	319	20	29	9	41	1.83
39630335--39630584	27	9.4	26	82	6	245	24	14	20	40	1.90
39630335--39630544	107	2.0	106	84	6	273	25	14	20	40	1.89
39630375--39630584	107	2.0	107	82	5	255	24	14	20	40	1.90
39630924--39630963	18	2.2	18	90	0	62	20	25	15	40	1.90
39635490--39635701	27	7.9	26	88	3	228	23	15	20	41	1.90
39635516--39635701	81	2.3	80	87	3	257	22	15	20	41	1.89
39636044--39636078	18	1.9	18	88	0	52	22	25	8	42	1.82
39637497--39637527	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
39637494--39637533	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
39637771--39637979	55	3.9	53	79	8	215	23	25	16	34	1.95
39637771--39637971	108	1.8	110	87	2	298	23	25	16	33	1.95
39642526--39642784	120	2.2	120	80	6	285	26	20	26	26	1.99
39642526--39642751	40	5.7	40	88	4	287	25	20	26	26	1.99
39648370--39648400	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
39648367--39648406	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39651689--39651752	27	2.3	28	81	2	67	25	17	37	20	1.93
39654318--39654484	51	3.3	51	83	3	149	26	17	26	28	1.98
39666434--39666473	21	1.9	21	89	0	62	40	20	5	35	1.74
39673379--39673418	16	2.5	16	84	11	55	35	7	27	30	1.84
39673404--39673493	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
39678157--39678201	22	2.0	22	100	0	90	28	26	4	40	1.75
39680807--39681031	40	5.6	40	83	1	236	23	26	23	27	2.00
39680780--39681031	80	3.2	78	81	3	263	24	25	22	26	2.00
39691640--39691701	30	2.1	30	90	0	97	58	11	6	24	1.56
39692274--39692594	158	2.0	157	83	2	403	35	18	19	27	1.95
39692898--39693038	14	9.9	14	68	11	54	24	0	29	44	1.59
39692898--39692951	21	2.6	21	77	11	58	25	0	25	48	1.52
39692961--39693007	22	2.2	22	77	14	53	23	0	29	46	1.52
39692970--39693014	7	6.3	7	82	5	54	20	0	31	48	1.49
39695158--39695297	48	2.9	48	83	0	190	23	30	20	26	1.98
39698973--39699310	9	37.9	9	77	9	248	44	16	1	37	1.57
39698976--39699095	34	3.6	34	72	21	112	45	20	0	33	1.57
39698974--39699228	61	4.3	60	79	10	215	45	17	1	35	1.56
39699037--39699142	43	2.5	44	85	11	157	48	16	0	34	1.52
39701769--39701802	11	3.1	11	100	0	68	82	8	8	0	0.85
39703603--39703646	20	2.2	20	87	4	61	18	4	0	77	0.94
39703630--39703690	24	2.5	25	81	13	81	19	6	1	72	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39707111--39707181	27	2.6	26	86	8	97	30	29	14	25	1.94
39709710--39709734	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
39718774--39718957	40	4.6	40	79	6	171	22	26	23	26	2.00
39723052--39723225	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
39723060--39723229	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	20	1.98
39729496--39729677	40	4.6	40	78	5	165	23	27	23	26	2.00
39738702--39738921	29	7.6	29	79	5	187	25	24	13	37	1.91
39738666--39738874	115	1.8	116	89	1	330	24	27	13	34	1.93
39740710--39740757	24	2.0	24	100	0	96	20	25	16	37	1.93
39742547--39742571	13	1.9	13	100	0	50	36	40	24	0	1.55
39745123--39745221	44	2.2	44	96	0	180	27	20	21	31	1.98
39749755--39750029	43	6.4	43	89	2	412	30	32	23	13	1.93
39753783--39753852	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
39761705--39761774	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
39766917--39767148	43	5.4	43	90	1	351	28	33	23	14	1.94
39767120--39767203	38	2.2	38	86	0	123	30	26	21	21	1.98
39770736--39770911	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
39770732--39770904	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
39772531--39772688	40	4.0	40	92	3	264	29	29	18	22	1.97
39777759--39777811	26	2.0	26	92	0	88	41	5	16	35	1.73
39782974--39783195	46	4.7	46	79	11	195	23	29	18	28	1.97
39782974--39783193	94	2.3	92	83	7	266	24	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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39814130--39814187	20	2.9	20	85	10	73	24	8	1	65	1.30
39823354--39823524	47	3.6	49	80	14	207	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39823354--39823524	94	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
39823943--39824003	30	2.0	30	84	6	79	29	26	6	37	1.81
39830928--39831098	47	3.6	49	80	14	207	28	28	21	21	1.98
39830928--39831098	94	1.8	93	93	1	297	28	28	21	21	1.98
39831518--39831578	30	2.0	30	84	6	79	29	27	6	36	1.82
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39849355--39849512	43	3.7	42	77	10	126	28	15	25	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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